Jmol

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Jmol
ソフトウェアの詳細:
バージョン: 14.29.14 更新
日付のアップロード: 22 Jun 18
ライセンス: 無料
人気: 93

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Jmolは、もともと3D化学構造の分子ビューアとして機能するように設計されたオープンソースのクロスプラットフォームでフリーなグラフィカルソフトウェアです。 HTML5 Webアプリケーション、Javaプログラム、Javaアプレット、および「ヘッドレス」サーバー側コンポーネントの4つのスタンドアロンモードで動作します。


概要を一目で見る

主な機能には、ハイエンドハードウェアを必要とせずに高性能3Dレンダリングをサポート、JPG、PNG、GIF、PDF、WRL、OBJ、POV-Rayフォーマットにファイルをエクスポートし、基本単位セルをサポートし、RasMolとChimeをサポートスクリプト言語、JavaScriptライブラリなどがあります。

また、アニメーション、サーフェス、振動、軌道、測定、対称性、ユニットセルの操作、スケマティックシェイプをサポートしています。


サポートされているファイル形式

現在、このアプリケーションは、MOL MDL、V3000 MDL、SDF MDL、CTFile MDL、CIF、mmCIF、CML、PDB、XYZ、XYZ + vib、XYZ-FAHなどの幅広いファイル形式をサポートしています。 MOL2、CSF、GAMESS、Gaussian、MM1GP、HIN HIN / HIV、MOLPRO、MOPACなどがあります。

CASTEP、FHI、VASP、ADF、XSD、AGL、DFT、AMPAC、WebMO、PSI3、CRYSTAL、MGF、NWCHEM、odydata、xodydata、QOUT、SHELX、SMOL、GRO、PQR、JMEもサポートされています。 。

すべての主要なウェブブラウザをサポート

このソフトウェアは、Mozilla Firefox、Google Chrome、Internet Explorer、Opera、Safariを含むすべての主要なWebブラウザで正常にテストされています。前述のブラウザアプリケーションは、すべてのメインストリームオペレーティングシステムでテストされています(サポートOSの次のセクションを参照してください)。


すべてのメインストリームオペレーティングシステムをサポート

Jmolは、Javaプログラミング言語で書かれているため、すべてのGNU / Linuxディストリビューション、Microsoft WindowsおよびMac OS Xオペレーティングシステム、およびJava Runtime Environmentがインストールされている他のOSをサポートするように設計された、 / p>

このリリースの新機能:

バグ修正:Jmol SMILESは挿入コード検索を許可していません - " ^"挿入コード:[G#129 ^ A. *]

バグ修正:Jmol SMILESは挿入コード検索を許可していません - " ^"挿入コード:[G#129 ^ A. *]

バージョン14.20.3の新機能:

バグ修正:Jmol SMILESは挿入コード検索を許可していません。挿入コード:[G#129 ^ A. *]

バージョン14.6.5の新機能:

バグ修正:Jmol SMILESが挿入コード検索を許可していない - " ^"挿入コード:[G#129 ^ A. *]

バージョン14.6.1の新機能:

バグ修正:Jmol SMILESは挿入コード検索を許可していません。挿入コード:[G#129 ^ A. *]

バージョン14.4.4 Build 2016.04.22の新機能:

バグ修正:注釈アトムセットは、追加された水素について調整されていません
バグ修正:14.3.3_2014.08.02がmmCIFリーダーを破った
バグ修正:BinaryDocument(Spartanファイル)の読み取りが14.1.12_2014.03.18で破損しました

バージョン14.4.4 Build 2016.04.14の新機能:

バグ修正:注釈アトムセットは、追加された水素について調整されていません
バグ修正:14.3.3_2014.08.02がmmCIFリーダーを破った
バグ修正:BinaryDocument(Spartanファイル)の読み取りが14.1.12_2014.03.18で破損しました

バージョン14.4.4 Build 2016.03.31の新機能:

バグ修正:注釈アトムセットは、追加された水素について調整されていません
バグ修正:14.3.3_2014.08.02がmmCIFリーダーを破った
バグ修正:BinaryDocument(Spartanファイル)の読み取りが14.1.12_2014.03.18で破損しました

バージョン14.4.3のビルド2016.03.02の新機能:

