Staden Package

シュターデンパッケージは、UnixやLinux、MacOSXはとMS Windows用のDNA配列アセンブリ（Gap4）、編集および分析ツール（スピン）の十分に発達したセットです。
Gap4面では、関連に参加するいくつかの小さながありました
どのようにスコアの改善はの内部ジョインとジョイン検索
参加エディタに並ぶボタンの機能。
またgap4への結果のは（io_libするための様々な変化であります
さまざまなトレース·ファイル·フォーマットへのすべてのI / O用のライブラリ）。追加されたことにより
実験ファイルがあるために、今できる新しいhash_expプログラムの
一緒に連結され、インデックス。実験ファイル名のリスト
STIL gap4に与えたが、EXP_PATH環境を提供すべきです
正しく設定されている変数は、個々のフェッチすることができるようになりますgap4
連結された実験ファイルのうちシーケンス
アーカイブ。このためのユーザインタフェースの改善が依然としてあることが必要
作られました。
454 SFFのアーカイブは今よりよくサポートされています。 defsult 454インデックス
hash_sffプログラムを提供するために使用することができるが、今、仕事
代替索引付け戦略（恐らくより速い場合によっては）。
Gap4とTREVもトレースの別のトレースの表示スタイルを持っています
ベースコールあたり1サンプルスキャン（×4チャネル）を持っています。それができる。この場合において、
また、4信頼値の代わりに塩基当たり1を引きます。これらの能力
ときに、より容易にSolexaのより良い統合がトレースできるようになります
利用可能。
コー​​スのプラスのバグ修正とマイナーな改良の通常のミックス。見ます
（SourceForgeのサイトを経由して）詳細については、完全な変更ログ。
その他の注目すべき変更
Gap4