ベスト バイオインフォマティクス のために Linux
VULCANプロジェクトは、計算流体力学解析を提供します。VULCAN（複雑なフロー分析のための粘性風上アルゴリズム）は、シリアルおよびパラレル計算のさまざまなプラットフォーム上のフローを反応させ、非反応極超音速乱を通して亜音速のための計算流体力学を提供しています。推進フロー分析の計算コストは、楕円空間マーチングスキームのための特別な乱壁トリートメント、マルチグリッド法を使用することにより低減され、支配方程式のコンディショニングは、数値の剛性を低減させる。物理モデリング機能は、圧縮率、レイノルズ応力の異...
Murkaは、ユーザーが簡単に単に中央ネットワークを使用することにより、系統の問題を解決するのに役立つ無料、クロスプラットフォーム、オープンソースのコマンドラインソフトウェアです。それは、ヒューリスティックな方法、正確なアルゴリズムと同様に、シュタイナー問題解決を含んでいます。Murka＆rsquo; sの入力は可逆とアライメントstepmatrix、および出力の提供（サブ）最適な木と、それらのいくつかの組み合わせを提供します。ソフトウェアは、LinuxおよびMicrosoft...
STEPS任意に複雑な3Dジオメトリにおける反応拡散システムの正確な確率的シミュレーションのためのパッケージです。当社のコアシミュレーションアルゴリズムは、3D四面体メッシュの要素の上に分子の拡散に対処するように拡張、ガレスピーのSSAの実装です。それは主に、樹状突起およびシナプスの周囲のニューロンのシグナル伝達経路の詳細なモデルをシミュレートするために開発されたが、それは一般的なツールであり、空間的変化および形態が役割を果たしていると考えられている任意の生化学的経路を研究するために使用することができる...
人間のゲノムおよびトランスクリプトーム内および特性照会し、拡張性の高い結果データベースと管理のためのユーザーフレンドリーなウェブベースのソフトウェア·アプリケーションと一緒に、カプシドは、包括的なオープンソースの病原体配列同定＆NBSP用の高性能計算のパイプラインを統合したプラットフォームですし、結果を可視化する。ののはじめにあなたは、Pythonの2.6+インストールおよびApache Tomcat 6+をMongoDBのデータベースが必要になります。詳細については、wikiを読んで： ...
AREMは（チップ、配列データのモデルベース分析）MACSに基づいています。クロマチン免疫沈殿（チップSEQ）に結合されたハイスループットシークエンシングが広くゲノムワイドな転写因子、補因子、クロマチン修飾剤、および他のDNA結合タンパク質の結合パターンを特徴付けるに使用されます。 ChIPの-、配列データ分析の重要なステップは、参照ゲノムに短いハイスループット配列決定から読み取るマップと短い読み取りで強化されたピーク領域を同定することです。いくつかの方法は、チップ -...
Syntainiaは、複数のゲノムの可視化のための革新的なアプリケーションである＆NBSP;。これは、遺伝子のグループ間の関係を表示および操作するためのシンプルで直感的なユーザーインターフェイスを提供します。より明確な遺伝子の可視化と、それは複数のゲノム間のシンテニーの保全を識別するために、研究者のために容易です。 Syntainiaは素晴らしく見えるし、Windows、Linux、およびMac OS X上でスムーズに動作し、それはまた、Java...
Orthancは、軽量、シンプル、完全に無料、オープンソースであり、かつ強力なRESTfulな単体のDICOM（医療におけるデジタル画像と通信）医療と医学研究環境で使用できるサーバます。これは＆rsquo; SAコマンドラインソフトウェアは、C...
PEATは、キャプチャ予測し、タンパク質の生物物理学的特性を分析するためのプログラムのスイートです。。の の要件ドキュメンテーション、手順、スクリーンショットなどのためhttp://enzyme.ucd.ie/PEATを参照してください： ...
関数lsimは、巨大分子の電子密度を重畳し、構造的な類似性スコアを計算します。その計算は、比較される分子のサイズに伴って直線的に拡張します。関数lsimアラインメントは、生化学的、構造要素と概念的に無関係であり、したがって、構造のみのタンパク質の類似研究のために、公正かつ適切です。インストール：配布ファイルを解凍します。タール-xzvf関数lsim-linux.tar.gzファイルのディレクトリに移動します。CDのlsim.1.0.0コピー、移動、またはリンクする実行可能ファイルの関数lsimを適切な場所に...
TRMinerは、科学的データの学芸員を目指すPythonのユーティリティです＆NBSP;それは急速に与えられた鉱山の目標に関連する文章に科学出版物の大規模なコレクションを剪定することができます。これは2つのステップで達成される。まず、テキストは、関連する言葉のトークンのシーケンスにtranlatedされている。第二に、正規表現パターンは、トークン配列において検索される。...
