The Chemistry Development Kit

（また、CDKとも呼ばれます）

化学開発キットは、プラットフォームに依存しない、自由に配布され、オープンソースのライブラリソフトウェアJavaで実装されており、特に、構造バイオインフォマティクス、ケムインフォマティクスと計算化学のために設計されています。

プロジェクトは、コードを再利用することにより多くの時間と労力を節約したいプログラマのために特別に調整種々の有用なアルゴリズムとデータ構造で構成されています。化学開発キットは、エンドユーザーによって使用されるように設計されていない。

主な機能は、読書のためのサポートと化学データ形式を書いて、化学構造をレンダリングするためのサポート、QSARのサポート（定量的構造＆ndashする;活動の関係）が含まれる。化学グラフ理論を支持するための記述子だけでなく、内蔵のアルゴリズムを

あなたの便宜のために、アプリケーションは、JARファイル形式で事前に作成されたバイナリとして配布されます。あなたのプロジェクトでそれを使用するには、単にあなたが、プログラム＆rsquoを見つけることができ、上記のリンクを使用してSoftowareから最新の安定版をダウンロードしてください; sのソースtarballを

プログラマは、さまざまなテストを実行する方法を、ソースからプログラムをコンパイルする方法についての詳細な情報を見つけるでしょう、だけでなく、tar.gz形式アーカイブの内側に配置されているReadme.txtファイルの他のプログラムでそれを使用する方法。

CDK（化学開発キット）ソフトウェアのフードの下で見ると、我々はそれがJavaプログラミング言語で書かれていることに言及することができます。

現在、それは、GNU / Linuxのは、Microsoft WindowsとMac OS Xオペレーティングシステムの32ビットおよび64ビットの味と完全に互換性があります。およびJava Development Kit（JDK）＆NBSP;しかし、それはJavaランタイム環境（JRE）＆NBSPでサポートされている任意のOS上で動作するはずの技術を

この何このリリースで新しく追加されました：。

IAtomcontainerの形式電荷はIMolecularFormulaに転送され、
バグを修正2787332 gasteiger料計算の古い結合配列に設定しました。
バグ2788357を修正するために更新SMARTSQueryToolは今construcにTokenMgrErrorをキャッチ
Gitのレポにソースにcdk.githashタグとリンクJavadocを処理するために追加された新しいタグレット
タグをcdk.githashするように更新cdk.svnrevタグ
Bug_2787332。トリクロサン分子を追加試験（InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
削除された旧式のレンダラコード：使用CDK-1.0.xのかjchempaint一次のいずれか
パーサのテストスイートのバグ2786624のための追加されたテスト
PMDのページへのリンクを追加しました
JUnitの統計情報へのリンクを追加しました
ペレ@夜間へのリンクと、モジュール内のクラスのリストを追加しました
モジュールのHTMLページを作成するための設定を追加しました
モジュールのHTMLページを作成するための設定を追加しました

このバージョン1.5.10の新機能：

このIAtomcontainerの形式電荷はIMolecularFormulaに転送され、
バグを修正2787332 gasteiger料計算の古い結合配列に設定しました。
バグ2788357を修正するために更新SMARTSQueryToolは今construcにTokenMgrErrorをキャッチ
Gitのレポにソースにcdk.githashタグとリンクJavadocを処理するために追加された新しいタグレット
タグをcdk.githashするように更新cdk.svnrevタグ
Bug_2787332。トリクロサン分子を追加試験（InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
削除された旧式のレンダラコード：使用CDK-1.0.xのかjchempaint一次のいずれか
パーサのテストスイートのバグ2786624のための追加されたテスト
PMDのページへのリンクを追加しました
JUnitの統計情報へのリンクを追加しました
ペレ@夜間へのリンクと、モジュール内のクラスのリストを追加しました
モジュールのHTMLページを作成するための設定を追加しました
モジュールのHTMLページを作成するための設定を追加しました

