tapir

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tapir
ソフトウェアの詳細:
バージョン: 1.0
日付のアップロード: 11 May 15
ライセンス: 無料
人気: 49

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バクは、大規模なデータセットのための系統学的情報性を推定し、プロットするプログラムが含まれているPythonのツールです。
引用バク
バクを使用する場合は、引用してください:
- Faircloth BC、チャンJ、アルファロME:バクは系統発生情報提供性の高スループット分析を可能にします。
- タウンゼントJP:系統発生情報性をプロファイリング。系統的BIOL。 2007、56:222から231まで。
- 池SLK、フロストSDW、ミューズSV:ハイフィー:仮説系統発生を使用してテストします。バイオインフォマティクス2005、21:676から679まで。
インストール
現時点では、プログラムをインストールする最も簡単な方法は、次のとおりです。
gitのクローンgitの://github.com/faircloth-lab/tapir.git /パス/に/バク
テストを実行するには:
CD /パス/に/バク/
Pythonのテスト/ test_townsend_code.py
使用
estimate_p_i.pyコードはテンプレート/にあるハイフィーのためのバッチファイルを呼び出します。このファイルには、estimate_p_i.py置いている場所に、同じ位置にあることが必要です。あなたは上記のように薄くなりをインストールする場合は、しばらくの間、大丈夫です。
実行するには:
CD /パス/に/バク/
のpython tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
  - 出力OUTPUT_DIRECTORY
  - エポック= 32-42,88-98,95-105,164-174
  - 回= 37,93,100,170
  - マルチプロセッシング
--multiprocessingはそれなしで、各遺伝子座は、連続して実行され、任意です。
すでに上記を実行し、(下記参照)あなたの出力フォルダに結果を保存している場合、あなたはむしろ再びそれらを推定するよりも、既存のサイトレートのレコードを使用することができます。
のpython tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
  - 出力OUTPUT_DIRECTORY
  - エポック= 32-42,88-98,95-105,164-174
  - 回= 37,93,100,170
  - マルチプロセッシング
  - サイトレート
結果
バクは、あなたが選んだの出力ディレクトリにsqliteのデータベースに結果を書き込みます。このディレクトリには、tapir_compute.pyを通過した各遺伝子座のためのJSON形式でサイトレートのファイルを保持しています。
次のようにして、結果をデータベースにアクセスすることができます。プロットなど、より多くの例については、マニュアルを参照してください
- sqliteのをクランクアップ:
  sqlite3のOUTPUT_DIRECTORY /系統発生-informativeness.sqlite
- すべてのエポックのために不可欠なデータを取得します:
  2遺伝子座、間隔、座位からπ、間隔loci.id = interval.idを選択
- 特定のエポックのために不可欠なデータを取得します:
 軌跡、間隔、座位からパイ、間隔を選択
 ここで、間隔= '95 -105 'とloci.id = interval.id。
- 異なるエポックでの遺伝子座を有する最大(PI)のカウントを取得します:
 選択IDとして一時テーブルの最大を作成し、最大IDによって間隔グループから最大として(PI);
 選択interval.id、間隔、間隔から最大、最大のような一時テーブルtを作成
 ここでinterval.pi = max.max。
 間隔によるTグループからカウント(*)、間隔を選択します。
謝辞
私たちは、自分のWebアプリケーションのソースコードのコピーをご提供するためフランチェスクロペス-Giraldezとジェフリー·タウンゼントに感謝します。 BCFのおかげSハベルとP Gowatyます。

要件:ます。

Pythonの
scipyのダウンロード
numpyの
DendroPy
hyphy2(シングルスレッドhyphy2をダウンロードしたり、ビルドしてください)

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