バグ修正:注釈アトムセットは追加された水素について調整されません
バグ修正:14.3.3_2014.08.02がmmCIFリーダーを破った
バグ修正:BinaryDocument(Spartanファイル)の読み取りが14.1.12_2014.03.18で破損しました

バージョン14.4.3ビルド2016.02.28の新機能:

バグ修正:注釈アトムセットは、追加された水素について調整されていません
バグ修正:14.3.3_2014.08.02がmmCIFリーダーを破った
バグ修正:BinaryDocument(Spartanファイル)の読み取りが14.1.12_2014.03.18で破損しました

バージョン14.4.2 Build 2016.02.05の新機能:

バグ修正:注釈アトムセットは、追加された水素について調整されていません
バグ修正:14.3.3_2014.08.02がmmCIFリーダーを破った
バグ修正:BinaryDocument(Spartanファイル)の読み取りが14.1.12_2014.03.18で破損しました

バージョン14.4.0のビルド2015.12.02の新機能:

バグ修正:注釈アトムセットには追加された水素は調整されていません
バグ修正:14.3.3_2014.08.02がmmCIFリーダーを破った
バグ修正:BinaryDocument(Spartanファイル)の読み取りが14.1.12_2014.03.18で破損しました

バージョン14.2.15の新機能:

バグ修正:注釈アトムセットに追加された水素が調整されていない
バグ修正:14.3.3_2014.08.02がmmCIFリーダーを破った
バグ修正:BinaryDocument(Spartanファイル)の読み取りが14.1.12_2014.03.18で破損しました

バージョン14.2.13の新機能:

バグ修正:注釈アトムセットは、追加された水素について調整されていません
バグ修正:14.3.3_2014.08.02がmmCIFリーダーを破った
バグ修正:BinaryDocument(Spartanファイル)の読み取りが14.1.12_2014.03.18で破損しました

バージョン14.2.12の新機能:

バグ修正:注釈アトムセットは追加された水素について調整されていません
バグ修正:14.3.3_2014.08.02がmmCIFリーダーを破った
バグ修正:BinaryDocument(Spartanファイル)の読み取りが14.1.12_2014.03.18で破損しました

バージョン14.1.8 Betaの新機能:

新機能 - 設定されたcartoonRibose:
リボースのリングを描き、ファセットがパッカーを見せている
C4'-C5'-O5'-Pを介して明示的に接続する
参考のためにC3'-O3 'を示す。
cartoonBaseEdges(Leontis-Westhof Edge)を無効にする
SETによって無効にされましたcartoonBaseEdges ON
オハイオ州リックスピニーの提案
新しい機能:アニメーションフレーム[a、b、c、d]は、範囲を示すために負の数で機能します:
anim frame [1、-5、10、-6] - > [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
「1〜5、次に10〜6」と読み替えればよい。
新機能:Tinkerファイルリーダー(およびFoldingXYZリーダーのアップグレード):
Tinker ::を使うことができますが、これは最初の行がJUSTのatomCount
atomCountにn-1個の原子を持つ古いTinkerフォーマットに対応
軌道および所望のモデル番号を考慮に入れる
新機能:(実際には13.1だが文書化されていない)アニメーションフレーム[51 50 49 48 47 46 45(など)27 1 2 3 4 5 6 7(など)....]
新しい特徴:x = compare({atomset1}、{atomset2}、 "MAP")
新機能:x = compare({atomset1}、{atomset2}、 "MAP"、 "all")
新しい機能:x = compare({atomset1}、{atomset2}、 "MAP"、 "best")

新機能:x = compare({atomset1}、{atomset2}、 "MAP"、 "H")
新しい機能:x = compare({atomset1}、{atomset2}、 "MAP"、 "allH")
新しい特徴 - x =比較({atomset1}、{atomset2}、 "MAP"、 "bestH"):
非芳香族SMILESに基づいて1つ以上の相関リストを生成する
任意にH原子を含む
オプションですべての可能なアトムマッピングを生成する
int [] [] = [[a1 b1]、[a2 b2]、[a3 b3]、...]を返します。
ここで、anとbnは整数の原子インデックスであり、 "all"オプションが選択されます。
以下は、水素原子を含む2つの構造の1つの原子相関マップを生成する。 「b.mol」は、 x =比較({1.1} {2.1} "MAP" "H")
以下はNCIのカフェインのモデルをPubChemのモデルと比較しています:
load $ caffeine; append:カフェイン; frame *
2.1を選択します。ラベル%[atomIndex]
{1.1} {2.1} SMILES回転翻訳を比較する
x = compare({1.1}、{2.1}、 "MAP" "bestH")
(a in x){a1 = a [1]; a2 = a [2]; select atomindex = a1; label @ a2}
新しい機能:compare {model1} {model2} SMILES:

