NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ツールキットは、制限なしで無料で、携帯用の、パブリックドメインライブラリを使用しています。これは、Unix、MS Windows、およびMac OSのプラットフォームで動作します。
ยทネットワーキングおよびプロセス間通信（IPC）のiostreamアダプタとライブラリ
ยทマルチスレッドライブラリの
ยทのCGIとFast-CGIライブラリ
ยทHTML生成ライブラリ
ยทSQLデータベースアクセスライブラリ
BerkeleyDBのためのยทC ++ラッパーライブラリ
ยทC ++ IOSTREAMアダプター/ラッパーライブラリ
IOSTREAMアダプタでยทGZIPとBZ2 C ++ラッパーライブラリ
ยทASN.1とC ++のコードジェネレータツールを使用したXMLシリアル化ライブラリ（datatool）
ยท日付と時刻の図書館
ยทファイルシステム関数ライブラリ
ยทコマンドライン引数、構成や環境処理ライブラリ
ยท配列アラインメントアルゴリズムライブラリ
ยทBLASTエンジンライブラリ
ยท生物学的配列検索と処理ライブラリ
ยทポータブルFLTKおよびOpenGLベースのGUIとグラフィックライブラリ
上記以外にも、はるかに多くの便利なライブラリ、両方の一般的な目的とバイオテクノロジー関連の絶えず、開発維持し、Webおよびスタンドアロンのアプリケーションとそのプログラマが数百人による実際の生産に使用されている（これも数百でカウント）があります。
あなたは、C ++開発者であれば、あなたはバイオインフォマティクスに多くの関心を持っていない場合でも、クロスプラットフォームのアプリケーションを構築するには非常に便利なライブラリのポータブルな性質があります。そのようなCGI /ファスト-CGI、HTML、ネットワーク、SQLデータベースへのアクセス、ASN.1とXMLシリアル化のためのもののようなライブラリは、非常に汎用的であり、バイオインフォマティクスの問題領域外の様々な用途で使用することができます。
C ++ Toolkitは毎晩構築されたライブラリとの積極的な開発を受ける。ソースコードは、FTPとCVSを自由に利用可能です。 C ++ツールキットのドキュメントは、NCBI本棚形式で、また、AcrobatのPDF形式でダウンロード可能なブックとしてオンラインで入手できます。

のこのリリースのの新機能である：ます。

• ハイライト：
• はSQLite3のに基づいていますが追加LDS2（ローカルデータストレージV.2）は、新機能と優れた性能を持っています。また、オブジェクトマネージャからLDS2を使用するようにLDS2データローダを実装します。
• XmlWrappは、便利なXML処理APIは主に、完成した（さらに洗練された）されている - このします。
• はHTTPプロキシを介して、HTTP接続とセキュアソケットのトンネリングのトンネリングおよび承認を実装します。
• CFormatGuessは今GTF、GFF3、およびGFF2を区別することができます。それはおそらく破壊変更だ。詳細について詳細は以下を参照します。
• は（特徴のサブタイプに基づいて）、その親子関係を反映した階層に生物学的配列で定義されている機能を整理するCFeatTree、クラスの主要部分を実装します。
• Corelibでは：

倍増し、バックアップする文字列の
• の実装されたロケールに依存しない変換。それを使用するコアライブラリを変更します。
• NSTRは::）（揃え - テキストの段落の書式設定にします。
。
• CNcbiApplication - FindProgramExecutablePathは、静的行い、より堅牢。静的な、より高いレベルのGetAppNameメソッドを追加します。より多くのケースでは、グローバルコンフィギュレーションファイルを探します。
• CMetaRegistry :: FindRegistry - 。新しいメソッドをロードするファイル（もしあれば）を決定するロジックを露出させます。
• CEnvironmentCleaner - 。不要な環境変数を破棄するための新しいクラスます。
• CFileIO - 元の動作に戻って：それはSetFileHandle（）を介して割り当てられている場合は、ファイルハンドルを閉じないでください。
• SERIAL：

