CLC Main Workbench

CLC Combined Workbenchの4週間の完全なデモでは、CLC Gene WorkbenchのすべてのDNA配列解析と、CLC Protein Workbenchのすべてのタンパク質配列分析が集約されています。

このリリースの新機能：

改善REBASEの制限酵素リストを更新しました。＆nbsp;バグの修正問題を修正しました。 Pfamドメイン検索ツールによって報告されたmacOS Sierra.Updated PFAMリンクでBLASTを実行しています。RdeGBI後にアルファベット順にリストされた酵素がメチル化情報を欠いていたCLC Main Workbench 7.7.2の問題を修正しました。いくつかの小さなバグ修正

バージョン7.7.2の新機能：

ワークフロー

ワークフロー出力を構成して、出力を含むサブフォルダを作成できるようになりました。
{user}、{host}、出力オブジェクトのタイムスタンプの要素{year}、{month}、{day}、{hour}、{minute}のワークフロー出力の名前を定義するときに、 、 {二番}。
{name}は{1}の同義語で、{input}は{2}の同義語です。これは以前は数字としてしか利用できなかったワークフロー出力名内のプレースホルダーを記述できるようになりました。

ワークフローの出力要素でカスタム命名に{2}プレースホルダを使用すると、ロックされていない入力のみが生成された名前に含まれます。

生成されたワークフローのすべてのパラメータを表示するpdfに、ツールまたは入力要素に接続されたパラメータのエントリに定義要素の名前が表示されるようになりました。以前は、そのような要素のパラメータリストは空白のままでした。

ワークフローでツール名が変更された場合、ワークフローパラメータをエクスポートするときに、元の名前が変更された名前とともに表示されるようになりました。

ワークフローを使用して作成されたデータ要素の履歴ビューに、作成したワークフローに関する情報が追加されました。

ワークフローの[要素の追加]メニューのツールの順序は、[Workbenchツールボックス]メニューの順序と一致するようになりました。
ワークフロー要素の構成のために無視される入力を識別するのに役立つワークフローの検証が改善されました。

＆nbsp;

打ち上げ

＆nbsp;

クイック起動ツールは、[表示]メニューの代わりに[ツールボックス]メニューにあり、このツールを起動する[起動]ボタンがツールバーに追加されました。

関心のある要素を選択し、マウスを右クリックして表示されるコンテキストメニューをナビゲートすることで、ローカル検索の結果表にリストされているデータ要素に対して分析を開始できるようになりました。

＆nbsp;

メタデータ

＆nbsp;

＆nbsp;右クリックコンテキストメニューの[メタデータ要素]ビューで、選択したデータ要素からメタデータの関連付けを削除するための＆nbsp; [関連付けを削除]オプションが追加されました。

メタデータの関連データビューでは、複数の行が選択されているときに、ナビゲーション領域での検索も使用できるようになりました。

数式を含むスプレッドシートからメタデータをインポートすると、数式自体ではなく、Excelで表示される数式の評価結果がインポートされるようになりました。

＆nbsp;

一般

すべてのNCBIサーバー通信が暗号化されました。 （NCBIは2016年9月30日にすべてのウェブサービスをHTTPSプロトコルに移行する予定です）。＆nbsp;

作業台にプリインストールされている酵素の一覧は、REBASEから更新されています。

新しいテーブルフィルタリングオプションとして、 "not in list"オプションが導入されました。

読み取りグループの詳細がシーケンスリストの要素情報ビューに表示されます。

GenBankのインポートで、拡張子が「GBFF」のファイル名も使用できるようになりました。

"ソートフォルダ"ツールでは、ファイル名の先頭に数字を付けてソートします。

エクスポータ出力の名前を定義するときは、新しいプレースホルダを使用できます。＆nbsp; {ユーザー}、＆nbsp; {ホスト}、出力オブジェクトのタイムスタンプの要素{年}、＆nbsp; {月}、＆nbsp; {日}、＆nbsp; {時間、＆nbsp; {分} {秒}。＆nbsp;
{input}は{1}の同義語で、{extension}は{2}の同義語であり、{counter}は{2}の同義語です。 3}。

バージョン7.7.1の新機能：

起動プロセス中に指定されたあらかじめ定義された固定入力への変更が適用されなかったバッチで複数の入力を持つワークフローを実行する際に発生した問題を修正しました。
Motif Searchツールがすべての一致精度を0％または100％として誤って報告した問題を修正しました。
フォルダへの保存中にフォルダを並べ替えると、エラーが発生することがあった問題を修正しました。
バッチモードダイアログのバグを修正し、基礎となるファイルやデータの場所に関する問題が発生した場合にエラーに陥る問題を修正しました。

