goby

ハゼは、バイナリデータファイルを読み取るためのPython APIはハゼ次世代のデータ管理フレームワークを使用して作成されます。
通常、このディレクトリはから入手できる完全なハゼパッケージの一部として付属しています。
＆NBSP;のhttp：//goby.campagnelab.org/
完全なパッケージには、Javaソース·コードが含まれています。あなたはPyPIのまたはいくつかの他のPython固有のソースからこのパッケージをダウンロードした場合は、コードの唯一のPythonの一部を受け取っている可能性があります。
の開発警告の
ハゼのPythonライブラリは、Java実装のように成熟していないです。これは、より多くのバグがあってもよく、Java版に見られる特徴の完全なセットを提供することを意図するものではない。
のインストール：の
＆NBSP; 1。あなたは、Python 2.5以降を持っていることを確認してください。疑問がある場合は、実行します。
のpython -V
とをタップ2。前提条件のPythonパッケージをダウンロードしてインストールします：
＆NBSP; 1。プロトコルバッファ
http://code.google.com/p/protobuf/またはPyPIのから利用可能;＆NBSP
＆NBSP;
2. pyjavaproperties - java.util.PropertiesためのPythonの交換
http://pypi.python.org/pypi/pyjavapropertiesから入手可能;＆NBSP
＆NBSP; 3。ハゼパッケージをインストールします。
Pythonはsetup.py installを
＆NBSP;このステップは、スーパーユーザー権限が必要な場合があります。
の使用方法：の
例スクリプトはPythonでハゼファイルのコンテンツにアクセスする方法を実証するために提供されている。
＆NBSP; *ここでハゼアライメントファイルをスキャンする方法です。
＆NBSP; GobyAlignmentStats.pyベース名
（ファイルのbasename.entriesとbasename.headerを終了する必要があります。）
＆NBSP; *次のコマンドは、テキストとして、アライメントファイルの内容を印刷します。
GobyAlignmentToText.pyベース名
＆NBSP; *コンパクトに変換します次のコマンドは、FASTA形式にファイルを読み取ります。
GobyCompactToFasta.py file.compact-読み込み
＆NBSP; *次のコマンドでは、コンパクトのコンテンツファイルを読み込みに関する統計情報を出力します。
GobyReadsStats.py file.compact-読み込みます。

の要件の

• のPythonます。