GAMGI

ソフトウェアのスクリーンショット:
GAMGI
ソフトウェアの詳細:
バージョン: 0.17.3 更新
日付のアップロード: 22 Jun 18
開発者: Carlos
ライセンス: 無料
人気: 63

Rating: 5.0/5 (Total Votes: 1)

GAMGIはオープンソースで完全にフリーなソフトウェアプロジェクトで、原子構造の作成と分析に使用するために設計されています。シンプルでクリーンで使いやすく強力なグラフィカルユーザーインターフェイスを備えています。


幅広い原子構造をサポート

このアプリケーションは、結晶、分子、液体、ガラスなどの広範囲の原子構造をサポートしています。また、230の結晶学的空間群をサポートし、3Dボロノイ解析と点対称性を実行するために使用することができます。


多くのオブジェクトタイプをサポート

GAMGIは、テキスト、軌道、ボンド、アトム、方向、平面、グループ、分子、クラスター、セル、矢印、図形、グラフ、アセンブリ、ライト、レイヤーおよびウィンドウを含む多くのオブジェクトタイプをサポートしています。さらに、このプログラムは、低レベルのオブジェクトを原子として最大限に制御することができます。


Build Random Closeパッキング構造

他の特徴の中でも、RCP(ランダム・クローズ・パッキング)構造、任意の空間群の対称性、およびランダム構造のための多面体とボロノイを構築する能力について言及することができます。対称性の点群も決めることができます。

包括的なドキュメントが付属

もう1つの興味深い機能は、オブジェクトのリストまたは以前に強調表示された単一のオブジェクトでアクションを実行する機能です。同位体データとイオン半径を含む包括的な文書と原子データが付属しています。さらに、ソフトウェアは、さまざまな可視性、参照、ビューポートまたは投影、ストロークまたは押し出し可能な3Dテキストフォントだけでなく、スポット、方向性および位置、レイヤーを含む膨大な量の独立したウィンドウ、ライトを操作できます。 >
学校や大学でも使用できます

GAMGIアプリケーションは、問題の原子構造を教えるために学校や大学でも使用できます。原子構造モデリングや、原子構造の研究やプレゼンテーションのための画像作成のためのオープンソースアプリケーションが必要な人たちにとって、これは完璧なツールです。

このリリースでの新機能:

LightおよびAtomオブジェクトの設定ファイルを更新しました。
同期されたgamgi-gおよびgamgi-xツリー。
更新されたgamgi_expat_import_object:Cellオブジェクトデータを新しい設定ルールでXMLファイルにインポートするとうまく動作するはずです。
更新されたgamgi_expat_export_object:Cellオブジェクトデータを新しい設定ルールでXMLファイルにエクスポートするようになりました。
「セル」→「作成」→「セル」→「変更」では、モデルが変更されたときに、デフォルトの(従来型またはプリミティブ)オプションに対して、原点ベクトルと軸ベクトルが自動的に更新されるようになりました。
エンジン、gtk、expat、およびmesaコードで、cell-> border = FALSEをcell-> border = GAMGI_PHYS_NONEに置き換えました。
更新されたgamgi_expat_export_config:Cell設定データをXMLファイルにエクスポートするようになりました。
更新されたgamgi_expat_import_config:XMLファイルからのセル設定データのインポートがうまくいきました。
モデル、罫線、面およびノー​​ドのデフォルト値も処理するために、Cell-> Configダイアログを改良しました。

再設計されたオブジェクト - >構成ダイアログ:デフォルトデータ(オブジェクト - >作成ダイアログと同じ名前のページ)とグローバルデータ(古いオブジェクトと新しいオブジェクトのすべてに適用)、グローバル(最後)のノートブックページに表示されます。影響を受けるダイアログ:Atom-> Config、Cell-> Config、Light-> Config。
実装されたCell-> Configダイアログおよびインフラストラクチャ。セル境界線、ノードポイント、およびベクトル軸のサイズは、GAMGIのすべてのセルでグローバルに設定できるようになりました。セルの色と軸の使用のデフォルト値も設定されています。
gamgi_gtk_bond_createの問題を修正しました:以前の設定データを無視したstatic_initのカラーセット。
gamgi_mesa_draw_pickとgamgi_mesa_draw_grabの問題を修正しました。セルレンダリングポイントの幅をポイント幅ではなく線幅に設定しました。

