BioJava

これは、分析・統計ルーチンを提供し、一般的なファイルフォーマットのパーサおよびシーケンスと3D構造の操作を可能にする。

BioJavaは、バイオインフォマティクスの世界では、Javaの可能性を探求するためのツールです。

<強い>このリリースではの新機能：ます。

<強い>バージョン4.0.0のの新機能：

• 一貫性のエラーログ。 SLF4Jは、ログに使用され、すべての主要なロギング実装のためのアダプタを提供してます。

例外の
• の改善取り扱います。
• は非推奨のメソッドを削除します。
• BioJavaのチュートリアルを拡張ます。
• は、該当する場合の依存関係を更新します。

Mavenのセントラルで利用可能
• ます。

<強い>バージョン3.1.0のの新機能：

• 新機能：

追加パラメータます。と
• CE-CPバージョン1.4、
• スコープ2.04にアップデートします。
• の解析FASTQの改善ます。
• を解析するPDBのバグを修正
• 構造アラインメントに多少の修正を加えました。

<強い>バージョン3.0.8のの新機能は次のとおりです。

• 新規：
• ジェン・ライターます。
• UCSCからの核型ファイルのパーサーます。
• UCSCからの遺伝子の位置については、パーサます。

genenames.orgから遺伝子名ファイルの
• パーサーます。

生存分析のためのCox回帰コードの
• モジュール
• アクセス可能表面積の計算（ASA）
• .OBOファイルを解析するためのモジュール（オントロジー）
• 改良：
• SCOPとバークレー-SCOP分類の表現ます。

<強い>何がバージョン3.0.7でのの新規でます。

• 基本的なGenBankのパーサーを追加しました。
。
Nとのコドンを翻訳する際に
• 問題が修正されます。
• 今タンパク質構造に結合を推測することができます。
• 生物および発現系のための型式mmcifレコードを解析するためのサポートが追加されました。
• 多くの小さなバグの修正と改良ます。

<強い>バージョン3.0.6の新のです何ます。

• 開発ではGitHubに移動します。https：// github.com/biojava/biojavaます。

<強い>バージョン3.0.5の新のあるもの：ます。

• CATH分類のための新しいパーサーます。
• ストックホルムのファイル形式の新しいパーサます。

タンパク質構造の生物学的なアセンブリの
• 大幅に改善表現。今非対称ユニットからの生物学的アセンブリを再作成することができます。
• いくつかのバグが修正されます。

これは主に問題に対処するバグ修正リリースです。

<強い>バージョン3.0.4のの新機能でありますタンパク質の構造と障害モジュールます。

• 新機能の1つ：SCOPデータは、現在のいずれかの英国やバークレー版のオリジナルSCOPサイトからアクセスすることができます。

<強い>バージョン3.0.3の新のです何ます。

• Webサービスモジュールに有意な改善（NCBIブラストそして、HMMER Webサービス）ます。
• ＆QUOT;ニューQUOT; （バージョン3にbiojava 1シリーズから移植された）FASTQパーサーます。
• UniProtのマッピングに選別し、PDBのサポートます。
• Protmodモジュールはmodfinderに改名ます。

<強い>バージョン3.0.2のの新機能：

• タンパク質構造：タンパク質ドメインの処理を改良：今SCOPはサポートしています。タンパク質ドメインパーサに基づいてタンパク質ドメインの自動化された予測のための新機能、ます。
• いくつかの他のモジュール内のマイナーな改良とバグ修正ます。
• biojava3-AA-小道具：この新しいモジュールは、物理化学的およびタンパク質配列の他の特性の計算を可能にする
。
• biojava3タンパク質-障害：タンパク質における無秩序化領域を予測するための新しいモジュール。それはRONN予測のJava実装に基づいてます。

3.0.1リリースでは、主にバグ修正でます。

<強い>バージョン3.0.1のの新機能でありますbiojavaコード・ベースの主要な書き換えを提供リリースし、最近の3.0のリリースます。

このの要件の

• のJava 1.6以上