SPInDel workbench

SPInDelはリボソームRNA（rRNAの）遺伝子領域の長さに基づいて、生物学的同定の代替的方法です。一般的に、異なる種からの主要rRNA遺伝子配列のアラインメントは、両方のヌクレオチド置換（一般に「SNPの」という）と、挿入/欠失（インデル）のイベントに関して、ヌクレオチドの保全と変化の領域を交互に示します。 " - "異なる長さの配列中のインデル結果の存在とは、典型的にはダッシュで示されるアライメントのギャップが導入されています。
次のような生物学的同定のためのコンセプトは、rRNA遺伝子配列を使用する：保存された領域は、配列の組み合わせは、各化学種（「SPInDelプロファイル」）の特徴である長された可変セグメント（「SPInDel超可変領域」）を定義するために使用されます。したがって、それぞれの種は、一意の数値プロファイルによって定義することができます。
理論的には、20の対立遺伝子ごと（または5の対立遺伝子をそれぞれと11の地域）とのちょうど6の超可変領域の調査では、数万人に5〜15であることが推定されている地球上の全ての真核生物種を、区別するのに十分です。実際には、SPInDelは低い種内変異と高い系統発生解像度で真核生物の種の93.3パーセントを判別することが可能です。