このバージョン1.2.2の新機能です：

この修正されたリンク。次善の、（実行パスがまだ単一夜間インスタンスにハードコードされているが、我々はすべてのナイトリーを超えるものを要約するために、まだXMLフレームワークを持っていないとして、
更新されたバージョン番号
IAtomContainersを確保するために追加されたテストはIMoleculeSet.add経由で潜入されていません（IAtomContainerSet）
あまりにも上書きaddAtomContainer（IAtomContainer、ダブル）、非IMoleculeが渡されたとき、IllegalArgumentExceptionをスローします
今ではIMoleculeないIAtomContainerを保存しようとするIllegalArgumentExceptionをスローします
＃2784182のための追加されたユニットテスト
レセルピンとの新しいテスト
スレッドの安全性のための追加されたタグレット
1原子以下では、我々は必要ないパーティションが存在しないとして、それが接続されるように定義します（修正＃2784209、無原子とIAtomContainerにNullPointerExceptionが発生）
現在、障害が発生したバグ＃2784209のための追加されたユニットテスト
明示的なorg.openscience.cdkパッケージ名の詳細除去：throws節
明示的なorg.openscience.cdkパッケージ名の詳細除去
明示的なorg.openscience.cdkパッケージ名の詳細除去：新しいorg.openscience.cdk.Fooのための（）の呼び出し
削除された明示的なorg.openscience.cdk.interfacesパッケージ名（修正＃2783549）
datadebugモジュールでorg.openscience.cdkのため、輸入を支持して、明示的なパッケージ名を削除しました（修正＃2783549）
データモジュールでorg.openscience.cdkのため、輸入を支持して、明示的なパッケージ名を削除しました（修正＃2783549）
AllRingsFinder上の再帰オプションのブレイクアウト
文字列の元素式充電からの抽出。
文字列の元素式充電からの抽出。
質量のコントローラ、それが範囲外であります
インテリジェントPLANAR3 NにHさんを追加するように更新、バグ2781199を修正
バグ2781199のための追加されたテストケース
catchブロック内で行わCDKExceptionコンストラクタの呼び出しは、現在のスタックトレースを維持するためにルート例外を含みます
catchブロック内で行わCDKExceptionコンストラクタの呼び出しは、現在のスタックトレースを維持するためにルート例外を含みます
catchブロック内で行わCDKExceptionコンストラクタの呼び出しは、現在のスタックトレースを維持するためにルート例外を含みます
catchブロック内で行わCDKExceptionコンストラクタの呼び出しは、現在のスタックトレースを維持するためにルート例外を含みます
catchブロック内で行わCDKExceptionコンストラクタの呼び出しは、現在のスタックトレースを維持するためにルート例外を含みます
catchブロック内で行わCDKExceptionコンストラクタの呼び出しは、現在のスタックトレースを維持するためにルート例外を含みます
catchブロック内で行わCDKExceptionコンストラクタの呼び出しは、現在のスタックトレースを維持するためにルート例外を含みます
catchブロック内で行わCDKExceptionコンストラクタの呼び出しは、現在のスタックトレースを維持するためにルート例外を含みます
catchブロック内で行わCDKExceptionコンストラクタの呼び出しは、現在のスタックトレースを維持するためにルート例外を含みます
catchブロック内で行わCDKExceptionコンストラクタの呼び出しは、現在のスタックトレースを維持するためにルート例外を含み
catchブロック内で行わCDKExceptionコンストラクタの呼び出しは、現在のスタックトレースを維持するためにルート例外を含み
catchブロック内で行わCDKExceptionコンストラクタの呼び出しは、現在のスタックトレースを維持するためにルート例外を含み
catchブロック内で行わCDKExceptionコンストラクタの呼び出しは、現在のスタックトレースを維持するためにルート例外を含み
catchブロック内で行わCDKExceptionコンストラクタの呼び出しは、現在のスタックトレースを維持するためにルート例外を含み
SDフィールドはすべての分子のために読み込まれていることを確認するためのユニットテストを追加しました
テストを分割
新しいファイル
CMLの読書のためのより多くのテスト
＃1848591のための追加されたユニットテスト：不正なMurckoフレームワーク
固定されたキャストは、冗長完全なパッケージ名を削除します
＃2692107のための追加されたユニットテスト
固定タイプミス： 's'が不足しています

