edittag

edittagは、編集メトリック配列タグのセットを設計する編集メトリックにフォメーションのための配列タグをチェックして、プラットフォーム固有のシークエンシングアダプターとPCRプライマーに配列タグを統合するためのアプリケーションのコレクションです。 edittagは他のアプローチとは異なります。
＆NBSP; * edittagはマルチプロセッシングを使用して、合理的な時間枠で編集メトリック配列タグの任意の長さを生成し、
とをタップ; * edittag編集メトリック配列タグセットは、選択編集距離に適合生成
＆NBSP; * edittag使用プライマー3は​​、PCRプライマーに配列タグを統合する
私たちは、次の形式でedittagを使用して設計され、編集メトリック配列タグのいくつかの大規模なセットを提供します。
＆NBSP; *テキスト - このファイルはcheck_levenshtien_distance.pyに適した形式である
＆NBSP; * CSV
＆NBSP; * SQLiteデータベース
の引用の
Faircloth BC、グレンTC。編集メトリック配列同定の大きなセット
大規模多重化を容易にするために、タグは、大規模から読み取る
並列シーケンシング。 doi_
のインストール：の
easy_installを
easy_installをedittag
tar.gz形式
wgetのpackage.tar.gz
タール-xzf package.tar.gz
Pythonはsetup.py installを
リポジトリ
gitのクローンgitの：//github.com/baddna/edittag.git edittag
オプションパッケージ（PY-レーベンシュタイン）
wgetのhttp://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
タール-xzvfのpython-レーベン-0.10.1.tar.bz2
Pythonはsetup.py installを
オプションパッケージ（プライマー3）
あなたが編集メトリック配列タグを組み込むプライマーを設計したい場合は、最初にプライマー3の修正版をインストールする必要があります。
gitのクローンgitの：//github.com/baddna/mod-primer3.git
CD MOD-プライマー3 / SRC
作る
make installを
あなたがパス内の場所にMOD-プライマー3からバイナリを動かしていることを確認してください（少なくともプライマー3-長い移動して、あなたのパスに同じディレクトリにprimer3_config）。あなたが次に実行することができます。

の要件の

• のPythonます。
• NumPyをします。
• レーベンます。
• MOD-プライマー3