Bioinformatics Benchmark System

バイオインフォマティクスベンチマークシステムは、そのシステムの性能を調査するために、エンドユーザーやベンダーを有効にするために、合理的なテストフレームワーク、テスト、およびデータを構築しようとする試みです。
私たちがやろうとしていることは、テストのためのフレームワーク、およびすべてのダウンロードおよびシステム性能の特定の要素をプローブするために使用することができるテストのコアセットを作成することです。
また、これらのテストのソースはGPLの下で利用可能であり、アイデアを簡単に測定やチューニングの理由で意味のあるテストを構築し、使用するエンドユーザー、消費者、システム開発者、その他を可能にすることであるBioinformatics.orgでスケーラブルな情報LLC上でホストされています。
スケーラブルな情報LLCからジョー同郷者のアイデアを考案し、元のコードを書きました。我々は追加のベンチマークコードの提案、テスト、データセットなどを探しています
現在のベースラインテストは、いくつかのNCBI BLASTを実行するいくつかのHMMERの実行、およびその他のさまざまです。私たちは、ClustalWの、X！タンデム、様々な化学、力学、および関連する試験、ならびにいくつかの他のものを含むことを計画します。
このようなLINPACKやHPLなどのテストは、単に高性能インフォマティクスのための意味のあるパフォーマンス指標または予測モデルを提供していません。残念ながら、またより最近の集束テストの数を行います。
これは、具体的には、あなたが効果的に正規のメモリアクセスパターン、および特定の数学的な事業を展開している様々な行列演算、上のパフォーマンスをテストLINPACKとHPLなどの問題です。
これらのコードは、重い浮動小数点演算とコード、およびインターリーブメモリトラフィックとの比較のために最も有用です。これらのコードは、ディスクI / O、メモリレイテンシ、およびその他の要因は、すべてのパフォーマンスの問題に貢献する総合的なシステムのベンチマーク用に設計されていません。
最高のテストでは、あなたがマシン上で実行されるコードに最も類似しているものです。テスト自体は、実際のデータを使用して、コードの実際の実行に合理的な近似値である必要があります。あなたは、現実的な実行時間を得るためにそれを戻す削減する必要があるかもしれません。
あなたは、データサイズの合理的なサブセットを持っている必要があります。単一のテストでは、あなたのシステムがどのようにスケーリングするかを教えてくれませんし、この試験のexistanceの理由の一つは、ワークロードのさまざまな側面を高める中にパフォーマンスをテストできるようにするために、具体的です。
あなたはめったにクラスタ内の静止系を得られないので、我々はあなたが可能な限り現実的な動作環境で実行しようとすることをお勧めします。静止システムのベースラインは結構ですが、それは不当にあなたの期待を設定することができます。
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