ソフトウェアのスクリーンショット:
リラックスは、有機分子、RNA、タンパク質、糖、DNA、および多くの他の生体分子を支持する、実験的なNMRデータを解析することにより、分子動力学を研究するために設計されているオープンソースと自由に配布ソフトウェアプロジェクトです。
機能概要
リラックスは、いくつかのNMR理論をサポートするモジュール部品等の各種データ分析ツールを実装し、そのようなダーシャやModelfreeなどの他のプログラムとインターフェースすることができます。さらに、それは、NMR理論の広い範囲をサポートする複数のデータ解析ツールを組み込んだ、ユーザがデータを視覚化するために、並びに、他のプログラムと対話することができます。
CLIとGUI環境を提供しています
アプリケーションがCLI（コマンドラインインターフェイス）とGUI（グラフィカルユーザーインターフェイス）フロントエンド、いくつかのサードパーティのグラフィカル・ユーザー・インターフェース（GUI）の両方が付属しているという事実にもかかわらず、リラックスのために存在します。
分析の様々なタイプをサポートしています
の分析のサポートされているタイプの中で、緩和分散、複数のフィールドNMR（核磁気共鳴）緩和データ、N-状態モデルとフレーム順序、モデルフリー解析、R1とR2の整合性テスト、NOE、RSDMを扱うことができますリラックス（スペクトル密度マッピングの削減）、ならびに立体化学の調査ます。
非常に複雑なスクリプトを作成します。
データ分析プロセスを自動化するためには、ビルディングブロックを使用して、非常に複雑なスクリプトを作成することが可能です。このため、開発者は、スクリプトの建設を理解するのに役立ちますし、より簡単に独自に作成するために、様々なサンプルスクリプトを提供します。
ボンネットの下に、OSや可用性をサポート
フードの下で見ると、我々はプログラムをPythonプログラミング言語で書かれ、それは、Linux、Microsoft WindowsおよびMac OS Xの上で動作することを意味、そのグラフィカル・ユーザ・インタフェース、クロスプラットフォームのQt GUIツールキットを使用していることに気づくことができますオペレーティング・システム
アプリケーションが32ビット（x86）および64ビット（x86_64の）命令セット・アーキテクチャと同様に、ソースtarballの両方をサポートする、多くのGNU / Linuxオペレーティングシステム用のバイナリアーカイブとしてダウンロードすることができます。
このリリースで新しく追加されます：
特徴：
リラックスマニュアルのHTMLバージョンのコンパイルのために多くの改善。
更新numpyの＆GEからすべてFutureWarningsを排除するためにリラックス。 1.9、将来性に今後のnumpyの動作の変更に対してリラックス。
relax_disp.r2eff_readユーザー機能によって複製されたR2を処理する能力、EFFのデータ点が、複製されたポイントの周波数値に0.001を追加します。
モデルフリーの結果ファイルをロードし、緩和データを逆算するための新しいサンプルスクリプト。
PDB構造データを処理するための改良。
構造のアンサンブルの主成分分析（PCA）を行うためstructure.pcaユーザ機能の実装。
Googleのクラウドコンピューティングインフラストラクチャ上の迅速な展開のためのスクリプトの追加。
変更点：
マニュアルのラーメン次モデル第二度フレーム順序行列を修正しました。間違ったシンボルが使用されていました。
LaTeXのマニュアルからnewparagraphとnewsubparagraph定義を削除しました。これらは、コンパイルされるからマニュアルのHTMLバージョンを防止、latex2htmlで競合を引き起こしていました。これらの定義は、手動での切片の現在のセットアップは不要です。
マニュアルの新しいフレームモデルの章で短いキャプションを修正しました。ルーンA> Zの文字は「DAEG」により簡単に置き換えられました。これは、コンパイルされてからHTMLマニュアルを防止latex2htmlとの非互換性によるものです。
LaTeXのマニュアルプリアンブルから固定幅の表の列の定義を除去します。定義は、本質的にランダム化されたことをHTML内の画像が得られ、図の番号の腐敗を引き起こし、latex2html互換性を壊すように必要です。
アクセントパッケージの除去は、HTMLマニュアルがコンパイルされることを可能にします。最も簡単な修正プログラムは、パッケージを排除することですので、アクセントのLaTeXのパッケージは、latex2htmlと互換性がありません。
手動でフレーム順序行列要素はlatex2htmlの互換性のためのマニュアルの数字を、EPS回転させました。 '90回転」コマンドが削除されていて、バウンディングボックスがB cをdとして並べ替え - ＆GT; B -c D -a。 latex2htmlはこれを認識しないので、これは、ドロップされるincludegraphics {}コマンドで角度引数を可能にします。これは、数字はマニュアルのHTMLバージョンで見ることができるようになります。