<李は> AnyContentデータオブジェクトのシリアル化 - 認識に固定し、適切に処理がその値属性。
• それはコンテンツがありません要素のデフォルト値に割り当てるXMLデータの読み込みを修正します。

要素はデフォルト値を持つ要素のシーケンスのための
• のサポートが追加されました、します。
• DATATOOL：
• の補正されたコード生成：
• CHOICEデータオブジェクト;

属性を持つ
• バイナリデータ型ます。
• はより多くの有効桁数を保持するdouble型の値の変換を修正します。
• CONNECT：
• を追加しましたキープアライブソケットオプション（fSOCK_KeepAlive）します。
• を追加しましNCBI接続テスト（CConnTest）します。
• Utilitesを。
• g_FindDataFile - 。（設​​定可能）標準の場所でデータファイルの位置を特定するための新機能します。

<李> CChecksumStreamWriter - ストリームに書き込まれたデータのチェックサムを計算するための新しいクラス
• g_GZip_ScanForChunks（） - 新しいAPI、圧縮されたストリーム位置を照会する。連結されたgzipファイルの中に独立したgzipでのファイルの位置を取得するための追加された実装します。
• を追加しました圧縮/解凍ストリームマニピュレータ（/ UTIL /圧縮/ stream_util.hppを含む）にします。
• CFormatGuess（UTIL / format_guess。{H / C} PP）おそらく破壊変更に、更新しました。この目的は、CFormatGuessがGTF、GFF3、およびGFF2を区別できるようにすることです。現在は1「eGtf 'の値にこれらの形式のすべてを塊。古い」eGtf 'の値（3）' eGtf_POISONED 'で置き換えられていて、再度返却されません。 「eGtf '（21）のための新しい値はCGtfReader（objtools /読者/ gtf_reader.hpp）して読まれるべきであり、ファイルを意味します。ファイルはCGff3Reader（objtools /読者/ gff3_reader.hpp）、および「eGff2」（24）で読み取ることを意図しのために新しい価値」eGff3 '（22）がCGff2Readerで読み取ることを意図しファイルのためのものです（/ objtools /読者が含ま/gff2_reader.hpp）
• BIO-OBJECTS：
• CBioseq :: GetNonLocalId - より多くの文脈におけるレンジ仕様のFASTAファイルからインポートされた場所シーケンスを支援するための新しい方法。 CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull（同様に新）でラップします。
• CSeq_id :: IdentifyAccession - DDBJの新たな可能性に対応し、そのうちのいくつか、それ以上のプレフィックス（GA、HH、HI、HO-HU、JA-JO、EAAA-EZZZ、およびIAA-IZZの認識を実装するか、改善するTPA WGSデータ）および混合におけるTPAタンパク質ほとんどEMBLからアク（が、あまりにもGenBankからいくつかの）します。
• 新しいフラグビットによってWGSマスターアクを区別する。オーバー厳密PDB認識ロジックをリラックスします。
• CSeq_id :: IsValidLocalID、CSeq_id :: ParseIDs - プレーンテキストシーケンス識別子を操作するための新機能は、CFastaReaderの因数分解とやや一般化します。
。
いくつかのFASTA deflineソース修飾子に存在するように、配列-IDの範囲を操作するための -
• SSeqIdRange新タイプ（パーサとオン·ザ·フライ＆QUOT完成;イテレータ＆QUOT）。
• BIO-TOOLS：
• CFastaOstream - 必要に応じて、単一の配列のためのカスタムタイトルを受け入れる。主要な 'C年代とタグマイナス鎖の範囲ます。

。
• CFastaReader - マイナス鎖範囲とスパンコールのコンパクトdeflineスタイルのギャップ構文をサポート（？？＆QUOT;＆GT; Nは数字であり; N＆QUOTまたは＆QUOT;＆GT; unk100＆QUOT;）
• COBALT：

