CodonW

CodonWは、コドンとアミノ酸の使用量の多変量解析（コレスポンデンス分析）を簡素化するために設計されたプログラムです。また、コドン使用の標準指標を計算します。これは、メニューやコマンドライン·インタフェースの両方を備えています。
CodonWプロジェクトはポールシャープ、遺伝学部、ノッティンガム大学の研究室でジョン·ピーデンによって書かれました。ジョンは人類遺伝学で働いており、現在はオックスフォード大学でWTCHGでProCardisデータベース·マネージャーとして採用されています。
ここで、「CodonW」のある主要な機能は次のとおりです。
·ANSI準拠のC言語で書かれました
·メニュー方式
·コマンドラインオプションの大規模な数
·遺伝コードに依存しません
·上の制限なしに
配列の1の数
2.シーケンス長
·コドン使用頻度指数を計算します
1. CAI：コドン適応指数
2. FOP：最適なコドンの頻度
3.ノースカロライナ：コドンの有効数
4. CBI：コドンバイアスランキング
·アミノ酸指数を計算します
1.肉汁スコア
2.芳香族性
·の対応分析を計算します
1.コドン使用
2. RSCU（相対同義コドン使用）
3.アミノ酸の使用
·対応分析
1.コドン/アミノ酸を包含/除外することができます
2.トレンドの詳細なレポートを生成することができます
3.試みが自動的に最適なコドンを同定するために
4.追加のデータセットを追加することを許可することができ
5.トレンドの任意の数を記録します
·計算し遺伝子パラメータ
1.遺伝子長
2. GC、GC3sおよびコドン位置特定のG + C
3.ジヌクレオチド組成物（3つすべてのコドンのフレームで）
4.アミノ酸の使用
前記相対的なアミノ酸の使用
6.コドン使用頻度
7.相対同義コドン使用
·概念的タンパク質に配列を変換することができます
·配列データの書式を変更します
·人間または機械可読出力
·計算するために（リーディングフレームを維持しながら）遺伝子を連結することができます
1.全体的なコドン使用
2. GC含量
3.ジヌクレオチド組成
·コドン、アミノ酸、またはRSCU使用のテーブルを生成します
·も、あなたは遺伝コードを学ぶのを助けることができます。
·よります。