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mpiBLASTは、NCBI BLASTのMPIベースの並列実装です。プロジェクトはのformatdbを交換し、インストールMPIとコンピュータのクラスタ上で並列にBLASTのジョブを実行バージョンでblastallがプログラムのペアで構成されます。伝統的なBLAST対mpiBLASTを使用するには、主に2つの利点があります。
まず、mpiBLASTは、クラスタ内の各ノード全体でデータベースを分割します。データベースの各ノードのセグメントは小さいので通常は原因ディスクの消去I / Oを大幅に速度が向上し、バッファ·キャッシュ内に存在することができます。第二に、プロセッサ間通信の要求が低いため、BLASTユーザーが効率的な、低コストのベオウルフ·クラスタを利用することができます。
mpiBLASTデータベースがRAMに収まるように大きすぎる状況で超線形スピードアップを実現し、他の状況では、線形のスピードアップに近いです。これは専用のクラスタを必要としません。
要件：
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