MetagenomeDB

MetagenomeDBを簡単メタゲノム配列を格納、取得、および注釈付けするように設計されたPythonのライブラリです＆NBSP;のMongoDBデータベースの上に抽象化レイヤとしてMetagenomeDB作用します。これは、2つのタイプのオブジェクト、すなわち配列やコレクションを作成および変更して接続するためのAPIを提供します。
＆NBSP; *シーケンス（順序クラス）とすることができる読み込み、コンティグ、PCRクローンなど
＆NBSP; *のコレクション（Collectionクラス）配列のセットを表します。例えば、サンプルのシーケンシング、読み込みのセットから組み立てられたコンティグ、PCRライブラリーから得られた読み取り、
任意のオブジェクトは、辞書のような構文を使用して注釈を付けることができます：
＃最初に、我々はライブラリをインポート
MDBとしてインポートMetagenomeDB
＃我々は2で新しいSequenceオブジェクトを作成します
＃（必須）のプロパティ、「名前」と「シーケンス」
S = mdb.Sequence（{"名前"： "私の配列」、「配列」：「ATGC"}）
＃オブジェクトは現在、注釈を付けることができます
印刷の[「長さ」]
S ["タイプ"] = "読み"
＃一度変更され、オブジェクトがコミットされる必要があります
修正は維持するために、データベースへ＃
s.commit（）
型配列またはコレクションのオブジェクトは、様々なメタゲノムデータセットを表すために相互に接続することができます。例としては、これらに限定されません：
＆NBSP; *のコレクションは、配列決定の実行（複数の配列オブジェクトと1コレクションの関係）から生じる読み込みます
＆NBSP; *のセットの組み立てに起因するコンティグのセットは、読み込み（2コレクションのオブジェクト間の関係）
＆NBSP; *コンティグの一部である読み出す（複数の配列の間の関係は、オブジェクト1つのシーケンス）
＆NBSP;別の配列（2シーケンスオブジェクト間の関係）に似ています*シーケンス
＆NBSP;（2コレクションのオブジェクト間の関係）は大きなコレクションの一部です*コレクション
結果は、専用のメソッドを使用して検討することができます配列およびコレクションのネットワークです。 IEG、Collection.list_sequences（）、Sequence.list_collections（）、Sequence.list_related_sequences（）。これらの方法の各々は、MongoDBの照会の構文を使用して、洗練されたフィルタを可能にします：
＃リスト型 'collection_of_reads」のすべてのコレクション
＃シーケンス 'S'に属しています
コレクション= s.list_collections（{"タイプ"： "collection_of_reads"}）
＃リストまたこれらのコレクションに属しているすべてのシーケンス
少なくとも50塩基対の長さ＃
コレクションにCのための：
＆NBSP;印刷c.list_sequences（{"長さ"：{"$のGT"：50}}）
MetagenomeDBも塩基配列をインポートするためのコマンドラインツール、タンパク質配列、BLASTおよびFASTAアラインメントアルゴリズムの出力、およびACEのアセンブリファイルのセットを提供します。他のツールを追加または削除する複数のオブジェクトを、またはそれらに注釈を付けるために提供されています。

要件：ます。

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