latex2htmlの互換性のために手動でフレーム順序パラメータネストテーブルの再設計。表には、使用されていない場合でも、latex2htmlにとって致命的であるは、TikZパッケージを、使用しています。したがって、ドキュメント/ラテックス/ frame_order / parameter_nesting.texファイル内のテーブルには、は、TikZフォーマットされた表のトリミングされたPostScript版を作成するには、スタンドアロンLaTeX文書に変換されています。コンパイルスクリプトも追加されました。結果として得られる* .PSファイルは、現在のPCS数値積分区間ではなく、は、TikZテーブルの作成このセクションに含まれています。すべては、TikZプリアンブルテキストはlatex2html実行できるように削除されました。
latex2html allrunesパッケージまたは関連したフォントを処理することができないの回避策。プリアンブルhtmlonly環境では、フレーム順序記号は、テキスト「DAEG」の代わりに、ルーン文字á> Zを使用して再定義されています。
マニュアル全体でサブと上付き文字の修正。これは、すべてのサブと上付きtextrm {}のインスタンスの周り} {紹介しています。これは、不足しているブラケットの問題が回避されるように、マニュアルのPDF版のために必要な、それは正しい表記を必要とlatex2htmlでコンパイルマニュアルのHTMLバージョンに影響を及ぼしていません。修正は新しいフレーム順序の章と同様に緩和分散章の両方のためのものです。
編集とCHANGESファイルの4.0.0一部を緩和するための修正。
更新およびリリースリラックスチェックリスト文書内のwiki指示を改善しました。
リリースチェックリスト文書内のデッドリンクのチェックについてのもう一つのwiki指示。
リリースチェックリスト文書の「お知らせ」セクションに、より小さな変更。
マニュアルのLaTeXのファイルで重複してタイトルを見つけるためのシェルスクリプトを更新しました。
Pythonスクリプトにシェルスクリプトを見つけるの重複タイトルを変換。 Pythonスクリプトは、はるかに進んでいると複製されたタイトルとその数のテーブルを生成するために異なるロジックを使用しています。スクリプトは、複製が存在して失敗した終了ステータスを返します。
クラス構造を使用するPythonスクリプトを見つけるレプリケートタイトルを変換。これは、スクリプトがモジュールとしてインポートすることができます。複製の発見は、find（）クラスメソッド内にシフトされています。
スクリプトを見つけ、レプリケート・タイトルの名前を変更しました。
シェルスクリプトを見つける重複LaTeXのタイトルを削除しました。これは、今までのところ、より高度なPythonスクリプトによって処理されます。
PDF形式とHTML形式のマニュアルのsconsのコンパイルは今、レプリケートタイトルをチェック。新しいreplicate_title_checkターゲットはsconsのスクリプトに追加されました。これは、任意のタイトルが複製されるかどうかを判断するためのスクリプトを見つけるの複製LaTeXのタイトルのfind（）メソッドを呼び出し、そうであればsconsのはsys.exit（1）コールとリターンをターゲットにしています。このターゲットはuser_manual_pdf、user_manual_pdf_nofetch、user_manual_html、user_manual_html_nofetch sconsのターゲットの開始時に設定されています。結果は、レプリケートタイトルが存在する場合、手動で変更するタイトルを強制的に、コンパイルすることができないことです。結果はHTMLページはすべて唯一の1つのHTMLページ内のレプリケートされたタイトルの結果はすべてのセクションのために作成されているように、ユニークになるということになります。
新しいフレーム順序の章が導入されたLaTeXのソース内のレプリケートされたタイトルの除去。
手動のためのLaTeXのソース内の古い複製されたタイトルの除去。これは全体の特定の分析の章だけでなく、最適化の章のための値、勾配、およびヘッセ行列のモデルフリー解析部に使用されるタイトル「モデルフリー解析」です。
replicate_title_check sconsのターゲットの修正および改善された印刷物。
numpyののPythonパッケージで発生する将来の変更から保護するために、リラックスのすべてを更新しました。 numpyのバージョン1.9からは、FutureWarningは__main __：1：FutureWarning：NONE` `との比較は、将来の要素単位オブジェクト比較になります。すべてのリラックスユーザ機能の大部分に見られます。これは、キャッチと同じメッセージとRelaxWarningになっています。問題は、比較演算子の動作は、==と！=将来のnumpyのバージョンで変更されることです。これらはである置き換え、リラックスコードベース全体ではありませんされています。変化も一致するようにminfxとbmrblibパッケージに行われました。
