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シロイヌナズナモチーフスキャナ（AMS）は、ローカルコンピュータ上で実行するWindowsアプリケーションです。これは、モデル植物のシロイヌナズナのシス調節エレメントの位置を特定することにより、遺伝子の関係を評価し、評価するための簡単なインターフェイスを提供することにより、遺伝子ネットワークを構築するために開発されました。その主な革新的な機能は、転写因子によって調節される遺伝子ネットワークを識別するためのNGSとDNAチップアレイ発現データ、シロイヌナズナのアノテーションと遺伝子の相互作用、シス調節エレメントの位置を組み合わせることです。転写因子の機能に焦点を当てた研究では、ソフトウェアは、直接標的遺伝子を予測する調節性遺伝子領域における発現データと結合部位のモチーフを使用します。さらに、AMSは、対象の転写因子によって調節される代謝経路の同定を容易にするために、DNA、タンパク質およびタンパク質 - タンパク質相互作用データを利用します。
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