バージョン7.7の新機能：

インポートメタデータ - 基本的で簡単なメタデータのインポート。このツールは、メタデータテーブルエディタで使用できるツールを補完します。

バージョン7.6.4の新機能：

バグの修正

NCBの配列検索ツールが "次の配列が正しくダウンロードされていませんでした"というエラーメッセージとともにヌクレオチド配列のダウンロードに失敗するバグを修正しました。
Create Protein ReportツールのNCBIステップでのBLASTの問題を修正しました。
VCFエクスポート中にエラーが発生する問題を修正しました。問題のデータはVCFファイルからインポートされ、QUALフィールドの値は整数でした。＆nbsp;
VCF＆nbsp;形式への浮動小数点（10進数）のエクスポートは、以前は指定されたロケールに依存していました。 ＆nbsp;小数点記号の区切り記号が常にポイントになるように修正されました。
メタデータの自動関連付けを行う際、ログにはどのデータにも関連付けられていないメタデータ行が表示されるようになりました。
Workbench内からメタデータのマニュアル情報にアクセスできないというバグを修正しました。
CLCサーバに保存されているメタデータテーブルを使用した自動関連付けが失敗するバグを修正しました。
メタデータの自動関連付けは、データ名の接頭辞に基づく関連付けと、データ名全体との正確な一致を処理するようになりました。

メタデータテーブルでは、データ要素と手動で関連付けられる行のキー列が不要になりました。
ワークフロー出力の構成で以前に表示されたメタデータの役割をオーバーライドするオプションが削除されました。
ワークベンチデータの場所がフォルダではなくシステム上のファイルを指しているときに発生したエラーを修正しました。これは、Workbench Navigation領域では使用できないと表示されます。
ワークフローを設定および実行する際に、すべてのパラメータのツールチップを有効にしました。
clc URLを開く前に、WorkbenchからCLCサーバーへのログイン処理が完了する必要があります。
Workbenchがclc：// urlsのカスタムプロトコルハンドラとして認識されないMacでの問題を修正しました。
ダブルクリックでエディタビューを切り替えることでトリガされる可能性がある、まれに発生する例外を解決しました。

バージョン7.6.3の新機能：

新しい機能と改善点

選択された要素のバッチ処理が可能になりました。以前は選択されたフォルダに限定されていました。
NCBIツールでSequence for Searchを使用する場合、データベースとして「EST」を選択できるようになりました。
サンプルの階層的クラスタリングツールは、ワークフローの一部として、およびサーバー上で実行できるようになりました。
大きなレポート要素を処理する際のメモリ管理が改善されました。
系統樹の葉のツールチップに、添付された配列の説明が表示されるようになりました。
「ワークフローのオープンコピー」を使用してワークフローのコピーを作成するときに、ワークフロー要素の名前に数値が追加されることはありません。
メタデータ管理。入力ファイルを追跡し、サンプルのメタ情報をインポートします。

バグの修正

サードパーティのライセンスプラグインをインストールする際にWorkbenchがエラーメッセージを表示する、まれな問題を修正しました。
Blast結果テーブルのエントリを選択すると、テーブルがフィルタリングまたはソートされている場合に、Blastエディタの間違った配置が強調表示されることがあるという問題を修正しました。
Design Primersエディタでアノテーションをクリックするとエラーメッセージが表示されることがある問題を修正しました。
円形シーケンスの端にまたがった注釈が循環シーケンスビューに間違って配置されるという問題を修正しました。
特定のシーケンスがラベルの放射状のレンダリングで円形ビューで表示された場合に、ワークベンチがフリーズするバグを修正しました。
特定の状況で著者が間違っているレポートを修正しました。
不正な引数でBox PlotとPrincipal Component Analysisを作成することがあり、エラーメッセージが表示されることがあるという問題を修正しました。
逆補完シーケンスツールの出力は、前に-1の代わりに入力の名前に付けられた接尾辞-RCを取得するようになりました。
パーティションファンクションを計算するオプションが長い分子（＆gt; 1000ヌクレオチド）に対して選択されたとき、Predict Secondary Structureツールのバグを修正しました。

非常に大きなワークフローで完全にズームアウトした後にズームインできない問題を修正しました。
Windowsドライブ上のルートフォルダがファイルの場所として使用されない問題を修正しました。
Windows上の既存のインストールを更新すると、.vmoptionsファイルが削除され、WorkbenchがデフォルトのJava構成で実行される問題を修正しました。