numpyの変化に対して、より将来の保護。 FutureWarningは、推奨されていないrank` `です。代わりに `ndim`属性または関数を使用します。行列のランクを見つけるには、 `numpy.linalg.matrix_rank`を参照してください。したがって、N-状態モデル標的関数法のparamag_info（）.ndim属性と長く使用numpy.rank（）関数を使用するように更新されました。
Mf.test_bug_23933_relax_data_read_idsシステムのテストを作成しました。緩和データをロードするときに問題：「グローバル名 'のID'が定義されていないNameError「これは、バグ＃23933をキャッチするように設計されています。 PDBファイルとリラクゼーションのデータの短縮バージョンは、のフルバージョンは、単に残基329、330からなるバグレポートに添付されている、および331は、テストスイートの共有データディレクトリに追加された、およびシステムテストが書き込まNameErrorをキャッチします。
RelaxMultiSpinIDErrorをキャッチするMf.test_bug_23933_relax_data_read_idsシステムテストを更新しました。 RelaxMultiSpinIDErrorが期待されているように、これは、システムのテストに合格することができます。
1.0.12と1.0.4にリリースチェックリスト文書内minfxとbmrblibバージョンを更新しました。これは==なしと=約numpyのFutureWarningメッセージを削除することです！将来の行動に変化しますnumpyのデータ構造へのなしの比較。
GNAを増加！リリースチェックリスト文書で深さを区画ニュース項目。
sequence.attach_protonsユーザー機能の説明を拡大しました。これはhttp://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855から続きます。
ポールSchandaからデータをテストするための初期データを追加しました。これは、R2、EFF点法を強化するいくつかの可能性があることを実証します。
Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015システムのテストを追加しました。これは、NaN値の貸し出しをキャッチします。
NaN値がスキップされていることを、シーケンス読書に追加のチェックを行いました。
950 MHzの実験のために複製された4000 Hzのポイントは上書きされませんことを確認すること。
Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015システムテストにおいて、R2、effの値をカウントするテストを追加しました。これは、複製されたR2は、950 MHzの/ 4000 Hzの点でeffが上書きされることを示しています。溶液は、データ点の追加を可能にするために、非常に小さな分散周波数を変更することができました。
Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015にさらにテストを追加しました。これは、R2の複製、EFFの値がうまく処理されていないことが表示されます。
分散のデータモジュール内r2eff_readの機能では、複製されるR2、effの値を読み取るために可能性を追加しました。これは、分散キーはR2、EFF辞書に存在するかどうかをチェック最初に行われます。それが存在する場合は、新たな可能性が存在するようになるまでの周波数に0.001を追加し続けています。これは独立した値ではなく、それらを平均化する任意の決定を行うように、複数のR2、EFFのポイントを扱うに役立つはずです。
プロットしようと何の機種情報が保存されていない場合は、リラックスエラーを発生させるの期待を追加しました。
分散曲線をプロットし、何のモデルが保存されていない場合はエラーを発生させます。
データを分析するためのサンプルスクリプトを変更しました。
自動分析およびクラスタ化されたフィットを含めるようにRelax_disp.test_paul_schanda_nov_2015システムのテストを拡張しました。これは、解析が可能になりましたことを示すべきです。
一時的な状態とデータポールSchandaにGUIセットアップ用のスクリプトを追加しました。
Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUIテストを追加しました。これは、状態をロードする問題が発生することになりますことが表示されます。トレースバック（最新の呼び出しの最後）：TypeError例外：int型（）の引数は文字列または数値ではなく、「NoneType 'でなければなりません。