整列制約を計算する際に使用されるシーケンスごとに保存されたドメインの数を制限
• を追加しましたコマンドラインオプション-num_domain_hitsます。
• 系統樹：
• は（例えばBLAST、コバルト結果を得るために）配列アラインメントから系統樹を計算するための、より高いレベルのインタフェースを追加しました。クラスCPhyTreeCalcは系統樹を計算し、CPhyTreeFormaterはNewickのとネクサス形式でツリーを出力します。
• BIO-オブジェクトライブラリ：
• はCheckNumRows（）と疎アライメントのための他の方法を実装します。
• メモリフットプリントを削減するためには：逆シリアル化後のアラインメントが使用するメモリを減らすために、読み取りフックを追加しました。ナ·ストランドは今どこに可能性メモリの1バイトを使用しています。 Score.value選択は今CScoreに埋め込まれます。
• CSeq_idに加盟を大文字:: getlabelは（）します。
• BIO-オブジェクトマネージャ：
• はCTableFieldHandleのbooleanフィールドのgetterメソッドを追加しました。
• を追加しましGetBestGeneForFeat（）CFeatTreeに基づいてます。
• はCFeatTree上GetBestOverlappingFeat（）を実装します。
• を追加しました速いのcscope :: GetTaxid（）します。
• ACC /版、GI、ラベル、およびtaxidのために実装バルク·ロードします。
• を追加しました長さゼロのギャップがCSeqMapとCSeqVectorにチェックします。
• 実装GETLENGTH（）と債券の位置についてはGetCoverage（）します。
• 改良：
• は場所にCFeatTreeを埋めるためにヘルパーメソッドを追加しました。
• はCFeat_CIでシンプルなCSeq_loc_mix位置のマッピングをスピードアップします。

あいまいさを避けるために
• CFeat_CIの機能のより厳しい選別します。
• は今SEQ-テーブルで作業CSeq_feat_Handleゲッターがあまりにも備えています。
• 配列表の機能は現在、マルチレベルのユーザー·フィールドをサポートします。
• 非SEQ-偉業SEQ-テーブルは今スプリットチャンクに位置している場合でも認識されます。
• CBioseq_Handleをスピードアップ:: ADDID（）します。
• 最適化のcscope :: AttachXxx（）します。

名前の注釈の
• サポート分割します。
• CSeqVectorとCSeqVector_CIのCanGetRange（）今の代わりに、例外をスローするfalseを返します。
• ）ResetHistory（内の既存のハンドルに対処する方法を指定することができます。
• より多くの機能がCFeatTreeに追加された場合は、再子育てに最適化されます。
• cscopeの作成/削除をデバッグする可能性が追加されました。
• 既に存在BasicCleanupで行うことがより多くの仕事がまだですが、重要な進展がなされたC.に存在するクリーンアップ機能を模倣するC ++のクリーンアップ機能に多くの変更。リトル仕事はまだのようExtendedCleanupのために行われました。
• CSeq_loc_Mapperは現在、GC-総会で初期化することができます。
• バグ修正：
• CFeat_CIでマイナス​​鎖にミックス位置のマッピングを修正します。
• CFeatTreeが特徴をリンクする方法の多くの修正がします。
• いくつかのスレッドの安全性の修正します。

CSeq_annot_EditHandleに整列やグラフを追加防ぐ
• 固定タイプミスします。
• 例外に対する保護手段CFeat_CIの機能をソートするときます。
• GENBANKデータローダー：
• 登録HPRD外部の注釈ます。
• はpubseqos / pubseqos2の読者にオプションのexclude_wgs_master数paramを追加しました。
• ACC /版、GI、ラベル、およびtaxidのために実装バルク·ロードします。
• を追加しましCGBDataLoader :: CloseCache（）します。
• 改善：

cscopeの:: GetBioseqHandlesで
• 使用バルクロード要求（）します。
• ロードされたブロブの種類によって別々のリーダー統計ます。
• はGenBankのデバッグメッセージにタイムスタンプを追加しました。

PubSeqOS接続を開くための
• を使用しIConnValidatorます。
• 間違ったチャンクを使用しないようにするGenBankのキャッシュ内のチャンク要求とチャンクサブキーを追加しましたスプリット·バージョンは、ブロブスプリット状態は、IDに変更されたときます。
• はオープンタイムアウトの二次レス紛らわしいのparam名が追加されました。
• は、接続数でカウントを再試行増殖しない。
• オブジェクトManagerのテストとデモアプリケーション：
• はid2_fetch_simple - 任意のSEQ-idを用-idオプションを追加します。
。
• test_bulkinfo - 新しいテストアプリケーション
。
• FASTA：
• C ++機能テーブルの機能は、そのようなBankItプロジェクトの一部のために、より機能的な行われているます。

