Marvin

ソフトウェアのスクリーンショット:
Marvin
ソフトウェアの詳細:
バージョン: 5.9.4
日付のアップロード: 14 Apr 15
開発者: ChemAxon Kft.
ライセンス: 無料
人気: 85

Rating: 2.0/5 (Total Votes: 1)

マーヴィンプロジェクトは、描画表示、化学構造、下部構造や反応を特徴づけるためのJavaツールのコレクションを提供しています。
マービン簡単にデスクトップにインストールされ、シームレスに、そのアプリケーション·プログラミング·インターフェース(API)を介してウェブページおよびサードパーティのアプリケーションに統合することができる。
マーヴィン·ファミリは、以下のツールで構成されています。
* MarvinSketchで
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter
<強い>
アプレットや豆?の
マーヴィンは、使用状況に応じて、2つのパッケージで提供されています:
ウェブ開発者のための*マーヴィンアプレット
*化学者のデスクトップ用およびソフトウェア開発者のためのマーヴィン·ビーンズ。
マーヴィンアプレットは、ほとんどのブラウザ(Internet ExplorerやFirefoxの、サファリ、オペラ、など)はJavaScriptに/からのアクセスを提供し、アプレットパラメータによるカスタマイズが可能ですと互換性のある化学的なWebページを構築するためのツールが、ある。
マーヴィンBeansは簡単に任意のJavaアプリケーションにマーヴィン機能を統合するためのデスクトップおよびツールのインストール可能なアプリケーションです。

このリリースのの新機能:ます。

  • MarvinSketchで:
  • chemicalize.orgの公共データベース検索します。
  • MarvinSketchでリガンドの順序を変更する可能性します。
  • フォグ効果は、さまざまな方法で制御することができます。
  • 自動霧効果をオフに霧効果の強さとチェックボックスを設定するためのスケッチ/ビューGUIの設定]ダイアログボックスの[表示]タブのスライダーがあります。
  • アプレットと豆のパラメータが導入されている:fogFactorを、automaticFogEnabled。 (フォーラムトピック)します。
  • は、グループアタッチメントポイントに接続すると、自動的にもうSgroupのグループ化を解除しません。
  • S-基含有量の測定:複数の汎用的なS-グループは、括弧を横切る結合間の全体の部分グラフが含まれている必要はあります。
  • S-基含有量の更新ブラケット位置が変更された場合:カッコまたは構造のいずれかを移動させます。
  • S-グループの埋め込みとの重なりが分子整合性チェックでチェックされます。

  • インポートをSMARTS
  • は、二重結合(フォーラムトピック)と脂肪族炭素をサポートしています。
  • は、インポート/エクスポートは、アレンをサポートSMILESます。

  • (;臭化水素酸デキストロメトルファン&QUOT;例えば&QUOT)
  • は、より大きな化合物内部のフラグメントのための伝統的な名前を生成します。
  • CAS番号変換をサポートします。
  • DocumentExtractor(行方不明カンマ、誤認識括弧の種類、余分なスペース、...)で改善のOCRエラー訂正します。

  • PDFドキュメント上の
  • ドキュメントExtractorは今ヒットのページ番号を与えます。
  • 構造名へと名前から構造の一般的な名前のサポートの改善。名前のインポートのための一般的なサポートは、共通かつ体系名の10%の約5%増加した。変換速度が約20%増加します。

  • Windows用の
  • JChemとマーヴィン豆のインストーラもCygwin用シェルスクリプトを抽出します。
  • ビーミス-Murckoフレームワークでexocycyclicグループを保存します。
  • ハロゲンは列挙中に複数の接続を持つことができます。
  • 芳香族結合は、相同性プロパティチェックのための二重結合の数を計算する時に考慮されます。
  • 投げ縄選択モードはMSketchPane(フォーラムトピック)でデフォルトに設定することができるます。
  • 新しい機能、isChiralはTopologyAnalyzerに追加されました。
  • 新規Chmical規約機能:isQuery()、fieldAsString()
  • バグ修正:

  • グループを作成すると、グラフの不変変更回数(フォーラムのトピック)を増加させなかったので、
  • [名前]ボックスには、グループの作成後に更新されませんでしたします。
  • MarvinSketchのアプリケーションが理解&QUOTていませんでした。 - {名}&QUOT。コマンドラインパラメータます。
  • ときは構造&GT。オンラインメニューを構造化検索Linuxで呼び出された、デフォルトのブラウザが結果(フォーラムトピック)を表示するために検出することができなかった。