バージョンの新機能:

直前に導入されたバグを修正しました:GLコンテキストを削除した後にGDKビジュアルの参照を解除することはできません。このコードを削除しました。どうやらGTKはウィジェットが破壊されたときにこれを行います。
改良されたgamgi_gtk_area.cはGAMGIのXバージョンで使用され、GTKGLExtライブラリを独自のGLXベースのコードで置き換えています。 Javier CabezasはこのコードをGTK 3に移植し、うまくいっています! GTK 2とGTK 3のコードの違いは絶対に最小限に抑えられています。
a、b、cのセル軸のために、r、g、b色を使うことはできません。
Orbital-> Create and Orbital-> Modifyダイアログで軸レイアウトを改善しました。
Orbital-> Create and Orbital->>変更したヘルプインタフェースに従って、ラベルモデルをスコープに変更しました。
すべてのヘルプフォーマットドキュメントページをチェックしました。
クラスタ形式のヘルプドキュメントが更新されました。
cluster->ペイント配列はもはやゼロ終端されない。
同期されたgamgiおよびgamgi_expブランチ。
XMLファイルでは、グループ要素で、参照によって属性タイプが置き換えられました。
平面と方向の書式のヘルプドキュメントが更新されました。
グループインタフェースと書式に関するヘルプドキュメントが更新されました。
2024年までEUの商標GAMGIを更新しました。

ソースコードとドキュメントのライセンスをGPL v3に更新しました。
sha256sumを使用してすべての配布ファイルのチェックサムを開始しました。
2020年までgamgi.orgドメイン名の登録を更新しました。

バージョン0.17の新機能:

GtkGlExtライブラリを必要としないGAMGIブランチのmakefileバグ(gamgi0.15.6で導入されました)を修正しました。make_rulesにgtkglext依存関係が含まれていてはいけません。
飛行機、道案内を射影網で選択できるようになりました:WulffまたはSchmidt
gamgiとgamgi_expのディストリビューションツリー間のコード、ドキュメント、データファイルが同期されています。
dat / orbital XMLファイルをチェックして、軌道軸属性を更新しました。
すべてのdat / XMLファイルをチェックして、属性タイプをラベルで置き換えるようにしました。
すべてのdat / XMLファイルをチェックして、モデル、平面、方向、セル要素で属性タイプを置き換えました。
一貫性のために、方向と平面コードとXML要素でnetという名前の投影をグローバルに置き換えました。
一貫性のために、セル、平面、方向コード、およびXML要素のモデルによって名前の型をグローバルに置き換えました。
セルで[ラベルのモデルをモデルに変更] - [作成とセル] - [変更]をクリックします。
Bond-> Createにラベルメソッドを入力するよう変更しました。
更新されたヘルプ - > XML平面と方向オブジェクトのドキュメントをフォーマットします。

[作成]、[平面] - > [変更]、[方向] - > [作成]、[方向] - > [変更]のヘルプ - > gt;
Debye-Wallerの原子温度は、この分析で通常のように、0.0(青色)〜100.0(赤色)の間の値しか取ることができません。
Bondオブジェクトの更新されたインタフェースと書式のドキュメント。
Debye-Wallerのデフォルトの原子温度を固定しました。新しい値は0.0で、よく知られている位置の原子に対応しています。
AtomオブジェクトとCellオブジェクトのドキュメントを更新しました。
Help-> CurrentとHelp->トピックで、Orbital-> Modifyのドキュメントを読むことができます。
Orbital-> Modifyのドキュメントを作成しました。
Orbital-> Createのドキュメントが更新されました。
軌道の軸は、Orbital-> Create、Orbital-> ModifyおよびXMLネイティブファイルで、もっと簡単な方法で処理されるようになりました。
Orbital-> Orbitalsを選択するために使用できる多くのプロパティを含むすべてのオプションで、Selectが正常に機能しています。
やや単純化された関数gamgi_gtk_select _ * .c。