このバージョン1.2.1の新機能：

このバグが修正されました2714283、リングが適切に閉じていないときに適切に例外をスローします。リングは、適切なリング番号で閉鎖されていない場合は、InvalidSmilesExceptionがスローされます。マッチデイライト動作
バグを修正2729120、コメントを追加しました単体テスト
バグ2768643を修正するために更新コメント。
それのためのバグ2719237.メイドgetBondOrderSum静的、追加されたユニットテストのための部分的な修正
タイプミス：proteinl - ＆GT;タンパク質
メイドクラスのパブリック、ビルドに追加壊れないように/ *。javafiles
R0のためのマッチング部分的に固定されたSMARTS。更新された標的分子の初期化は、環中の原子ではないとR0が指定されている明示的なチェックを行うためにも更新RingMembership原子を明示的に示すことができます。一部のバグ2587204を修正
固定怪しげな等価テスト。プライベートメソッドは、参照を経由してダブルオブジェクトをチェックしていました。彼らがnullだったときにうまく働きました。我々は値で比較する必要がある場合に失敗します。コー​​ドは、アカウントにそれを取るために更新されます。追加されたユニットテスト（及びそれを試験することができるように保護された方法で作られました）
試験方法の注釈を追加しました。データモジュールのカバレッジを完了します
それはプライベートなパッケージにするリファクタリングさChiIndexUtils。それが唯一のカイ記述子コードで使用されているので、公開APIをクリーンアップします。すべての依存クラスを更新しました。 （に充填する必要がある！）テストコードを移動ならびに
ChiIndexUtilsのコードのクリーンアップ。 1.5イディオムに変換
コアが完全に覆われるように、PathToolsのクリーンアップと試験方法の注釈を追加しました
以前はcdk.keyword行を編集するためにコミットを修正し、ないcdk.moduleライン
使用されるより一貫性のあるキーワード
Integerオブジェクトが値ではなく参照によって比較されていることを確認するためのテストを追加しました
デシリアライズされたオブジェクトを使用する際に原子コンテナの差分が正しいことを確認するためのテストケースを追加しました
それは実際にかなりIntegerオブジェクトの参照よりも整数値をチェックするようにIntegerDifferenceを修正しました。オブジェクトは元のオブジェクトと一致していないディスクにシリアライズした後、非直列化することにより、問題​​を修正しました（すなわち、非空の差分文字列）
アプライド・パッチ＃2675819（ステファン・クーン）：パッチreactionSetにremoveReactionを追加します
実装の代わりにインタフェースを使用してください
未使用のインポートを削除しました
代わりにIMoleculeの使用IAtomContainer、実際のマッチングがすでにIAtomContainersを使用しているように（修正＃2686249）
固定のClassCastException（修正＃2685134）
Ubuntuの.debファイルを構築する修正するために追加されたソースATTRIB
固定されたヘルプビルドシステム：/ develjarにドックレットのjarファイルを使用します。新しいsrcフォルダのSRC /主のために更新。 rt.jarのの除去された非常に古い使用
削除さlibdependsは、実際にlibdependsを持っていないテストioformats、が挙げられます
ターゲット原子が（そのような擬似原子など）何のシンボルを持っていない場合は、一致が（むしろNPEより）がfalseを返すように更新しました
#nのSMARTSのquerysの固定適切な取り扱い
バグ2686473のための追加されたテストケース
必要なのAnt 1.7.1上の注意事項を追加しました
NPEソース修正：「ヌル== 2 'の例外が発生するので、nullであるかどうかのための最初のテスト
2009年の固定された著作権表示
のみSDGモジュールに属するレイアウトテンプレートの固定重複ストレージではなく、余分なモジュールすぎます
../../git-svn/cdkのブランチ」local1.2」をマージ

このバージョン1.2.0の新機能です：

このはFingerprinterに問題、2文字記号の使用とIPseudoAtomを解析するいくつかのSMARTSを修正し、4つの新しい原子タイプ定義を追加し、ヨウ素および硫黄のために。

このバージョン1.1.5の新機能です：

このほとんどはバグ修正。

このバージョン1.1.4の新機能です：

このほとんどが小さなバグ修正。

このバージョン1.1.1の新機能です：

このほとんどが小さなバグ修正と一般的なコードのクリーンアップ。

このバージョン1.1.0の新機能です：

この多くは、多くの変更。

この要件ます。

のJava 2 Standard Editionのランタイム環境