モデルフリーの結果ファイルから逆算緩和データのためのサンプルスクリプトを追加しました。これらの結果ファイルを逆算データが含まれていないとして、結果ファイルは、最終的なモデルではない場合に便利です。これは、クリスティーナ・モラーのサポート要求＃3303に対応しています。
ゲイリーのlib.float.isNaN（）の代わりにmath.isnanを（）を使用して、Pythonの2.5との後方互換性を持っています。
同じ頻度でR2、EFFのポイントを読んだとき、スペルの間違いを修正し、relax_disp.r2eff_readの新しい動作を文書化します。スピンコンテナはすでにR2が含まれている場合は、「CPMGパルスの周波数」や「スピン・ロック・フィールドの強さ」とEFFの値は、周波数が+ 0.001ヘルツの微小小さな値によって変更されます。これは、同じ周波数の重複以上を可能にします。
以下PDBのフォーマットによって影響されるために、内部構造物を変更しました。新しいモデルが作成されるとき、それは1にリセットされるという点で、PDBシリアル番号は今インテリジェントに、処理されます。この情報は、依然としてCONECTレコードの読み取りのロジックをサポートするために維持され、将来的に排除されます。この情報は、内部構造物が作成されている方法に基づいてstructure.write_pdbユーザー関数によって再作成されるようにチェーンのID情報はもはや、内部構造オブジェクトに格納されていません。
内部構造物の変更のためのノエ・構造システムテストクラスの更新。シリアル番号は、現在リセットされないことができ、チェーンID情報は、もはや記憶されています。
PCA構造解析の実装を支援するために、データを共有テストスイートにファイルを追加しました。これは、フレーム順序分析に使用CAM-IQ複合体のNドメインです。それは別の剛体とframe_order.distributeユーザー関数の呼び出しから最初の5の構造は、単一分子に戻って一緒にマージされています。
structure.pcaユーザー関数のフロントエンドを作成しました。これは、現在structure.rmsdユーザー関数の枠組みでモデル化されています。
structure.pcaユーザー機能、バックエンドの基本的な実装。これはpipe_control.structure.mainモジュールの新しいPCA（）関数です。それは単に、いくつかのチェックを行い、原子座標を組み立て、パスは現在実装されていないlib.structure.pcaモジュールのリラックスライブラリpca_analysis（）関数に制御します。
リラックスライブラリ内のPCA分析の実装部分。これは、新しいstructure.pcaユーザー機能のためです。 lib.structure.pcaモジュールは、それらを並べ替えとを切り捨て、作成、およびcalc_covariance_matrix（）関数を介して、構造の共分散行列を計算し、次いで、共分散行列の固有値と固有ベクトルを計算するために作成pca_analysis（）関数されていますPCAモードの所望の数。
structure.pcaユーザー関数にアルゴリズムとnum_modes引数を追加しました。これらは、すべての道リラックスライブラリバックエンドに渡されます。
リラックスライブラリ内のPCA分析のためのSVDアルゴリズムを実装しました。これは単にnumpy.linalg.svd（）を呼び出します。
リラックスライブラリ内のPCA分析は、現在のPCに沿って構造あたりの投影を計算します。
リラックスライブラリ内のPCA分析機能は、現在のデータを返しています。これは、PCA値およびベクター、および構造あたりの突起を含んでいます。
PCA値およびベクター、および構造あたりの突起が今格納されているされています。これはpipe_control.structure.mainモジュールでstructure.pcaユーザー機能のバックエンドです。
structure.pcaユーザー機能にフォーマットとdir引数を追加しました。これは、前面および背面端部にあります。
より多くの情報を返すためにassemble_structural_coordinates（）メソッドを変更しました。これはpipe_control.structure.mainモジュールからです。リストブール引数は、現在の機能がさらに分子あたりのオブジェクトIDリスト、分子あたりのモデル番号の一覧、および分子当たりの分子名のリストを返すことになりますどの受け入れられています。
structure.pcaユーザー機能は、現在のPCの突起のグラフを作成します。これは、PC2対PC1、PC3対PC2等を含み
distribution.pdbファイル用のGromacs PCAの結果を追加しました。これは、のGromacsとすべての出力ファイルのすべての部分を実行するために使用されるスクリプトが含まれています。
