DendroPy

これは、このような木や文字マトリックスのような系統発生のデータを操作するためのクラスと関数を提供します。
それはまた、NEXUS、NeXML、PHYLIP、Newickの、FASTAなどのような標準的な系統学的データフォーマットの範囲内でデータの読み書きをサポートしています..
また、いくつかの有用な系統学的計算を実行するためのスクリプトは、系統樹の事後サンプルで指定された分割またはクレードのサポートをまとめたものは、そのようなSumTreesとして、ライブラリーの一部として配布されています。
ダウンロードパッケージのドキュメントやチュートリアルファイルが拡張されます。

このリリースの新機能です。

このメタデータアノテーションのための新しいインフラストラクチャ：AnnotationSetと注釈。
NeXML 0.9メタデータの解析と書き込みのフルサポート。
get_from_url（）とread_from_url（）メソッドは、現在のURLから系統学的データの読み出しを可能にします。
追加GBIFの相互運用性モジュール（＆QUOT; dendropy.interop.gbif＆QUOT;）。

このバージョン3.12.2の新機能です。AnnotationSetと注釈：メタデータアノテーションの

この新しいインフラストラクチャ。
NeXML 0.9メタデータの解析と書き込みのフルサポート。
get_from_url（）とread_from_url（）メソッドは、現在のURLから系統学的データの読み出しを可能にします。
追加GBIFの相互運用性モジュール（＆QUOT; dendropy.interop.gbif＆QUOT;）。

このバージョン3.11.0の新機能：複数の入力ツリー全体から分岐ラベルの連結のための

この新しいアプリケーションスクリプト：sumlabels.py。
新しい相互運用クラスdendropy.interop.seqgen.SeqGen：SEQ-ゲンのラッパーは、ライブラリに統合されています。
新しい相互運用機能dendropy.interop.muscle.muscle_align（）：筋の位置合わせのためのラッパー。
新しい相互運用クラスdendropy.interop.raxml.RaxmlRunner：RAxMLのラッパー。
prune_taxa（）メソッドは、CharacterMatrixに追加。
dendropy.mathlib：数学モジュールは、独自のサブパッケージに移動しました。
行列やベクトル演算のための新しいモジュール：dendropy.mathlib.linearalg。
統計的距離計算のための新しいモジュール：dendropy.mathlib.distance。
dendropy.mathlib.distanceでマハラノビス距離計算機能の家族：squared_mahalanobis、squared_mahalanobis_1d、マハラノビス、mahalanobis_1d。

この新機能：

このバージョン3.9.0の新機能です。
系統発生の独立したコントラスト（PIC）の分析は、現在dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrastsクラスを用いて行うことができます。
簡体含ま造膜助剤（種・ツリーの遺伝子木）シミュレーション。
変更：
キーワードas_stringに引数（）、write_to_path（）、write_to_file、などの方法がNEXUSとNewickのフォーマットのためのより一貫性になるように調整されています。前のキーワードはまだサポートされていますが、廃止される予定です。参照：サポートされているキーワード引数の新しいセットがで見ることができNEXUSとNewickの書き込みをカスタマイズ＆＃x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick＆＃Spark Proのを。セクション。
NEXUSとNewickのフォーマットは現在、大文字と小文字を区別しない分類群のラベルにデフォルト設定。大文字小文字の区別のための偽case_insensitive_taxon_labelsを=で指定します。
バグの修正：
インターリーブ文字を読むと、次のブロックになることはなくなりましたが（NEXUS）をスキップしていないされている行列します。
要約統計量を計算する際にはOverflowErrorをキャッチ。

このバージョン3.8.0の新機能：

このツリーオブジェクトは、今中間点でrerootedすることができます（Tree.reroot_at_midpoint（）を参照してください）​​。
注釈（すなわち、ツリーの属性、ノードまたはエッジがあったオブジェクト＆QUOT;注釈を付ける（）＆QUOT;それらに呼ばれる）は、現在のメタデータコメントとして書き込むことができます（＆QUOT; [＆フィールド=値]＆QUOT;）NEXUS / Newickの形式を書きますキーワード引数annotations_as_commentsが使用される場合。
extract_comment_metadataを指定して、NEXUS / Newickの形式のツリーに読み込むとき=メタデータのコメントになります真のキーはフィールド値であるフィールド名と値であることと、辞書に引っ張られます。
NEXUS形式のデータを読み出す場合、ブロックが処理され、キャラクタ・セットは、関連するCharacterDataMatrixに解析設定します。
文字セットは、（例えば、NEXUSから解析として、ブロックを設定します。上記参照）新しいCharacterDataMatrixオブジェクトとしてエクスポートすることができ、および/ etc操作/保存すること。 independentally。
NEXUSやNewickのフォーマットで記述する場合、キーワード引数（TrueまたはFalse）write_item_commentsは木上のノ​​ードに関連付けられた拡張コメントが書き込まれるかどうかを制御することができます。
TopologyCounterクラスがdendropy.treesumに追加：トポロジー周波数の追跡を可能にします。
treesplits.tree_from_splits（）分割の集合から（トポロジ専用）木の構築ができます。
「dendropy.treemanip」であるために使用されるほとんどの機能は、今dendropy.Treeクラスのネイティブメソッドとして移行されています。 「dendropy.treemanip」は廃止される予定です。
木は今（以前、メソッドが唯一の分類群のオブジェクトのリストを受け入れる）を削除または維持するための分類群のラベルのリストに基づいて剪定することができます。

この新機能：

このバージョン3.7.1の新機能です。
「一般的なサンプリング・アプローチ」の実施（ハートマンら2010：進化モデルから木をサンプリングするステップと、SYST BIOLは49、465から476。。。）出生死モデルから木をシミュレートする方法。
変更：
いくつかの確率関数の正しい/一貫性のある名前。
バグの修正：
' - スプリットエッジ'オプションSumTrees「-e '/を使用した場合、出力ファイルの上書きを確認するのにバグ。
「taxon_set」に修正「taxa_block」に古代と白髪交じりの半化石化参照。

このバージョン3.7.0の新機能です：

このBSDスタイルのライセンスに移行しました。

このバージョン3.6.1の新機能：

このSumTrees今、古いバージョンのPython（つまり＆＃のx3c; 2.6）の下で（シリアルモードで）動作します。
Pythonの2.4.x.との互換性のための修正

このバージョン3.5.0の新機能である：（デフォルト）昇順または（ladderize（右=真））を降順にノードを注文し、

この追加しましたladderize（）メソッド。
追加＆QUOT;獣サマリーツリー＆QUOT; BEAST注釈付きコンセンサスツリーを処理するためのスキーマ仕様。
dendropy.interop.ncbi：NCBIデータベースと対話するための新しいモジュールが追加されました。

このバージョン3.4の新機能です：

このバンドルez_setup.pyを最新版に更新しました。

この要件：

このはPython 2.4から3.0