POY

POY 4.1.2

POYは、データ(例えば形態学、ヌクレオチド、遺伝子および遺伝子領域、染色体、および全ゲノム)の複数の種類をサポートして系統解析プログラムです。入力シーケンスをプリアライメントする必要がない。すなわち、それは真の整列と系統推論を実行できるという点で、POYは、特定のです。挿入、削除、および再配列は、その後、最大節約下、または最大尤度の下でモデルの全体的な木のスコアに含めることができます。ヒューリスティックアルゴリズムの種々のこの目的のために開発され、POYに実装されています。...

Malign

Malign 2.8

悪性で実装複数のアラインメント手順は、最小長cladogramsを検索するために使用されるものに近い類似しています。ロジックプログラムのコマンドは、Hennig86、NONA、及びPAUPなどのプログラムに精通した者には明らかであろう。アライメントトポロジは異なる配列を介して構築され、分岐交換によって改善されています。各アラインメント·トポロジは、複数のアラインメントが得られ、cladogramsはそのアラインメントから構成されています。最節約分岐図のコストは、複数のアライメントコストとして割り当てられてい...