GhoGi 0.16.6で導入されたH軌道コードの2つのバグを修正しました。行方不明の定数。 2)デフォルト半径計算でrho ** L項が欠落していた。
ポリゴン、ポール、トレース、ベクトルなどのモデルで平面のリストを選択できるようになりました。
方向のリストは、モデルによって選択することができるようになりました:ライン、ポール、トレース。

バージョン0.16.8の新機能:

Stereographic Projectionsでは、ポールビットマップ(GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP)のz高さをわずかに上げたので、これらは常にトレースの上に表示されます。これにより、視覚的グリッチが修正されますが、色がはっきりと分かれているので、周囲のトレースで極を選択するのがずっと簡単になります。
同期されたgamgiおよびgamgi_expコードブランチ
Plane-> Modify&Direcyion-> Modifyのstatic_pressを更新しました。そのため、オブジェクト名は自動名前設定によって上書きされません。
Plane-> Modify and Direction->の名前の自動変更。結晶面、方向に対して、修正は現在正常に機能しています。
Plane-> Create and Direction-> Create:のバグを見つけて削除しました。場合によっては、ユーザーが指定したオブジェクト名が無視されました。
[Plane-> Create and Direction-> Create:List 2レベルのダイアログで以前に作成したリストを使用してプレーン/ルートを作成した後、これらが正しくリセットされませんでした。いくつかの状況では、GAMGIがクラッシュする可能性があります。
Plane-> Create and Direction-> Create:PoleとTraceが同時に作成されることはありませんでした。必要に応じて1回だけ作成されました。

軌道 - >選択が機能しています。軌道のリストは、他のオブジェクトと同様に、コピー、リンク、選択、修正、削除することができます。
同期されたgamgiおよびgamgi_expコードブランチ
固定セル>リンク:これは、セルのリスト、オブジェクト(上記と以下)、クリスタルとランダムモードで動作しています。
シンプルで深刻なバグを見つけて削除しました:複数のウィンドウが開いていて、オブジェクトのリストがアクティブで現在のオブジェクトとして選択されている場合、Reset(Exitではなく)はGamgiをクラッシュさせます。
セル>リンクランダム(RCP)が機能しませんでした:古いコードに置き換えられました。 Cell> Linkにはもっと多くの作業が必要です。
-O3フラグで再度コンパイルします。
メソッドRegionのすべてのObject-> Selectダイアログで重大なバグを修正しました。サンプリング矩形がグラフィック領域内に完全にはない場合、サンプリングされた色の一部は未定義で、OKを押すとG​​AMGIがクラッシュします。墜落は長年前に発見されたが、原因は今までは不明であった。

バージョン0.16.7の新機能:

同期したgamgi / datとgamgi_exp / datデータツリー。
同期されたgamgi / docとgamgi_exp / docドキュメントツリー。
同期されたgamgi / srcおよびgamgi_exp / srcコードツリー。
Orbital-> Modifyでより多くのGUIグリッチを修正しました。
固定軌道→軌道変更:軌道→ドットを0にリセットする必要があります。
現在、www.gamgi.orgとftp.gamgi.orgは、リスボン大学のITセンターでホストされているVMから提供されています。うまくいけば、これは信頼性の高い接続と時間の節約を意味します。
Orbital-> Modifyで自動名前変更が正常に行われました。
Atom->>の自動名前変更が正常に機能しています。
Atom-> Modifyで自動名前変更を実装しました。
Orbital-> Modifyで自動名前変更を実装しました。
Orbital-> Modifyは現在、単一軌道に対して機能しています。軌道のリストは、次のリリースで作業しているはずです。
Orbital-> Modifyの翻訳、回転は正常に機能しています。
Orbital-> static_applyの変更は主に行われます。
Orbital-> Modifyのstatic_grabを完了しました。
Orbital-> Modifyにstatic_ok_globalとstatic_ok_localを追加しました。
Orbital-> Modifyのstatic_pressを完了しました。