SMILESを与える必要はありません。 Jmolは{model1}から生成できます。
新しい特徴:x = {*}。find( "SMILES"、 "H"):
明示的なH原子を伴うSMILESを生成する
バグ修正:SMARTSの代わりにSMILESを使用するsubstructure()関数。完全な構造体だけです。
バグ修正:SMILESに関連するメソッドのエラートラッピングとメッセージの改善
バグ修正:Jmol.jarとjsmol.zipへのパスのwebexport発見をより堅牢にする。
バグ修正:getProperty extractModelがサブセットを尊重しない
バグ修正:pdbGetHeaderを設定するとTRUEがキャプチャされないREMARK3 REMARK290 REMARK350
バグ修正:getProperty( "JSON"、....)は{value:...}に値をラップする必要があります
バグ修正:11.xで永続的な半透明が壊れた
バグ修正:show MENU書き込みMENUロードメニューはすべて壊れています12.2
バグ修正:nAtomsの場合は{*} [n]は空白にしてください

バージョン14.0.7の新機能:

バグフィックス:14.0.6が致命的である - ユニットセルとエコーレンダリング、getProperty

バージョン14.0.5の新機能:

バグ修正:LCAOCartoon透光性が壊れています
バグ修正:半透明のバックボーンが壊れました
バグ修正:pqr、p2n読者が壊れた
バグ修正:isosurfaceマップのプロパティxxxは、surfaceが(何らかの形で)基になるアトムに関連付けられていないポイントを持つフラグメントである場合に失敗する可能性があります。

バージョン14.1.5 Betaの新機能:

バグ修正:LCAOCartoon半透明が壊れています
バグ修正:半透明のバックボーンが壊れた
バグ修正:pqr、p2n読者が壊れた
バグ修正:等サーフェスマップのプロパティxxxは、サーフェスが(何らかの形で)基になるアトムに関連付けられていないポイントを持つフラグメントである場合に失敗する可能性があります。

バージョン14.0.4の新機能:

バグ修正:ロケットが壊れています
バグ修正:PDB byChain bySymopはサポートされていません。

バージョン14.0.2の新機能:

バグ修正:qとtを区別しない変調。
バグ修正:変調測定が機能しない
バグ修正:スキップしないでください。defaultLattice "{NaN NaN NaN}"
バグ修正:アイソサーフェスマップの原子軌道が失敗する
バグ修正:距離による変調の振動表示が更新されない
バグ修正:振動をオフにするとコンソールで不要な警告が表示される
バグ修正:symop破損を描画する
バグ修正:array.mul(matrix3f)がJmolをクラッシュさせる
バグ修正:select symop = 1555 broken
バグ修正:ピッキングを設定するdragSelected not working
コード:MMCifReaderとMSCifReaderコードを分離したリファクタリングされたCifReader:SVのメソッドのマイナーリネーム/リファクタリング
コード:javajs.api.JSONEncodableインターフェースを追加
org.jmol.script.SVの超簡単な実装
javajsの実装でカスタムJSON結果を提供できるようにする

バージョン14.1.2ベータ版の新機能:

新機能:JavaScript:JSmol API Jmol.evaluateVar(アプレット、式):
resultはJavaScript変数であり、文字列ではないため、Jmol.evaluateよりも優れています。
JSmol APIの削除Jmol.evaluate(アプレット、式)
新機能:getProperty( "JSON"、....):
プロパティのJSONコードを返します
JavaScriptを許可する:x = Jmol.getPropertyAsArray( "variableInfo"、 "some expression")
新しい機能:getProperty variableInfo:
変数をJavaまたはJSON形式で取得できるようにする
式を評価する
デフォルトは「すべて」です。
新機能:変調はqとtによって調整可能、d = 3まで:
変調オン/オフ(すべての原子)
モジュレーション{atom set}のオン/オフ
モジュレーションint q-offset
変調x.x t-オフセット
変調{t1 t2 t3}
変調{q1 q2 q3} TRUE
新しい機能:pickedList:
最近選択された原子の順序付けられた配列
PICKED変数と同じように使用できますが、それは時間的にではなく順番に並べられます
構造体を2回クリックするとリストがクリアされます
@ {pickedList} [0]最後に選択したアトム
@ {pickedList} [ - 1]最後に選択されたアトム

