Pathomx

Pathomx（旧MetaPath）は、GNU / Linuxやその他のPOSIX＆NBSP下の代謝データの可視化と分析のための対話型ユーティリティとして機能するようにゼロから設計、IPython、QtとPyQtはで実装されたオープンソースのグラフィカルなソフトウェアです。操作するシステム。当初はNMR（核磁気共鳴）をインポートおよびエクスポートのサポートデータ、正規化、ビニングとアライメントだけでなく、代謝経路の可視化とマイニングなどのスペクトル処理を含み、glanceKey特徴でメタボロミクスのdata.Featuresを処理するために使用されるように設計されました。また、指定された経路上の可視化のための様々なルートを通じて、ゲノムおよびメタボロミクスデータをインポートすることができます。
各種MetaCycデータベースアノテーションはまた、我々は、データベースの統一·リンク、シノニム、だけでなく、関連した経路や反応を言及することができます、その中Pathomxアプリケーション、に含まれています。 MetaCycデータベースはパブリックAPIに由来していることに注意してください。
アプリケーションは、拡張性と設定可能なプラグインのおかげで複雑なデータセットの迅速な探査のための強力なMetaCycデータベースを使用します。また、グラフ作成、NMRデータのインポート用のnmrglue、インタラクティブなグラフのd3.js、及び統計分析methods.Underのためscikit-学ぶフードのため、取り扱い数のmatplotlibのをnumpyのとscipyのダウンロードライブラリを使用しのボンネットの下にOSesLookingサポートPathomxは、我々は、アプリケーションがIPythonコマンドシェル上に構築されていることに気づくことができます。また、Microsoft Windowsとそれが事前に構築されたバイナリパッケージとしてダウンロード提供されているMac OS Xオペレーティングシステム、の下でうまく動作します。 GNU / Linuxの場合、ソフトウェアは、32ビットおよび64ビットのハードウェア·プラットフォームと互換性のgzipされたソースアーカイブとして配布されています。
Pathomxを使用する場合、ユーザーはアプリケーションがBioCycファミリーの一部であるMetaCyc経路データベース自体からのデータを利用しているということを覚えておいてください。 MetaCyc APIは、ローカルに保存されている指定のデータベースを生成するために使用されます。

の の、このリリースの新機能：ます。

• 全く新しいドラッグ＆ドロップのビジュアルエディタが追加されました。
• はそれはあなたが、ワークスペースにツールをドラッグするツール間のデータラインをドラッグして接続を編集し、現在の処理の概要を取得するためにインライン·ビューを使用して解析ワークフローを作成することができます。
• データは、インスタント輸入のためにワークスペースにドロップすることができます。
• また、通知、バー、ステータスインジケータを進行ごとのツールのライブを​​追加します。
• エラーは、ヘルプテキスト（赤示さツールのツールチップ）が付けられます。

の要件の

• Graphvizの