SSuMMo

SSuMMoは分類群にシーケンスを割り当てるためにHMMERを使用して反復的に周りに設計された関数のライブラリです＆NBSP;結果は、非常にそのコミュニティ内の種/属の分布を示す木をアノテートされています。
ソースコードに含まれているプログラムは、ツールへのものがあります -
- 隠れマルコフモデルの階層型データベース構築 - dictify.pyを。
- 分類学上の名前を認識するようにシーケンスを割り当てる - SSUMMO.pyを。
- シンプソン、シャノン＆その他methods- rankAbundance.pyを使用して、生物多様性を分析。
- comparative_results.py - 簡単にデータセットをクロス比較する明確な能力を持つcladogramsとして結果を可視化
- phyloxml形式に結果を変換します。dict_to_phyloxml.py。
- dict_to_html.py - HTML表現を構築する。
- プロット希薄曲線と生物多様性の指標を対応する計算
PythonのソースコードはGoogleのコードに、ここで提供されている。 HMMの構築済み階層型データベースと同様に、（各分類群の仲間入りを推定するために使用される）最適化されたSQLの分類データベースは、からダウンロードできます - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
情報をインストールについては、READMEを参照してください。使用方法の詳細については、wikiは（上）があり、予備ユーザマニュアルさんは、トランクに追加されています。

の要件の：ます。