@ {pickedList} [ - 1] [0]最後に選択された2つのアトム
新しい機能:array.pop()、array.push() - JavaScriptに似ています
新機能:変調スケールx.x
新機能:キャプション" xxxxx" x.x - 実行する秒数
新機能:変調0.2 // t値を設定する
新しい機能:array.pop()、array.push(x)
a = []; a.push( "testing"); print a.pop()
新機能:ON / OFFアトムセットを選択:
選択ハローのオン/オフと選択を行う
便利なだけ
新機能:pt1.mul3(pt2):
{pt1.x * pt2.x、pt1.y * pt2.y、pt1.z * pt2.z}を返します。
両方がポイントでない場合、単純な乗算に戻ります
new reature:array.mul3(pt2) - 配列のすべての要素にmul3を適用する
新しい機能:{atomset} .modulation(type、t):
P3(変位変調)
タイプ= "D"に対してのみ実装される。 (オプション)
省略可能なtはデフォルトで0です
バグ修正:qとtを区別しない変調。
バグ修正:変調測定が機能しない
バグ修正:スキップしないでください。defaultLattice "{NaN NaN NaN}"
バグ修正:isosurfaceマップ原子軌道不具合

バグ修正:距離による変調の振動表示が更新されない
バグ修正:振動をオフにするとコンソールで不要な警告が表示される
バグ修正:symop破損を描画する
バグ修正:array.mul(matrix3f)がJmolをクラッシュさせる
バグ修正:symop = 1555を選択してください。壊れたバグ修正:ピッキングを設定しました。
コード:リファクタリングされたCifReader、MMCifReaderとMSCifReaderを分離
コード:SV内のメソッドのマイナーリネーム/リファクタリング
コード:javajs.api.JSONEncodableインターフェースを追加:
org.jmol.script.SVの超簡単な実装
javajsの実装でカスタムJSON結果を提供できるようにする

バージョン14.0.1の新機能:

新機能:Jmol._j2sLoadMonitorOpacity(デフォルトは55)
新しい機能:印刷負荷( "xxx")のようなload()関数、アプレットの制限付きローカルファイル読み込み:
ルートディレクトリファイルなし
拡張子のないファイルはありません
""を含むファイルはありません。イン・パス
新機能:JARファイルを安全に署名
新機能:アプレットのJARファイルには、ローカルファイルのロード用のJNLP(Java Network Launch Protocols)が含まれています
新機能:JSmol URLオプション_USE = _JAR = _J2S = Infoデータのオーバーライド
新しい機能:(存在していたが、文書化されていなかった)クォータニオンを印刷する([四分数の配列]) - 球の平均を返すラ・バスとフィルモア
新機能:クォータニオンを印刷する([四元数の配列]、[真]):
球の平均a la BussとFillmoreの標準偏差を返します
単位は角度である
新しい機能 - 名前付き四元数モジュラス値:
print quaternion(1,0,0,0)% "matrix"
オプションには、w x y zが含まれます。通常のeulerzxz eulerzyzベクトルtheta axisx axisy axisz axisangle matrix
ew feature - set celShadingPower:
セルシェーディングの強さを設定する
整数値
デフォルト10は太い線です
5は細い線である
0はセルシェーディングをオフにします

