Cell Electrophysiology Simulation Environment

セル電気生理学シミュレーション環境（CESE）具体的には、例えば、心筋細胞の電気的活動のシミュレーションを計算電気生理学的シミュレーションを実行するように設計された包括的なフレームワークです。
細胞電気生理学シミュレーション環境は、活動電位、個々のイオン電流、およびイオン濃度の変化をシミュレーションするのに有用です。
CESEは、クロスプラットフォームのプログラムであり、それは、Javaランタイム環境（JRE）バージョン1.4以上を持つ任意のシステム上で実行されます。これは、WindowsやLinux、Solaris版、MacOS Xの、およびAIXでテストされました。
CESEユーザー
CESEは、電気生理学的モデルのさまざまな方法を使って計算シミュレーションを行うための統合環境です。
この段階でCESEは作成および（ホジキン·ハクスリー（HH）とマルコフ現在の製剤の両方を含む）の単一細胞モデルの実行を可能にします。ソースコード付きの心筋細胞の電気的活動のモデルは、CESEディストリビューションに含まれています。我々は、利用可能なモデルの数を拡張し、将来的には、特定の神経細胞のモデルを追加したいと考えています。
CESEの主な強みは、その均一性＆＃65533です。プログラム·インターフェースは、モデルの異なるタイプで同じままです。あなたは簡単にモデルを切り替えるとシミュレーション出力を比較することができます。モデルパラメータは、変更された出力のために選択され、および/または同一の、標準的な方法でクランプすることができます。
CESEは「電圧クランプ」の従来の電気生理学的意味を拡張します。あなたは、クランプのコマンドが個別に興味のあるモデル変数に設定された複雑な区分的関数とすることができる電圧（膜電位）を含む実質的に任意のモデル変数、など合計または個々のイオン電流、イオン濃度、温度、ゲート変数を、クランプすることができます。これは、複雑なモデルの挙動の探査のための無限の可能性を開きます。
CESEはシンプルですが、効率的なデータの可視化を提供します。シミュレーションの結果は、グラフィックおよび集計の形態で提供することができます。プロットは、カスタマイズすることができ、関心領域は、ズーム。
CESEは、データ分析ツールであるように設計されていなかったにもかかわらず、あなたは、電流 - 電圧の関係（I-Vの）を生成し、プログラム内の指定された信号の統計パラメータを計算することができます。あなたのお気に入りのパッケージに分析を継続して、ASCIIに軸索のテキストフ​​ァイル（ATF）、およびのNetCDF形式をあなたのデータをエクスポートすることができます。
CESE開発
CESEは、ユーザインターフェースの一貫性とコード明瞭性と再利用の観点から、両方のJava開発者に利用可能な最良のプログラミング方法を、組み込むためにゼロから作成されました。可能な限り、CESEは、コードを簡略化するために（例えばするJava2D、JavaBeansの、JAXP）利用可能のJava APIに依存しています。
モデル作成は、符号化された＆＃65533するハウスキーピング機能の番号が必要です。これらは、したがって、これらのルーチンのインプリメンテーションを提供します、あなたは具体的なイオン電流（複数可）のコードを書くことに集中できるなどODEインテグレータ、モデルパラメータを処理するためのルーチン、モデル状態を復元/保存、シミュレーション結果を可視化、CESEが挙げられ、 CESEは残りを処理します。
CESEは独自の＆＃65533に複雑なプログラミングフレームワークを作成しようとしていません。むしろ、それは、コアJava APIを利用しています。例えば、モデルは、JavaBeans仕様に準拠したJavaコンポーネントです。私たちは、クランプのコマンドを指定するためにXMLを使用して、Javaオブジェクトの直列化が復元/モデルパラメータを保存します。
このリリースの新機能：