  • その圧縮されていないバージョンがキャッシュに格納されていた場合は、
  • Javaキャッシュからisotopes.dataファイルの読み込みに失敗しました(すなわち非圧縮は、Webサーバによって自動的に行われず、マーヴィンによるた場合)。フォーラムのトピック、ドキュメンテーションます。
  • グラフィカルオブジェクトは、ジオメトリプラグインの結果ウィンドウに表示されませんでしたします。
  • は電子の流れを矢印で強調表示するブルーボックス(フォーラムトピック)抜けていたします。
  • 定義が削除された場合、リガンド順は足場上に表示されていなかった場合であっても&QUOT;常に&QUOT。リガンド注文とQUOT、表示オプションがQUOT&用に設定された。 [環境設定]ダイアログでます。
  • 多施設アトムのインデックスは、それがR-グループに接続された場合、MDLモル形式にエクスポートした後壊れていました。
  • アローは、MRVのインポート/エクスポート(フォーラムトピック)中に損傷した長方形にこだわっます。
  • 1文字のペプチドの輸入は、単一のヒスチジン(フォーラムトピック)で失敗します。
  • 暗黙の水素がSKCからインポートすることで欠落していたします。
  • MolAtomのNULLプロパティ値がエクスポートされていない/ MRVの形式でインポートします。
  • 特定のSMARTSをインポートすることで、間違った債券の種類ではなく、単一または芳香族の結合から決定した。

  • ChemDrawの中で描かれたのCDXファイルからインポート
  • 特定のブラケットが間違った方向に表示されていたします。
  • はエクスポートをSMARTS:芳香環の1原子の単結合の隣人は、単結合の代わりに、シングル/芳香としてエクスポートします。
  • SMARTS形式でリンクノードとR基を持つクエリをエクスポートが間違っていたします。
  • H原子取り扱いはSMARTS式で曖昧だっます。
  • モルファイルのコメントフィールドのインポートが失敗します。
  • 特定のSMILESのインポートは、間違った(フォーラムトピック)であった。

  • <李>テンプレートリング(または環系)の一部として対象に配置することができる鎖部我々は、テンプレートの一部を無視する必要が含まれている場合ます。
  • Clean3DのファインHydrogenizeを持つオプションは自動的にS-グループのグループ化を解除しなかった(フォーラムトピック)します。
  • Molecule.contractSgroups()は、分子座標(フォーラムトピックを)台無しにします。
  • 明示的な水素が適切にシス/トランスの立体化学の計算では考慮されませんでしたします。
  • 互変異性ジェネレータは、いくつかのケースでは、ArrayIndexOutOfBoundsExceptionを投げます。
  • ホモロジー列挙は、いくつかのVMN入力用の一貫性のない分子を生成します。
  • 誤った料金はCovalentCounterionの定着液を適用した後にカウントします。

  • <李> StructureCheckerコマンドラインのログ出力フォーマットは、ウィザードの出力フォーマットは異なっていた。
  • ChiralFlagErrorCheckerが正しくキラリティーを処理しませんでした。代わりに、パリティデータのキラリティーを計算するのではなく、TopologyAnalyserのisChiral法に基づく実装を使用します。
  • の新機能の電子流の矢印のバージョン5.4.0.1:

    • Highlightingで時ベース間違っていたまたはエンドポイントは、結合(フォーラムトピック)であった。
    • 直列化されたメニュー構成では動作しませんでしたします。
    • 多施設アトムのインデックスが誤ってR基が多原子(位置変動債)に接続されていた構造の場合におけるMDL MOLFileのエクスポート中に作成されたします。
    • 暗黙の水素がISIS /のSymyxスケッチファイル形式で構造のインポートやペースト(SKCファイル形式)の後に原子から欠落します。

    • ChemDrawの古いバージョンからエクスポート回転した図形オブジェクトを含む
    • CDXファイルがインポートできませんでしたします。
    • 互変異性計算します。
    • ジェネリック互変異性体は、いくつかのケースでは十分で一意ではありませんでした。修正のために、一般的な互変異性体は、芳香族のフォームを提供されます。
    • Canoncical互変異性体の計算が原因脱芳香族の修正に改善されています。

    • ウェッジ結合で結合している明示的な水素を有する
    • 特定の構造は、一般的な互変異性化中に例外を与えます。
    • 体積計算がcxcalcから欠落します。
    • 構造チェッカーではなく、誤った設定ファイルを無視NullPointerExceptionを投げます。

    のバージョン5.1.03.2:

    • IUPAC名前のインポートでの新しい何が:構造にIUPAC名を変換する。
    • OLE 2サポート:MSのOfficeドキュメントにオブジェクトMarvinSketchで貼り付けのサポートを改善します。
    • 化学用語:コマンドラインでマービンから入手、APIとは(アプレットでの)は、Javaスクリプトで使用することができます。
    • スタンドアロンバージョンとして、および他のアプリケーションで実装されたコンポーネントとしても、起動時にMarvinSketchでとMarvinViewの初期化を加速します。

    の要件

    • は、Java 2 Standard Editionのランタイム環境ます。

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