RAPTOR

RAPTORは、正確なタンパク質構造予測のために設計された革新的なソフトウェアです。これは、1つの統合ソフトウェアソリューションで、高度な分析ツールを組み合わせた3つの異なるスレッド化手法を提供します。 RAPTOR独自の整数計画の最適化手法は、低い配列相同性を有する標的の構造テンプレートを見つけるための最も有効であり、高品質のモデルを生成することができます。使いやすいインターフェイスと分かりやすいE値は、初心者や専門家のために理想的です。中でも、出力の直感的な表示は、単に一目で結果を理解することができます。既知の三次元構造を有する相同タンパク質が存在する場合、標的タンパク質配列が与えられると、それはまた、RAPTORに設けられたPSI-BLASTのような配列検索ツールを使用して求めることができます。ターゲットの構造は、既知の構造から構築されています。配列の相同性は有意でない場合には、すなわち、25％未満、PSI-BLASTは、自信を持ってヒットを思い付くことができません。単に配列検索、タンパク質スレッディングは、認識を折るんPSI-BLASTとは異なり、両方の相同性および構造情報を利用します。これは、既知の構造のデータベースに対して未知の構造を有するタンパク質配列をスキャンします。スコアリング関数を使用して三次元構造及び線形タンパク質配列との間の互換性の分析を行うことにより、最高の構造鋳型は、配列の構造を構築するために、そこから識別されます。その結果、タンパク質スレッディングは限界配列の相同性が存在するホモロジーモデリングよりも優れた予測を提供します。制限：

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