ユーティリティasn2flat

（いくつかの比較的マイナーな問題が残っているものの、おそらくこの時点で準備ができて離す）
• はフラットファイルフォーマッタへの変更の膨大な数はそれをはるかに近いです。リリース準備状態をもたらすためにします。
• XMLWRAPP：
• XPath式で実行結果への参照を取得した場合にセグメンテーションフォールトを修正します。
• はパブリックID、システムIDと外部と内部サブセットのDTD名を取得するためにヘルパーを追加しました。
• はノード属性を検索するためのメソッドを追加しました。
• XPath式の実行を修正：それは今与えられたノードから開始します。
。
• 名前空間が設けられている場合（デフォルトを含む）の属性を検索することを修正します。
• 明示的に名前空間を登録する必要なしに、XPath式を実行するための機能を追加します。
• 文書の解析時にエラーと警告を収集するためのコンテナを提供するための機能を追加します。
• ノードのデフォルト属性の値と名前空間を変更する機能を追加します。
• 追加された属性がデフォルトであるかどうかをテストすることができます。
• 追加したアカウントに自分の名前空間をしながら挿入したり、属性を除去する能力ます。
• 文書が保存されたときにXML宣言を除去するために追加の能力ます。
• WindowMasker：
• 新しい入力フォーマット、＆QUOTが追加されました。seqids＆QUOT ;;この入力フォーマットでは、入力は各行にシーケンスIDを含むファイルで、アルゴリズムは、シーケンスをルックアップするためにバイオオブジェクトマネージャを使用しています。
• すべてのWindowMasker設定パラメータを格納するために、新しいクラスCWinMaskConfigを追加しました。クラスがCArgDescriptionsするために必要なコマンドライン引数を追加し、コマンドライン引数から構成パラメータを取得するために使用することができます。
• BUILDフレームワーク（UNIX）：​​
• にもあっていない他の* _PROJの設定をクリアするための合図としてAPP_PROJまたはLIB_PROJのコマンドライン仕様を解釈します。 （GNU Makeを必要とし、サンとのビルドは、以前と同じように動作します。）

サブディレクトリ内の
• サプライ以上のターゲット：* _f（木の他の部分への依存性を無視して、オンデマンドで生産ローカルフラットmakefileを使用して）、* _fd（トップレベルMakefile.flatをラップ）、clean_sources及びpurge_sourcesます
• を設定し、その利便性スクリプト（コンパイラ/ UNIX / * SH。）：
• --without-3psw注目すべき新しいフラグ - 任意のサードパーティのソフトウェアで使用しないようにします。
。
• はGLEWのチェックを追加しました。

ブーストおよびOpenGLのための
• の向上をチェックします。
• サポート現代のツールチェーンとのダーウィン（Mac）をシステム上で実行パスを指定します。
• BLAST：

ダーウィン（Mac OS X）をON
• 、原因のPowerPCツールチェーンの制限により構築されても、それ以外の場合はユニバーサルでのみIntelプロセッサ用にビルドします。
• はWindowMaskerサポートが提供されているNCBI分類のIDを取得するためのサポートが追加されました。
• psiblastで複数の配列アラインメントファイルと一緒にクエリー配列の指定を許可します。
• 追加されたデータベースのハードマスキングサポートします。
• 追加されたデータベースは、翻訳された検索用ソフトマスキングします。
• 表形式のレポートでbtopコマンド（BLASTトレースバック演算）し、クエリおよび対象長さのサポートが追加されました。
• コマンドラインアプリケーション - 、psiblastは複数のクエリを検索できるようにmakeblastdb用のオプション-input_typeを追加します。
• blast2sequencesモードで最高のヒットとXMLの使用を許可します。
• はリモート検索のパフォーマンスをフォーマットの改善ます。
• makembindexは現在、BLASTデータベースに格納されているマスキング情報を使用してBLASTヌクレオチドデータベースから直接マスクされたメガブラストインデックスを構築することができます。これはmakembindexする新しいコマンドラインオプション-db_maskすることによって達成される。オプションでは、BLASTデータベースでサポートされているフィルタリングアルゴリズムの整数IDを受け入れます。オプションは、-iformat BLASTDBと組み合わせて適用することができます。