Orbital-> ModifyのGUIの動作がほぼ完了しました。
Orbital-> Modify and Orbital-> Selectで作業を開始しました。
軌道の固体表現を考慮に入れてgamgi_mesa_pick.cとgamgi_mesa_grab.cを更新しました。
軌道軸メサ描画コードのバグを修正しました。
ラゲール多項式は、ルジャンドル関数のファクタ1 / r ** Lを正確に打ち消すファクタr ** L(L =角度量子数)を持つので、Hオービタルの数学的記述ははるかに簡単になります!私にこれを指摘してくれたJose Luis Martinsに感謝します!このような確率密度が低い(1E-6)場合、数値問題は非常に敏感であり、この簡略化の後、L = 1の場合でも軌道の視覚表現は少し異なる。

バージョン0.16.6の新機能:

同期されたgamgi / datとgamgi_exp / datソースコードツリー。
同期されたgamgi / srcとgamgi_exp / srcのソースコードツリー。
軌道の新しい表現を示すスクリーンショットを追加しました。
軌道のデフォルトのサンプリング半径を決定するときに、シータをわずかに増加させました。(6,5、-5)軌道(6hy5)に対してテストしました。
ソリッド軌道の信号補間を行うためのコードをデバッグしました。今はうまくいっています! GAMGIで世界クラスの軌道表現を持つのが、これが本当に最後の障害でした!スクリーンショットの時間!将来、頂点、法線、三角形の数を減らそうとしますが、ゴラールのシェーディングを実装するかもしれませんが、現在のモデルの科学的および視覚的能力が変わることはありません。祝うための港のガラス!
先に発見された信号変化の精度の問題を解決するために、ソリッド軌道で信号補間を実行する方法を実装しました。
gamgi_chem_orbital.cとgamgi_chem_orbital.hのコードを整理しました。
バグ修正:軌道確率密度がXMLファイルに正しくエクスポートされていない。
軌道の軸を使用する方が簡単になり、オプションが増えました。

信号コードは現在動作しています:3D軌道は本当に幻想的ですが、補間が不足すると信号が変化したときに視覚的ノイズが大きくなりすぎるため、信号コードを洗練する必要があります。
正と負の三角形をスワップするコードを修正しました。
static_edgeの信号補間コードを修正しました。
軌道等面積面のタマネギ効果に関連する補間問題を解く:[0,1]の範囲に強制分数。
固定軌道のソリッドコードエッジの向き:これは正確な補間に必要です。
固定された数値の不正解:キューブを分割するバグ(3Dチェスボードのように)。今すぐ偉大な探している!
立体的な軌道の3Dコードをデバッグしました。明らかにうまくいきましたが、まだ表面に数値的な誤りがあります。

バージョン0.16.5の新機能:

軌道オブジェクトをエクスポートし、GAMGIネイティブXMLファイルにインポートできるようになりました。再帰的なstatic_outsideルーチンをループとスタックのバージョンに置き換え、ソリッド軌道コードの重大なボトルネックを除去しました。 GTKコードのmemリーク、色によるオブジェクト選択のバグ、使用されていない変数による警告などを修正しました。

バージョン0.16.4の新機能:

同期されたgamgiとgamgi_expのソースブランチ。
Ubuntuで使用される-I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include、-I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / includeのパスを含むmake_localが更新されました。
新しいソリッド軌道のコードの不具合を修正しました。r長さのテストは有線では有効ですが、ソリッドでは意味がありません!
新しい再帰コードは、最悪の場合、160x160x160という大きなビット配列に対して機能します。
外側のサーフェスを見つけるための再帰的コードは、50x50x50より大きいビット配列に対してはクラッシュしています。ループの代替を探しています。
軌道コード:三角形ベースの表現を生成する波動関数補間は本当にうまくいっています。
Hベースの軌道における平面サーフェスの三角形ベースの2Dソリッドレンダリングは、現在十分にテストされ、うまく動作しています。これは、ユーザーが表示するオクタントを選択できる、これらの軌道のオクタントベースの表現を構築するために重要です。
将来的にgamgi.orgをホストするために、新しいミラーhttp://atom.ist.utl.ptとftp://atom.ist.utl.ptを追加しました。
高温ベータ石英、ベータクリストバライト、ベータ・トリディマイトの構造と情報ファイルを追加しました。
新しいミラーを実装しました:http://gamgi.ist.utl.pt/またはhttp://www.gamgi.ist.utl.pt/。

有線モードでH-Orbitalオクタントを選択する方法を簡略化しました。
各H軌道八面体に対して、外側の3D等値面(四面体アルゴリズム)を記述するために必要なすべての三角形と内部2D八面体境界を構築するためにトポロジカルコードを書いた。
各H軌道八面体について、内側の等値面を除去して外側の面のみを表示するのに必要なビット配列コードを書いてテストした。
gamgi_chem_orbital.cでオクタントバイナリコードを簡略化しました。

バージョン0.16.3の新機能:

すべてのオブジェクト>コピーダイアログでの読みやすさの向上。
Orbital-> Create、Orbital-> Copy、Orbital-> Link and Orbital-> Removeのドキュメントを追加しました。
Orbital-> Copy、Orbital-> Link、Orbital-> Removeの順にクリックします。
同期されたgamgiおよびgamgi_expツリー。
Orbital->リンクは正常に動作しています(まだ実装されていない軌道のリスト)。
すべてのlink_object.htmlファイルの不具合を修正し、ヘルプサブシステムがこれらのファイルの1つを開こうとしたときにGAMGIエラーメッセージが表示される問題を修正しました。
Orbital->コピーは正常に機能しています(まだ実装されていない軌道のリスト)。
Orbital-> Removeは正常に機能しています(まだ実装されていない軌道のリスト)。
Orbital-> Copy、Orbital-> Link、Orbital-> Removeのダイアログを構築し始めました。
Orbital-> CreateダイアログのOctantsレイアウトは、はるかに直感的です。

バージョン0.16.2の新機能:

同期されたgamgi /(GtkGLExtの場合)とgamgi_exp /(GLXの場合)のバージョン。
現在、H軌道に対して、容積オクタントのフィルタリングがうまく機能しています。
Hベース軌道の最良のデフォルト値を検索しました。デフォルトの密度は1E-6で、6つの軌道上のすべての領域を表示するのに必要です。ポイントは50000 x nであり、合理的な妥協点です。デフォルトの半径は、f2r2放射状密度の最後の最大値から最小2.0長さを走査して、最大密度(theta、phiで検索)がデフォルト密度より低くなるまで計算されます。
オービタル>作成ダイアログを改良し、再設計しました。
H軌道はGamgiで正常に機能しています。今すぐ最良のデフォルト値を見てください。
H軌道の構築とレンダリングに必要なすべてのコードを追加しました。
速度のための最適化されたH軌道コード。
n = 1~6のすべての水素ベースの軌道について、半径方向のポリノミア最大値の距離を計算した。
n = 1~6のすべての水素ベースの軌道について、半径方向のポリノミアゼロの距離を計算した。
軌道オブジェクトは、他のGamgiオブジェクトと同じように作成、スケーリング(現在の中心付近)、移動、回転させることができるようになりました。
Orbital-> Createを作成して、水素ベースの軌道を作成します。


水素を基にした軌道を点線のモードでレンダリングするグラフィックエンジンコードを書いた。
カルテシアンx、y、z座標で、n = 6のs、p、d、f、g、h水素ベースの軌道を追加してテストした。

要件:

GTK +

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