CodonWは、コドンとアミノ酸の使用量の多変量解析(コレスポンデンス分析)を簡素化するために設計されたプログラムです。また、コドン使用の標準指標を計算します。これは、メニューやコマンドライン·インタフェースの両方を備えています。
CodonWプロジェクトはポールシャープ、遺伝学部、ノッティンガム大学の研究室でジョン·ピーデンによって書かれました。ジョンは人類遺伝学で働いており、現在はオックスフォード大学でWTCHGでProCardisデータベース·マネージャーとして採用されています。
ここで、「CodonW」のある主要な機能は次のとおりです。
·ANSI準拠のC言語で書かれました
·メニュー方式
·コマンドラインオプションの大規模な数
·遺伝コードに依存しません
·上の制限なしに
配列の1の数
2.シーケンス長
·コドン使用頻度指数を計算します
1. CAI:コドン適応指数
2. FOP:最適なコドンの頻度
3.ノースカロライナ:コドンの有効数
4. CBI:コドンバイアスランキング
·アミノ酸指数を計算します
1.肉汁スコア
2.芳香族性
·の対応分析を計算します
1.コドン使用
2. RSCU(相対同義コドン使用)
3.アミノ酸の使用
·対応分析
1.コドン/アミノ酸を包含/除外することができます
2.トレンドの詳細なレポートを生成することができます
3.試みが自動的に最適なコドンを同定するために
4.追加のデータセットを追加することを許可することができ
5.トレンドの任意の数を記録します
·計算し遺伝子パラメータ
1.遺伝子長
2. GC、GC3sおよびコドン位置特定のG + C
3.ジヌクレオチド組成物(3つすべてのコドンのフレームで)
4.アミノ酸の使用
前記相対的なアミノ酸の使用
6.コドン使用頻度
7.相対同義コドン使用
·概念的タンパク質に配列を変換することができます
·配列データの書式を変更します
·人間または機械可読出力
·計算するために(リーディングフレームを維持しながら)遺伝子を連結することができます
1.全体的なコドン使用
2. GC含量
3.ジヌクレオチド組成
·コドン、アミノ酸、またはRSCU使用のテーブルを生成します
·も、あなたは遺伝コードを学ぶのを助けることができます。
·よります。
カテゴリから探す
人気のソフトウェア
-
Endless OS 17 Aug 18
-
Absolute Linux 22 Jun 18
-
Elementary OS 17 Aug 18
-
Kismet 17 Feb 15
-
Xfburn 17 Feb 15
-
Quirky Linux 22 Jun 18
-
OpenShot Video Editor 17 Aug 18
CodonW
同じようなソフトウェア
massXpert mass spectrometry package
11 May 15
Pathomx
17 Feb 15
NEO
15 Apr 15
OpenElectrophy
15 Apr 15
開発者の他のソフトウェア John Peden
WP BackItUp
1 Oct 15
へのコメント CodonW
カテゴリから探す
人気のソフトウェア
-
Zorin OS Lite 16 Aug 18
-
Linux Lite 20 Jan 18
-
Puppy Linux "Slacko" 14 Jul 16
-
VueScan 16 Aug 18
-
Puppy Linux Tahrpup 17 Feb 15
-
NAS4Free 2 Oct 17
-
OpenShot Video Editor 17 Aug 18
コメントが見つかりません