最新の5.1.1のGromacsバージョン用のGromacs PCA結果を更新しました。
初期Structure.test_pcaシステムのテストを作成しました。これは、新しいstructure.pcaのユーザ関数を実行し、データがcdp.structureに格納されている場合はチェックします。
structure.pcaユーザー機能のバックエンドでグラフを改善しました。同じデータパイプ内の同じ構造の異なるモデルは、1つのグラフのセット内にあるように、グラフは、現在クラスタ化されています。グラフのヘッダも改善されています。
Gromacsからの値と比較するためにStructure.test_pcaシステムテストチェックを拡大しました。
加重平均構造について計算することができます。これは、リラックスし、ライブラリモジュールlib.structure.statisticsのcalc_mean_structure（）関数のためのものです。重みは、今計算して返されるの加重平均を可能にするために、各構造のために供給することができます。
structure.pcaユーザー関数のオブザーバー構造のサポートが追加されました。これは、これらの構造は、比較目的のために使用することができるように、ゼロの重みを有するようにPCの分析に使用される構造体のサブセットを可能にします。 obs_pipes、obs_models、およびobs_molecules引数は、ユーザ機能のフロントエンドに追加されました。バックエンドは、各構造体の重みの配列を作成し、これを使用しています。そして、lib.structure.pca機能は、PCモードの計算からオブザーバ構造を除去するために、ゼロの重みを使用します。
Structure.test_pca_observersシステムテストを作成しました。これはstructure.pcaユーザー機能の新しいオブザーバー構造の概念をテストするためです。
リラックスライブラリ主成分分析からプリントアウトを改善しました。これはlib.structure.pcaモジュールのpca_analysis（）関数です。
structure.pcaのユーザー関数によって生成されたグラフの修正と改善。異なるセットが正しく作成され、今でプロットにラベル付けされています。
Googleのクラウドコンピューティングの急速な展開のために、テスト、デプロイスクリプトを追加します。これは意図したのUbuntu 14.04 LTSにインストールするためのものです。
インストール用スクリプトを拡大。
デプロイスクリプトで関数にインストールを置きます。
分割は、いくつかの小さな機能にスクリプトを展開します。
スクリプトをインストールするためのチェックステートメントを追加します。
スクリプトを調達する場合、いくつかの機能を代わりに実行することができます。
より良い印刷のためにスクリプトをインストールするためのスペースを追加しました。
チュートリアルスクリプトを追加します。
2チュートリアルスクリプトを追加します。
チュートリアルスクリプトの小さなスピンIDエラーを修正しました。
マーティンBallaschkによって報告されているように、バグ＃24131、SpinContainerオブジェクトは全くS2属性を持っていないBMRB輸出の障害をキャッチするためのシステムテストを作成しました。
RelaxErrorをチェックするMf.test_bug_24131_bmrb_depositionシステムのテストを修正しました。 RelaxErrorでの試験結果は、結果ファイルとして何も選択されたスピンが含まれていません。
別の問題をキャッチするMf.test_bug_24131_missing_interactionシステムのテストを追加しました。これは、バグ＃24131、全くS2値を持たないSpinContainer対象とBMRBの輸出の障害の一部です。しかし、選択解除スピンをスキップし、以前の修正はまだその選択を解除スピンのための原子間相互作用の探索、リラックスの新たな問題を導入しました。
バグの修正：
以前のセクションを上書きするHTMLファイル名は、したがって、レプリケートリラックスマニュアルのHTMLバージョンにタイトルを複製され、そして、消去されています。
バグ＃23933の修正、：緩和データをロードするときに問題を「NameErrorグローバル名 'のID'が定義されていません」。バグが原因で、いくつかの不完全なエラー処理コードに戻って2014年11月に導入され、そしてあるました。この問題は緩和データが属するスピン型（@N対@H）が指定されていないことです。今、正しいRelaxMultiSpinIDErrorが発生します。 IDS変数が存在しなかった - それは追加される予定はありませんが、決してだったと忘れられていたたコードでした。
マニュアルのモデルフリー章のCSA定数式を修正しました。これは、クリスティーナ・モラーによって発見やメーリングリストリラックスユーザーに報告されました。