BLASTデータベースでサポートされているフィルタリングアルゴリズム、フラグ-show_filtersの数値IDを調べることで、ユーザーを支援するために
• が導入されている。入力が出力にmakembindex利用できるフィルタリングアルゴリズムと出口のリストを起こすよう-iformat BLASTDBとBLASTデータベースでフラグを適用します。
• アプリケーションのNetCache：
• はNetCacheのは、以下の特徴を含むように再加工されています。
• ディスク容量のより良い管理;
• のBLOBロック作業が少なく、バージョニングが代わりに使用されます。
• マルチポートリスニングと、クライアントごとの設定は差別化します。
• のNetCacheとIキャッシュのAPI：
• を使用UINT8どこでもBlobサイズのためにします。
• 部分的なブロブの取得を許可します。
• 導入ブロブパスワード保護。空のパスワードは、パスワードなしとして処理されます。
• ワーカーノードAPIの：
• のメモリ消費量が指定された上限超えた場合にワーカーノードを終了するための新しいパラメータ（パラメータ＆QUOTを、total_memory_limit＆QUOT;）
。
• の実行時間が、指定された上限超えた場合にワーカーノードを終了するための新しいパラメータ（パラメータ＆QUOTを、total_time_limit＆QUOT;）
。
• グリッドアプリケーション：
• netscheduledます。
• キュー削除コマンドへの応答を引き起こさなかったバグを修正します。
• remote_appます。
• 新しい設定パラメータ（＆QUOT、TMP_DIR＆QUOT;）ディレクトリ名の生成方​​法を一​​時的に制御する - その長さを減らすためにします。
。
• ブロブ書き込みエラーをログに記録します。
• netcache_controlます。
• 部分的なブロブの取得を許可します。

そのIDによってブロブを削除するには、
• 新しいコマンド-removeます。

使用する認証文字列を指定するには、
• 新しいパラメータ-authます。
• 新しいコマンド-reconfとNetCacheの管理者が使用するため-reinitます。
• netschedule_controlます。
• は古いワーカーノードでnetschedule_control仕事を作るために互換モードを有効にします。
• cgi2rcgi.cgiます。
• 進捗メッセージのプレースホルダとして空のNetCacheのブロブを作成しないでくださいます。
• ユーザーに報告されるログのグリッド誤差ます。
• ジョブIDパラメータにはスペースを許可します。

JSON形式でのジョブステータス情報の
• サポート出力します。
• カスタムHTMLテンプレートはグリッド誤差やその他のイベントのために定義することができるようにします。
• は、中間結果のキャッシュを回避するためのno-cache HTTPヘッダを追加しました。
• ncfetch.cgiます。
• パスワードで保護されたブロブにアクセスするための新たなパラメータます。
• 余分なパラメータ＆QUOT解釈、ファイル名＆QUOTを。ダウンロードしたファイルのファイル名としてします。

のバージョンではの新機能2008年12月31日：

• このリリースでは、列固有を計算する方法が追加されますPSI-BLASTでpseudocountsます。
• これは、グリッド·サービス·ライブラリをリファクタリングします。
• これは、すべてのファイルAPIクラス用のユニットテストフレームワークとエラーログを追加します。
• これは、IRIX上のpthreadサポートを修正します。これは、XMLシリアル化のサポートを強化します。
• これは、Sybaseのサポートが修正されています。
• それは小さなクエリの小さいルックアップテーブルのサポートが追加されています。
• これは、GenBankローダ統計情報を取得するためのAPIが追加されます。

<李>これは、他の機能強化、スピードアップ、およびバグ修正を仕分けしています。