tigreBrowser

ソフトウェアのスクリーンショット:
tigreBrowser
ソフトウェアの詳細:
バージョン: 1.0.2
日付のアップロード: 11 May 15
ライセンス: 無料
人気: 4

Rating: 1.0/5 (Total Votes: 1)

tigreBrowserはティグレのRパッケージ(http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html)からの結果のための遺伝子発現モデルブラウザです。
インストール:
tigreBrowserは、Pythonのバージョン> = 2.5が必要です。 tigreBrowserは、次のコマンドでインストールすることができます。
Pythonはsetup.py installを
(たとえば、現在のユーザーのみのため、root権限なしでインストールする)Pythonモジュールのインストールの詳細については、http://docs.python.org/install/を参照してください
サーバの起動
tigreBrowserに含まれるWebサーバは、実際の結果、ブラウザを使用するために実行する必要があります。
あなたはティグレのRパッケージ(http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html)によって生成されたデータベースファイルが必要になります。このパッケージには、tigreBrowserをテストするために使用することができる「database.sqlite 'テストデータベースファイルが含まれています。試験データベースはティグレパッケージに含まれた命令とデータ例を使用して生成されました。
サーバのグラフィカル·ユーザー·インターフェースを開始するtigreServer.pyを実行します。結果ブラウザを起動するためには、最初の結果が表示されると、データベース·ファイルを選択する必要があります。これは、「オープン·データベース·ファイル」を選択し、データベース·ファイルを選択することによって達成することができます。データベースファイルは、書き込み権限を持つことはできません。サーバは、「サーバーを起動」をクリックして起動することができます。クリックすると、ラベルは結果ブラウザのURLを表示するためのボタンの下に表示されます。
その結果ブラウザは、通常のウェブブラウザを使用して、そのURLでアクセスできるようになりました。ブラウザの使用方法については、このマニュアルの次のセクションにあります。サーバーは「サーバーを停止」ボタンで停止されるまでブラウザが利用可能です。
tigreServer.pyは、コマンド·ライン·インターフェースを使用することができます。詳細については、「--help」オプションを使用してスクリプトを起動します。
ブラウザを使用して
データセットの選択
データセットの選択は、結果が結果リストで、どの順番で表示されますを決定します。実験設定の選択は、実験のセットを選択するために使用されます。これらの実験からの結果のみがリストに表示されます。
次に、データセットの選択において転写因子(TF)またはターゲット·セットの選択は、結果ブラウザが設定されているかどうかに応じてランキングモードまたはレギュレータランキングモード(インストールを参照)をターゲットに。ターゲットランキングモードでは、TFの選択が利用可能であり、結果リストは、指定されたTFと異なるターゲットの結果が含まれています。レギュレータランキングモードでは、ターゲットセットが選択され、リストは、異なるレギュレータの結果を示します。
結果の数を高くすることができるように、結果は、複数のページに分割されるかもしれません。選択」ページあたりの遺伝子の数を「示した結果の数を調整することができます。それは、ページのロードの場合、ゆっくりによる画像の膨大な数の結果の数を減少させるのに役立ちます。
最後に、結果が示されている順序は、選択「並び替え」で変更することができます。結果は、指定された基準によって降順にソートされます。
フィルタリング
結果は、別の基準でフィルタリングすることができます。一つは、例えば、一定の閾値以上のzスコアを有する遺伝子のための唯一の結果を示すことができます。
これは、フィルタリング時に複数の条件を組み合わせることが可能です。 「[+]「リンクは、別の条件を追加するために使用することができます。リンク(唯一の基準がある場合を示していないが) - 基準は、同様に、「[]」を使用して除去することができます。複数の基準が使用される場合、遺伝子の結果がリストに示されたことには、すべての基準を満たす必要があります。
フィルタリングは、「フィルタの適用」チェックボックスを使用して活性化されます。
強調表示
データベース中の遺伝子の補足データが含まれている場合、結果は、そのデータを使用して強調表示することができます。利用可能なハイライトのオプションはそれらのオプションに関連した色で示されたされています。
選択に一致する補足データを持っている遺伝子について、結果リストのプローブ名以下の色付きのボックスを示すことによって、ハイライトの作品。
検索
これは、与えられた遺伝子の結果を検索することができます。検索では、検索ボックスに遺伝子またはプローブ名のカンマ区切りのリストを入力することで動作します。遺伝子別名は、検索項目として使用することができます。
検索結果
「送信」ボタンをクリックすると、データセット、フィルタ、ハイライトや検索の与えられた選択の結果が示されたことになります。データベースは、その後、所定の選択に一致する結果を得るために照会されます。 「リセット」ボタンはすべての選択とテキストフ​​ィールドをクリアすることができます。
結果リストには、複数の列が含まれています。最初の列では、プローブ名、プローブに関連するGENENAMEで表示されます。遺伝子名の横に、1がデータベースに定義されている場合、遺伝子発現の図です。次の列は、遺伝子について、実際の結果が含まれています。任意の補足データもここに表示されます。実験の数値は、結果の値と並んで表示されます。
最後に、実験パラメータは、データベースに挿入すると、数字の横に表として表示されます

この要件:ます。

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