状態と結果ファイル内のXML構造物の貯蔵のためのバグ修正。関数が明示的にオブジェクトを格納するように変更されない限り、以前cdp.structure（または任意の構造物）するために追加されたオブジェクトは、構造物のto_xml（）メソッドによって保存されないであろう。今、存在するすべてのオブジェクトは、XMLに変換されます。
Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUIテストでキャッチとして、GUIの緩和分散分析を修正しました。スクリプトの状態ファイルからロードする場合、なしの値が存在することができます。これは、現在標準値に設定されています。
なしグラフィック表示を使用してサーバでリラックス実行し、matplotlibのを使用するための修正。エラーがRelax_disp.test_repeat_cpmgシステムの試験で見出されました。そして、生成されたエラーが発生した：QXcbConnectionは：表示するには接続できませんでした。中止されました（コアダンプ）。 matplotlibののバックエンドを変更する必要があります。これは、例えばに記載されていますhttp://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-displayとhttp://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
（バグ＃24131の修正）モデルフリー解析のためbmrb.writeユーザ関数のバックエンドの動作を修正しました。これは、モデルフリー解析APIのbmrb_write（）メソッドです。選択解除スピンが今スキップされ、チェックがスピンデータが組み立てられていることを確認するために追加されました。
バグ＃24131のための別の修正、SpinContainerオブジェクトは全くS2属性を持っていないBMRBのエクスポートに失敗しました。モデルフリーモデルがスピンのために設定されていない場合は今データはBMRBファイルに格納されません。これは、テストスイートを通過させることができます。
バグ修正Mf.test_bug_24131_missing_interactionシステムのテストを通過することを可能にします。これは、バグ＃24131、全くS2値を持たないSpinContainer対象とBMRBの輸出の障害の一部です。拡散テンソルデータを組み立てる際に問題がありました。拡散テンソルが全ての残基のために報告されているようspin_loop（）関数は、呼び出されました。したがって、真のskip_desel =はモデルフリー部分を一致させるために追加されました。
バージョン4.0.0の新機能は次のとおりです。
特徴：
剛体運動を研究するためのフレーム順序理論の、最後の完全な、と正しい実装。これは、内部的に整合したシステムからRDCとPCSのデータを分析するために、現在あります。
変更点：
frame_order.average_positionユーザー機能と関連したバックエンドのコードのすべての削除。このユーザー機能は、ユーザーが平均移動ドメイン位置に変位の5種類を指定することができます。システム内の運動のピボットについては、変換なしで、純粋な回転。翻訳と一緒にシステムの運動のピボット周りの回転。回転なしで、純粋な翻訳。変換なしで移動するドメインの重心周りの回転。翻訳と一緒に移動するドメインの重心周りの回転。今、最後のオプションはデフォルトであり、唯一の選択肢となります。このオプションは、実際の平均的な位置に仮想的な構造に標準重畳アルゴリズム（Kabschアルゴリズム）と同等です。他の4つは、理論の発展の歴史に起因するものです。これらは、理論の有用性を制限し、唯一の混乱の原因となります。
フレーム順序ターゲット機能コードのクリーンアップ。これはframe_order.average_positionユーザー機能の削除の前の変化と一致します。変更は、これは現在、常に実行されるように、翻訳の最適化フラグを除去し、これらは今永久に分離されているように運動ピボットポイントと一致するように平均ドメイン回転ピボット点を引き起こすフラグの除去を含みます。
lib.frame_order.pseudo_ellipseモジュール内の関数のアルファベット順。
彼らはまだ実装されていないとして、「ライン」フレーム順序モデルのすべてを排除しました。これは単なるフロントエンドのコードです - バックエンドは存在しません。
等方性コーンカム枠順試験モデルの最適化スクリプトを更新しました。フレーム次数解析の変化のすべてに、古いスクリプトはもはや機能しませんでした。