負の値は内部シェーディングを削除します - アウトラインのみ
光源に対して法線方向(パワー> 0)またはユーザ(パワー<0)に基づいて画素上で動作し、
normal_z&lt; 0のとき、背景コントラスト(黒または白)に色を設定する。 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
新機能:JmolスクリプティングコンソールでmmcIFでレポート_citation.titleを読む
新機能:SELECT {atomset}のみを最小限に抑える - 他のすべての原子を除外するオプション
新しい機能:minimize {atomset} - 暗黙のSELECTとONLY
新しい機能 - &quot;拡張&quot;貢献したJSとSPTスクリプト用のJSmolのディレクトリ:
jsmol / js / ext
jsmol / spt / ext
新機能:ロード...フィルター&quot; ADDHYDROGENS&quot; - 1つのloadコマンドに対してローカルでpdbAddHydrogensを設定する
新機能:{1.1} {2.1}ボーナススモールを比較
新しい特徴:list =({atomset1} {atomset2} "SMILES" "BONDS"を比較する)
新機能:JSON xxx.jsonを書く
新機能:[#210] JSON {"mol":...}リーダー
ew feature - set particleRadius:
最大半径値(16.0)を超える原子のグローバル半径
デフォルトは20.0新機能 - CIFおよびPDBフィルタ「BYCHAIN」 「BYSYMOP」は、ウイルス粒子の場合:
チェーンごとまたはsymopごとに1つのアトムを作成する
サイズは、例えば、以下を使用して、16オングストロームの最大値より大きくスケーリングすることができる。
set particleRadius 30;
スペースフィル30; // 16以上の任意の数は、代わりにparticleRadiusを使用します
新しい機能:list = compare({atomset1} {atomset2} SmartsString "BONDS")
新機能:symop()関数はPDBとmmCIFの生体分子フィルタからの対称性を可能にする
新機能 - アイソサーフェイスSYMMETRY:
isosurfaceに対称演算子を適用する
より効率的なレンダリングと作成
デフォルト選択は{symop = 1}のみです
デフォルトの色付けは、propertyColorSchemeに基づいてsymopで色付けすることです
例:
1stpフィルター「生体分子1」をロードする。
カラープロパティsymop
等表面サーフェス0.8対称サーフェス0
新しい機能 - 新しいアトムプロパティ:chainNo:
各モデルに対して1から順番に、
chainNo == 0は、「チェーンなし」を意味する。または鎖= ''
新しい機能 - 新しいpropertyColorScheme&quot; friendly&quot;:
色盲のフレンドリーな配色
RCSDで使用新機能:JSpecViewは完全にJavaフリーです。スペクトルの2D nmrおよびPDF印刷を含む
新機能 - WRITE PDF&quot; xxx.pdf&quot;品質&gt; 1リクエストランドスケープモード:
効率的なカスタムPDF作成クラスを使用する
サイズが大きすぎる場合に適合するサイズの画像
新機能:JSpecViewは、JavaScript用のPDFおよび2D NMRを追加します
新しい機能:load "== xxx"フィルタ "NOIDEAL" - 「非理想的な」組成物を使用するPDBからの化学成分負荷。座標セット
バグ修正:書き込みCDを削除しました。 ChemDoodleはフォーマットを変更しました。代わりにJSONを使用する
バグ修正:PDBおよびCIFファイルは、PAUなどのアセンブリを大きな負の数で示しました
バグ修正:回転なしのCOMPAREは無限ループを開始する
バグ修正:遅延によるループ問題(-1)
バグ修正:JavaScriptでのChromeのマウスホイール操作
バグ修正:言語変更のためのJavaScriptポップアップメニュー修正
バグ修正:JavaScriptコアコンポーネントが処理されていません。 Jmol._debugCodeが認識されない
バグ修正:生体分子の単位セルオフセットが間違っています。軸の原点が正しくありません。
バグフィックス:isosurface / moが壊れているFRONTONLY broken
バグ修正:JavaScriptで言語ローカライズが解除されましたバグ修正:DIRACビルド201304052106からMO出力を読み取っていないADFリーダー
バグ修正:Safariはアプレットを受け入れる代わりにイエローのJmol情報を報告する
- タグが必要でした
バグ修正:CIFリーダが_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_idを正しく処理しない
- 誤ったアトムセットfor load = 3fsx.cifフィルタ "ASSEMBLY 1"
バグ修正:[#558 ChemDoodleとの互換性問題] Number.toString()の定義におけるJSmolエラー
