新しい 教育＆科学ツールスクリプト のために Web

システム生物学マークアップ言語（SBML）は、システム生物学、バイオインフォマティクスにおける計算モデルを表現するためのXMLベースの記述言語です。KEGG2SBMLの機能は、現在、KEGGの他のタイプのファイルのみをKEGG代謝経​​路ファイルを変換しないように制限されています。KEGG2SBMLは、KEGG経路データベースリリース46.0以降に変換することができます。...

Topographicaは、ニューラルマップの計算モデリングのためのソフトウェアパッケージです。オブジェクトには、科学者が感覚と運動システムを構成する地形図のレベルで脳機能を理解することです。Topographicaは、創世記やニューロンとして利用可能である多くの良い低レベルのニューロンシミュレータを補完することを意図しています。これらのシミュレータは、ニューロンおよびそれらの小規模なネットワークの詳細な内部動作のモデル化に焦点を当てています。Topographicaではなく、このようなニューロンの何千が接...

グラフは頂点のペアを接続する頂点と辺からなる数学的なオブジェクトである：二つの都市を結ぶエッジとして頂点と州間高速道路などの都市を考えます。重み付けマッチングと最小コストフローを非加重、最大流量：または最小限のスパニングツリーやグラフ上の他の興味深い問題の一つを解決する - 最速ルートを - アルゴリズムは最短経路を見つけるかもしれません。可視化は、原因をリンク意味 - アルゴリズムの文を - すぐに有効に - アルゴリズムは、入力として持つグラフへの変更 -...

Apacheの浜は、大量のデータを分析し、処理する必要のある媒体での使用のためのツールキットです。浜は、具体的には、複数のクラスタ（クラウドベースのインフラストラクチャ）から機能している間、また解釈し、基本以上の事前数学演算を実行することができるという、科学的な媒体を対象としています。これは、計算や他の多くのより多くのベースをネットワーク化する、マトリックスベースのデータから何かを処理することができるという、主にBSP（バルク同期並列）機能のお​​かげです。シェル、浜コア、およびパブリックAPI：そのアーキ...

Artooは、開発者がRubyコードを経由してロボットや各種のハードウェアデバイスを制御することができます。これは基本的に複雑なマシンコードを削除し、代わりにルビーを使用する開発者を可能にします。Artooはルビーで動作しますが、また同様にJRubyとRubiniusので動作していないだけ。ハイブリッドグループはまたのために同様のロボットのフレームワークを提供します：JavaScriptの（Cylon.js）ゴー（Gobot）ここLAルビー会議2013からArtooのビデオプレゼンテーションです。...

ApacheのcTAKES臨床テキスト分析と知識抽出システムの略です。このフレームワークにより、開発者は医学用語のテキストを分析し、に従って、ソフトウェアにさらなる処理のためのデータを渡すことができます。ApacheのcTAKESシステムは密接に関連する結果と正確なデータ処理を提供する、統合医療言語システム（UMLS）と統合されています。cTAKESは、文境界検出、POSタグ付け、形態学的正規化、名前とエンティティ認識、浅い構文解析、および薬物プロファイルのような基本的な機能をサポートしています。また、依存...

これは、このような木や文字マトリックスのような系統発生のデータを操作するためのクラスと関数を提供します。それはまた、NEXUS、NeXML、PHYLIP、Newickの、FASTAなどのような標準的な系統学的データフォーマットの範囲内でデータの読み書きをサポートしています..また、いくつかの有用な系統学的計算を実行するためのスクリプトは、系統樹の事後サンプルで指定された分割またはクレードのサポートをまとめたものは、そのようなSumTreesとして、ライブラリーの一部として配布されています。ダウンロードパッケ...

big.js少ない方法で、軽量化プロジェクトのための小さいサイズで、bignumber.jsストリップダウンバージョンです。ただ、元のように、ライブラリーは、純粋にBigDecimalのJavaクラスの機能ではJavaScriptの組み込み数学関数を強化します。開発者は、任意の外部依存せずに、またはページにロードされてかさばるJavaScriptフレームワークなしbig.jsを使用することができるはずです。ライブラリには、クライアント側（ブラウザ）とサーバー側（Node.jsの）環境の両方で動作します。ドキ...

BioRubyは、バイオインフォマティクス（生物情報科学）のための統合環境を提供します。SなどのWebサービスを含むライブラリの多種多様な、オブジェクト指向スクリプト言語Rubyは、複雑なオブジェクト、Perlの＆rsquoのように強力なテキスト処理のための正規表現を表現するために、たとえば、明確な構文、バイオインフォマティクスの研究に適した多くの機能を持っていますRubyの構文は簡単で、非常にきれいであるように、我々はそれがソフトウェア開発者のため、初心者のために簡単に学習でき、生物学者のために使いやすく...

Gobotは、開発者がGoogleの囲碁言語を経由して物理的なハードウェアを制御するアプリケーションを作成することができます。Gobotは、同様に一般的なI /...