平均ドメイン位置を見つけるためのカム枠順・テスト・モデルのためのスクリプトを作成しました。固定された旋回軸回りの回転が除去されているように、1J7P_1st_NH.pdbに1J7P_1st_NH_rot.pdbからのずれは、COM約並進および回転に変換されなければなりません。このスクリプトは、オイラーは、並進ベクトルとCOM回転オイラー角と角ピボット回転を置き換えるために使用されます。しかしstructure.superimposeユーザ関数は、標準的な重心の重ね合わせだけでなく、重心の重ね合わせの両方を処理するように変更する必要があります。
カム枠順試験モデル重畳スクリプトを更新しました。 structure.superimposeユーザー関数が正しく呼ばれています。それはテストモデルのために必要な正しい翻訳とオイラー回転情報が含まれているように、出力ログファイルには、リポジトリに追加されました。
等方性コーンカム枠順試験モデルの最適化スクリプトのパラメータ更新。運動ピボット回りの回転は、並進ベクトルとオイラー角重心の回転パラメータに置き換えられているためにオイラー角。
パラメータ制約を持たないフレーム順序モデルの数を修正しました。 linear_constraint（）関数は、これらのモデルについては[]、[] =、Bを返していましたが、これらの空のnumpyのアレイはminfxライブラリが失敗しました。これらの値は、現在捕捉して制約アルゴリズムは最小化（）は、特定のAPIの方法でオフにされています。
カム枠順テストデータ生成ベーススクリプト内のすべてのデータの精度を増加させました。これらはすべて、numpyのタイプをのfloat64するfloat16から変換されています。
カム枠順、テストデータ生成ベースのスクリプト内のRDCのエラー設定を修正しました。 rdc_errデータ構造は、原子間のデータコンテナ、無回転容器内に配置されています。
カム枠順序データ生成ベーススクリプトの構造ローディング部の変形。 DIST_PDBフラグが設定されている場合、彼らは構造の3次元分布を生成するために使用されるような構造は、現在のみ、ロードされます。これにより、コンピュータの使用時間と大量のメモリを節約できます。
カム枠注文テストデータ生成ベーススクリプトの巨大な高速化。すべてのスピンの原子位置とXHの単位ベクトルを格納するための多次元numpyのアレイを用いて、）（numpy.tensordotを使用して、これらの構造上の回転を行うことにより、計算は10倍の速さの要因になりました。プログレスメーターは、すべて1000年ではなく、100回の反復を表示するように変更する必要がありました。位置とベクトルの回転は今誤って二重運動モデル（すなわち「ダブルローター」モデル）でバグを修正し、順次実行されています。
コンピュータのRAMを節約するためにカム枠順テストデータ生成ベースのスクリプトを修正しました。すべてのN周用のXHベクトルと原子位置データ構造はnumpy.float32ではなくnumpy.float64タイプで、今です。主な変更は、平均のRDCを計算することで、データファイルが書き込まれた後、Nサイズのデータ構造を削除し、別々のPCS平均しました。
速度とメモリの節約のためのカム枠順データ生成ベースのスクリプトの完全な再設計。回転しXH結合ベクトルと原子位置コードは非常に高速であったが、ときにN＆GT、スピンコンテナと原子間のデータコンテナにこれらを格納するのに必要なメモリ量は巨大でした。 1E6。その後のrdc.back_calcとpcs.back_calcユーザー関数呼び出しもはるかに時間がかかりすぎます。したがって、ベーススクリプトが再設計されました。 _calculate_pcs（）、_calculate_rdc（）、_create_distribution（）、および_pipe_setup（）：_create_distribution（）メソッドは、4つに分割されました。 _pipe_setup（）メソッドは、必要なすべてのデータとデータパイプを設定するために最初に呼び出されます。その後_calculate_rdc（）と_calculate_pcs（）メソッド、および最終的に_create_distribution（）はDIST_PDBフラグが設定されている場合。 rdc.back_calcとpcs.back_calcユーザー関数の呼び出しが消去されています。代わりに_calculate_rdc（）と_calculate_pcs（）メソッドを平均RDCとnumpyのアレイ構造としてPCSそのものを計算します。むしろ巨大な回転したベクトルと原子位置データ構造を格納するよりも、RDCおよびのPCSが加算されます。これらは、その後、値を平均化するために最後にself.Nによって分割されています。 Nを20万台に設定されているときに、古いコードと比較すると、RAMの使用量は〜65メガバイトに〜20ギガバイトから落下します。総実行時間も数時間（一桁または2）に数日から1システムに減少します。
カム枠順のテストデータ生成ベースのスクリプトの進行状況メーターの更新を変更しました。スピナーは、すべての5刻みを更新、あまりにも速かったし、今すべての250を更新され、総数は今だけ1万ずつ印刷されます。