バグ修正:マウスホイールが正しく機能しない
バグ修正:JavaScriptのJ2Sコンパイラエラーはint + = floatをintegerに強制しない
バグ修正:JavaScriptのWEBGLオプションが壊れました
バグ修正:JavaScript NMRCalculationはリソースにアクセスしません
バグ修正:JavaScriptステレオは実装されていません
バグ修正:マルチモデルファイル用のMOLリーダーの修正(わずか13.3.9_dev)
バグ修正:MOLDリーダーの読み込みエラー、APPEND - 原子番号を継続しません
バグ修正:セル波ベクトルの線形結合を読み取らないCIF変調リーダー
バグ修正:フィルタ "BIOMOLECULE 1"を用いたCIF読み取り。アイデンティティ操作のみが失敗した場合
バグ修正:mmCIFリーダーがすべての_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expressionオプションを読んでいないバグ修正:PDB CRYSTエントリー1.0 1.0 1.0 90 90 90は、「単位セルなし」を意味するはずである。生体分子フィルターにかかわらず
バグ修正:等面体スラブは、HEM
バグ修正:print userfunc()が失敗するかもしれません(userfunc()自体は問題ありません)
バグ修正:C-アルファのみのポリマーでは内部(らせん)が実装されていません
バグフィックス:_modelTitleは、新しいファイルがロードまたはザップされたときには更新されません
バグ修正:{*}。symop.all対称演算子を適切に提供しない
バグ修正:URLのSMILESの三重結合
バグ修正:build.xmlにPDF作成クラスがありません
バグ修正:Javaアップデートの後、ローカル署名付きアプレットの正しいパスチェックを追加する
バグ修正:{xxx} .property_xxは状態で保存されていません(壊れた2011年8月7日rev 18518)
バグ修正:署名付きおよび署名なしのアプレットJARファイルのマニフェストが更新されました。
バグ修正:書き込みが失敗する
バグ修正:アプレットのscriptWait()メソッドが壊れました
バグ修正:保存された状態から読み込んだ後にPyMOLセッションがユニットセルを表示することがある
バグ修正:MMCIFリーダーが複数のアセンブリタイプで失敗する
バグ修正:CIFリーダ "生体分子1" 「分子」に変換される。 「アセンブリ」よりむしろ「アセンブリ」である。バグ修正:複数のファイルを使用して軌道を読み込む
バグ修正:JSアプレットのポップアップメニューが言語の変更時に正しく終了しない
バグ修正:HTMLチェックボックスのid属性が割り当てられていない
コード:アプレット/アプレットコードのリファクタリング。 org.jmol.util.GenericApplet
コード:リファクタリング、バッファ付きリーダとバッファ付き入力ストリームの簡素化。
コード:JavaScriptリファクタリング、より良いビルド_... xml
コード:JavaScript Integer、Long、Short、Byte、Float、Doubleすべて再加工済み
コード:GT._の曖昧さ回避
コード:すべての不要な内部クラスをトップレベルにリファクタリング
コード:api / JmolModulationSetを使用した分離されたutil / ModulationSet
code - すべてのアプレット言語のローカリゼーションをプレーン.poファイルから読み込みます。
既にJavaScriptの場合
アプレット言語用のクラスファイルをコンパイルする必要はありません
言語がない.jarファイル
新しいjsmol / idiomaディレクトリには、JavaとHTML5の両方の.poファイルが保存されます。
コード:暗黙的な "フロントン"選択{xxx}のみの場合
コード:明示的な「isosurfacepropertySmoothing FALSE」を使用したより速い等サーフェスレンダリング。関連(整数)の場合コード:JmolBinary.getBufferedReaderForResource() - URL.getContent()およびClass.getResource()への参照をすべて統合します。
コード:変数名の再割り当てによる内部クラスの問題を回避するJavaScript
コード:JavaScriptで動作しないeval(functionName)の回避策。
コード:アンビエントオクルージョンで実験する
コード:Java Ju51に必要なマニフェストが追加されました(2014年1月)。
コード:JmolOutputChannelをjavajs.util.OutputChannelに移動しました
コード:jsmol.phpを固定して、&quot; saveFileメソッドで
コード:パーサーをjavajs.utilにリファクタリングする
コード:DSSPがorg.jmol.dssxに移動し、JSmolのバイオ負荷が20K低下しました
コード:私自身のPDF作成者を書いたので、iTextパッケージは投げ捨てられました。

要件:

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