Open Babel

オープンバベルは、オープンソースの、特別に化学物質データの数多くの言語を認識するように設計された化学ツールボックスとして動作するように設計されています、共同自由とマルチプラットフォームライブラリソフトウェアです。それは、単に吹き替え＆ldquoされ、ザ·オープン·ケミストリーツールキット＆rdquo; glanceWithオープンバベルでの特徴は、ユーザーが化学、分子モデリング、生化学、だけでなく、他の関連分野から、検索、分析、変換、およびデータを格納することができるようになります。それはMOL2、SDF / MOL、PDB、XYZ、SMILES、およびCMLを含む一般的な化学ファイルフォーマットの広い範囲をサポートしています。
また、オープンバベルは、フル機能のプログラマのツールキット、化学MIMEサポートを提供し、フードマッチャー、柔軟な原子/ボンド·タイプR、水素の削除や追加、ビットベクトルクラス、行列やベクトルの変換だけでなく、分子のテストsuite.UnderをSMARTSとサポートされているオペレーティングsystemsOpenバベルは、C ++プログラミング言語で書かれている。それ＆rsquoの、GNU / Linuxの、BSD、Solaris版、SGI、Microsoft WindowsとMac OS Xオペレーティングシステムをサポートし、SA真のクロスプラットフォームのソフトウェア。 32ビットおよび64ビットコンピュータが正式this.Gettingを書いている時点ではサポートされているの両方がすべてのオープンBabelFirstを開始、我々は強くあなたのデフォルトのソフトウェアリポジトリから事前に構築されたバイナリパッケージを使用してオープンバベルをインストールすることをお勧めLinuxディストリビューション。あなたのGNU / Linuxシステムはdoesnの＆rsquoの場合は、tはそのレポにオープンバベルのソフトウェアを持って、あなた＆rsquoのは、ユニバーサルソースがSoftoware上に設けられたアーカイブを使用してアプリケーションをコンパイルしてインストールすることがあるでしょう。
tarボール（tar.gz形式のアーカイブ）をダウンロードし、お好みの場所にそれを抽出し、端末エミュレータを開き、解凍したフォルダに移動して、＆ldquoを実行し、cmakeの＆rdquo; （引用符なし）コマンドには、プロジェクトを構成します。次に、＆ldquoを実行する必要があります;＆rdquoをすることができる。このコマンドは、引用符なしで、当然のことながら、それをコンパイルします。ます。

：その前に、上記の手順には、オペレーティング·システムにインストールされている中でCMakeのツール

のこのリリースではの新機能を確認してください

• このリリースには、主要なバグ修正リリースを表し、強くオープンバベルのすべてのユーザに推奨安定したアップグレード、である必要があります。多くのバグや機能拡張が2.3.0のリリース以来、昨年に追加されています。

のあるどのバージョン2.2.2のの新しい：

• はこのリリースでは、主要なバグ修正リリースを表し、強くオープンバベルのすべてのユーザに推奨さ、安定したアップグレードです。多くの新機能がない可能性がありますが、多くのクラッシュやその他のバグは2.2.1以降に修正されました。
• 標準化InChIとInChIKey出力を生成するために新しいInChI 1.02リリースへアップグレードします。
• /書き込みSMILESを読み取る際に、多くの立体化学のエラーを修正しました。これは2.3のリリースで完成する予定より大きなプロジェクトの一部である。
• CygwinとMinGWのプラットフォームでコンパイルとインストールを修正します。
• 大幅に改善された芳香族性とケクレボンド割り当てます。
• の改善2D - ＆GT。世代を3D座標ます。
• --gen3dコマンドライン操作を使用して生成を座標の改善します。

座標生成のための
• パフォーマンスの向上します。
• バベルのための新しい--fillUCコマンドライン操作します。

pH依存性の水素添加に修正
• ます。
• Molden、Molpro、およびNWChemから出力ファイルを振動データを読み取るためのサポートが追加されました。
• 最近の理論的な計算から更新原子半径ます。

gzipで圧縮されたMOL2またはXMLファイルを読み込む際に
• バグを修正します。

エラーの後に
• [閉じるファイル。ファイルが開いたままになりPybelのバグが修正されています。
• さらに多くのバグ修正と小さな機能改善。 ==新しいファイル形式==輸出入：
• Molpro入力と出力します。
• VASP座標ファイル（CONTCARとPOSCAR）します。

の新しいのバージョン2.2.1で何をしている。

• Python 3のサポートを含むスクリプトインターフェイスを、改善し、改善されたJavaとC＃をサポートします。
• MACCS指紋のサポートが追加されました。 RDKitプロジェクトのおかげます。

フォースフィールドコードに
• 多くの修正と機能強化。特に、UFF力場の実装は、より多くの分子を処理する必要があります。
• 3Dは特にリング断片と、世代を調整改善しました。あなたがこの日obgenユーティリティを使用して試してみることができます。
• 原子タイプを持つPDBのインポートエラーのさまざまなを修正します。

PQRファイル形式からの電荷と半径を読み取るための
• サポートが追加されました。
• PDBフォーマットの読み書きの単位セルのサポートが追加されました。
• ニューQUOT、出力＆QUOT。ジェネリック＆QUOT撮影するためのファイル形式、.outの＆QUOT ;,＆QUOT;の.log＆QUOT ;,および＆QUOT;の.dat＆QUOT。ファイルと内容に基づいて、適切なファイルタイプで読み込む。現在、量子化学パッケージの非常にうまく機能します。
• は改善されたエラー処理とファイル形式をロードすることができない報告を追加しました。
• の改善CIFファイル形式のサポートします。
• 多くの、多くの、多くの追加のバグ修正と小さな機能強化します。