カム枠順、テストデータ生成ベースのスクリプトの進行状況メーターの改善。カンマは今、何千と数字の間に印刷されている今正当化されます。
RDCとPCS平均の精度が大幅に増加。これは、カム枠注文テストデータ生成ベースのスクリプトのためのものです。 1Dのnumpy.float128アレイ（このため、64ビットのシステムが必要とされる）内のRDCとのPCSを合計し、次いで最後にNで割ることによって、平均値は非常に高い精度で算出することができます。 Nが大きくなると、数値平均は切り捨てアーティファクトのますます大きな量を導入しています。だから、この変更は、これを緩和します。
RDCとカム枠順、テストデータ生成ベースのスクリプトで平均PCSを修正しました。ダブルローターモデル、または任意の複数の運動モードのモデルでは、平均化が間違っていました。代わりにNで割ることで、値がMは運動モード数であるN ^ Mで割っする必要があります。
カム枠順自由回転子モデル試験データの精度が大幅に増加。分布の数構造は現在20個の百万ではなく数の百万、および更新されたデータを生成ベーススクリプトの非常に高い精度numpy.float128平均が使用されているので、高精度です。このデータはゼロにアルファパラメータの崩壊の影響を受けている無料のローターモデルのベータおよびガンマ平均ドメイン位置パラメータ値のより良い推定を可能にすべきです。
カム枠順ダブルローターモデル試験データの精度が大幅に増加。高い精度が分布の数の構造は今であるためである（4500 ^ 2）よりもむしろ百万円（500 ^ 2）の25万20を超えます。そして、更新データ生成ベーススクリプトの非常に高い精度numpy.float128平均が使用されています。
何の制約が存在しないときにフレーム順序の最小化における制約の不活性化のために修正しました。
カム枠順ローターモデルのテストデータの精度が大幅に増加。分布の数構造は現在20百万ではなく、166666であり、numpy.float128データの平均化が使用されているので、高精度です。
第二カム枠順ローターモデルのテストデータセットの精度が大幅に増加。分布の数構造は現在20百万ではなく1,000,001であり、numpy.float128データの平均化が使用されているので、高精度です。
第二ローターカム枠順試験モデルの最適化スクリプトのパラメータ更新。運動ピボット回りの回転は、並進ベクトルとオイラー角重心の回転パラメータに置き換えられているためにオイラー角。
第二カム枠順自由回転子モデルのテストデータセットの精度が大幅に増加。分布の数の構造は今2000万ではなく、999,999であり、numpy.float128データの平均化が使用されているので、より高い精度です。
カム枠順試験モデル重畳スクリプトを更新しました。
変更点：
バグの修正：
特徴：
変更点：
すなわち
バージョン3.3.4の新機能は次のとおりです。
特徴：
変更点：
バグの修正：
特徴：
変更点：
バグの修正：
特徴：
変更点：
バグの修正：
バージョン3.3.1の新機能は次のとおりです。
変更点：
バグの修正：
バージョン3.3.0の新機能は次のとおりです。
特徴：
変更点：
バージョン3.1.5の新機能は次のとおりです。
変更点：
バグの修正：
特徴：
変更点：
バグの修正：
バージョン3.1.3の新機能は次のとおりです。
変更点：
バージョン3.1.2の新機能は次のとおりです。
変更点：
バグの修正：
バージョン3.1.1の新機能は次のとおりです。
特徴：
変更点：
バージョン3.1.0の新機能は次のとおりです。
特徴：
変更点：
バージョン3.0.2の新機能は次のとおりです。
特徴：
変更点：
バグの修正：
特徴：
変更点：
バグの修正：
バージョン3.0.0の新機能は次のとおりです。
特徴：
変更点：
バグの修正：
特徴：
変更点：
バグの修正：
特徴：
変更点：
バージョン2.2.3の新機能は次のとおりです。
特徴：
変更点：
バグの修正：
バージョン2.2.2の新機能は次のとおりです。
特徴：
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バージョン2.2.1の新機能は次のとおりです。
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バージョン2.1.1の新機能は次のとおりです。
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バージョン2.1.0の新機能は次のとおりです。
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バージョン2.0.0の新機能は次のとおりです。
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バージョン1.3.8の新機能は次のとおりです。
要件ます：
パイソン
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