Biopython

• Bio.Phyloは今ヤンボイェによるGSOCの仕事上から、ツリー構築とコンセンサスモジュールを持っています。
• Bio.Entrezは今自動的にダウンロードし、ユーザーのホームディレクトリの下に、XML解析のための新しいNCBI DTDファイルをキャッシュします（システムのようにUnix上で〜/ .biopythonを使用して、Windows上の$ APPDATAは/ biopython）します。
• Bio.Sequencing.Applications今samtoolsコマンドラインツールのラッパーが含まれます。
• Bio.PopGen.SimCoalは今もfastsimcoalをサポートしています。
• SearchIO hmmer3テキスト、hmmer3-タブ、およびhmmer3-domtabは今hmmer3.1b1からの出力をサポートしています。
• BioSQLは現在、MySQLデータベースに接続するためのMySQLdb（Pythonの2のみ）の代替として（Pythonの2、3、PyPyは利用可能）のmysql-コネクタパッケージを使用することができます。

今、組み込みの次の機能にはPython 3のスタイルを使用しています。

のバージョン1.63のの新機能であるPythonの2スタイルのイテレータ」.nextの代わりに（）メソッドます。

• 現在のバージョンでは、2to3はライブラリの要件を削除します。

のバージョン1.62のの新機能です。正式にはPython 3をサポートしていますBiopythonの

• 最初のリリース

のバージョン1.60のの新機能：

• 新しいモジュールBio.bgzfは（BGZFファイルを読み書きサポートしていますブロックされたのGNU zip形式）、効率的なランダムアクセスとGZIPの変種は、最も一般的にBAMファイル形式のとTABIXにおける一部として使用されます。
• のGenBank / EMBLパーサは現在、（なしとして機能の場所を残して）認識されていない機能の場所に警告を与え、構文解析していきます。
• Bio.PDB.MMCIFParserがデフォルトでコンパイルされた（しかしまだJythonの、PyPyはやPython 3の下では使用できません）されます。

の新機能のバージョン1.59でます：

• 新しいモジュールBio.TogoWS TogoWS RESTのラッパーを提供していますAPIます。
• NCBIのEntrezのフェッチ機能Bio.Entrez.efetchがEFetch 2.0で複数のIDの引数のNCBIの厳格な取り扱いを処理するために更新されています。

のバージョン1.58のの新機能：PAMLための

• 新しいインターフェイスとパーサ（系統解析によって最尤）プログラムのパッケージ、サポートcodeml、basemlとyn00だけでなく、χ2のPythonの再実装がBio.Phylo.PAMLモジュールとして追加されました。
• Bio.SeqIOは現在、ABIファイル用の読み取りサポートが含まれています。（;サンガー＆QUOT;＆QUOT PHRED品質を有すると呼ばれる配列を含むキャピラリーシークエンストレースファイルを、）します。
• Bio.AlignIO＆QUOT、FASTA-M10＆QUOT。ビル·ピアソンのFASTAバージョン3.36で使用されるようにパーサがマーカーラインに対応するように更新されました。


• Biopython今PIPでインストールすることができます。

のバージョン1.57にの新機能である。

は、のバージョン1.56のの新機能：

• Bio.SeqIOモジュールは、タンパク質EMBLをサポートするように更新されました（特許のデータベースに使用される）ファイル、（ウリLasersonから助けを借りて、EMBLファイル形式の変種、）IMGTファイル、およびUniProtのXMLファイルます。

のバージョン1.55のの新機能：

• 多くの作業は、Python 3サポート（経由の方になっている2to3はスクリプト）が、我々はあなたが変更に気づくべきではない何かを壊した場合を除きます。
• は、新機能の面では、最も顕著なハイライトは、コマンドラインツールアプリケーションラッパークラスは、それがはるか​​に容易に外部ツールを呼び出すために作るべきか、今実行可能であるということです。

の要件の

• はPython 2.6以上