バージョン7.6.2の新機能：

バグの修正

Workbenchが情報のないエラーを表示し、作業を続行するために再起動が必要になることがあるJava問題を回避するための回避策を追加しました。
NCBIでBLASTを実行する際のCPU使用制限の超過に関するエラーが透過的に報告されず、代わりに「ヒットなし」の結果が報告されていた問題を修正しました。
BLASTからダウンロードしたファイルのクリーンアップが失敗した場合の例外を回避するための修正が適用されました。
逆翻訳ツールは、コドン頻度表で指定された遺伝暗号を無視した。したがって、すべての逆翻訳は、標準遺伝暗号にデフォルトする。
バンドルされたデータを含むワークフローをインストールすると、データを格納するための読み取り専用フォルダを選択できなくなります。
フォルダエディタまたはローカル検索エディタのいずれかから要素をエクスポートするときに、「サポートされている形式」の間違った表示が修正されました。
ローカル検索エディタで見つかったファイルを編集するときに間違ったファイルが保存されるのを修正しました。
保存されたサイドパネル設定で、レポート内のプロットが表示されるようになりました。
サイドパネルからプロット内の異なる線色を保存することを修正しました。

10個を超えるサンプルを含むプロットの凡例を表示するサイドパネルオプションが有効になりました。
空のデータセットのプロットをレンダリングする際にエラーが発生する問題を修正しました。
「ごみ箱を空にする」オプションが間違って使用できないことがあるという問題を修正しました。

バージョン7.6.1の新機能：

新しい機能と改善点

GTFエクスポータはメインワークベンチで利用できるようになりました。
Transcriptomicsの実験とサンプル・テーブルは、大量の行があってもソートできるようになりました。
改善されたExcel、HTML、タブ区切りのバリアントのエクスポート（必要な注釈/列のみを選択）

バグの修正

クローニングエディタの[選択前/後選択]ツールに影響するエラーを修正しました。
右クリックがすぐに続く左クリックがOS Xのダブルクリックとして解釈されたバグを修正しました（パーシスタンス検索結果リスト、ツールボックスツリー、ワークフローエディタ）。

バージョン7.6の新機能：

新しい機能と改善点

トラック：

バリアントトラックと注釈トラックを追加のテーブル列で充実させると、一貫した出力が得られます。これらのツールのアウトプット・トラックには、追加された表の列の数が同じになり、列は常に同じ順序になります。以前は、追加された列にすべてのバリアント行が空の値を持つ場合、最終的な表から削除され、同じツール/ワークフローで複数のサンプルが処理されたときに追加の列の数と相対的な順序が変化しました。すべての列が現在保持され、エクスポートされた表の下流処理が容易になり、特定のサンプルの結果が生成されなかった場合でも、どの濃縮/注釈ツールが適用されたかを視覚的にすぐに参照できます。
バリアントトラックとアノテーショントラックの表で、複数の数値を含むセルの列をソートしてフィルタリングできるようになりました。
バリアントトラックのトラックビューアを改良して、レンダリングされたバリアントのシーケンス変更を表示しました。
グラフトラックには、y = 0まで上向きの負の値が表示されます（期待どおり）。

表をCSV、タブ区切りのテキスト、Excelにエクスポートするときの数値の小数点以下の桁数を増やしました。
ディスク容量の少ないエラーの報告が改善されました。

バージョン7.5.1の新機能：

オプションの入力なしでワークフローを実行できるようになりました。
AACツールは、HGVS c.xxxフォーマットを使用して3'UTRのDNAレベル変化に変異体をアノテートしなかった。これは、古いバージョンのENSEMBL CDSトラックに基づいてGx 7.5以前で行われた分析に影響します。正しい注釈のためにGX 7.5.1を使用してAAC分析をやり直す必要があります。
Pfamフィルタリングのバグが修正されました。以前は、Pfamはクエリの各タイプの最初のドメインのみを報告していたため、多くのドメインが見逃されていました。 Pfamアノテーションに依存している研究のユーザーは、そのツールでデータを再実行することをお勧めします。
'Maximum Likelihood Phylogeny'ツールのバグを修正しました。特定の入力配列に対してブートストラップ値を生成すると失敗しました。
ツールウィザードでオブジェクトをパラメータとして選択する際に、関連するファイルへのスクロールに関する問題を修正しました。
Blastテキストの結果が改善され、ストランドに関係なく正しいクエリーとサブジェクトの位置が示されます。
BLAST操作をCLCサーバー上で実行することを妨げる問題を修正しました。
オプションの入力なしでワークフローを実行できるようになりました。