ベスト バイオインフォマティクス のために Linux

Genepidginは、評価および割り当て遺伝子産物名を支援Pythonツールのスイートです＆NBSP、3つの主要コンポーネントがあります。：genepidgin *クリーナー*＆NBSP; UNIPROTの命名ガイドラインあたりの遺伝子名を標準化genepidgin *比較*とをタップ、遺伝子名の二つ以上のセットを比較するgenepidgin選択* *＆NBSP;相同性証拠のvareityから最も適切な製品名を選択し、現在の開発状況などの詳細については、Genepidginのマニュアルをご覧ください。 ...

STEPS任意に複雑な3Dジオメトリにおける反応拡散シス​​テムの正確な確率的シミュレーションのためのパッケージです。当社のコアシミュレーションアルゴリズムは、3D四面体メッシュの要素の上に分子の拡散に対処するように拡張、ガレスピーのSSAの実装です。それは主に、樹状突起およびシナプスの周囲のニューロンのシグナル伝達経路の詳細なモデルをシミュレートするために開発されたが、それは一般的なツールであり、空間的変化および形態が役割を果たしていると考えられている任意の生化学的経路を研究するために使用することができる...

TRMinerは、科学的データの学芸員を目指すPythonのユーティリティです＆NBSP;それは急速に与えられた鉱山の目標に関連する文章に科学出版物の大規模なコレクションを剪定することができます。これは2つのステップで達成される。まず、テキストは、関連する言葉のトークンのシーケンスにtranlatedされている。第二に、正規表現パターンは、トークン配列において検索される。...

バイオインフォマティクスベンチマークシステムは、そのシステムの性能を調査するために、エンドユーザーやベンダーを有効にするために、合理的なテストフレームワーク、テスト、およびデータを構築しようとする試みです。私たちがやろうとしていることは、テストのためのフレームワーク、およびすべてのダウンロードおよびシステム性能の特定の要素をプローブするために使用することができるテストのコアセットを作成することです。また、これらのテストのソースはGPLの下で利用可能であり、アイデアを簡単に測定やチューニングの理由で意味のある...

シュターデンパッケージは、UnixやLinux、MacOSXはとMS Windows用のDNA配列アセンブリ（Gap4）、編集および分析ツール（スピン）の十分に発達したセットです。Gap4面では、関連に参加するいくつかの小さながありましたどのようにスコアの改善はの内部ジョインとジョイン検索参加エディタに並ぶボタンの機能。またgap4への結果のは（io_libするための様々な変化でありますさまざまなトレース·ファイル·フォーマットへのすべてのI /...

AREMは（チップ、配列データのモデルベース分析）MACSに基づいています。クロマチン免疫沈殿（チップSEQ）に結合されたハイスループットシークエンシングが広くゲノムワイドな転写因子、補因子、クロマチン修飾剤、および他のDNA結合タンパク質の結合パターンを特徴付けるに使用されます。 ChIPの-、配列データ分析の重要なステップは、参照ゲノムに短いハイスループット配列決定から読み取るマップと短い読み取りで強化されたピーク領域を同定することです。いくつかの方法は、チップ -...

seriesoftubesのSolexaチップ-seqのデータの拡張パイプラインである。パッケージのドキュメント ...

MetagenomeDBを簡単メタゲノム配列を格納、取得、および注釈付けするように設計されたPythonのライブラリです＆NBSP;のMongoDBデータベースの上に抽象化レイヤとしてMetagenomeDB作用します。これは、2つのタイプのオブジェクト、すなわち配列やコレクションを作成および変更して接続するためのAPIを提供します。＆NBSP; *シーケンス（順序クラス）とすることができる読み込み、コンティグ、PCRクローンなど＆NBSP;...

このシールは、Hadoopの上の配列アラインメントを提供するPythonモジュールである。シールは、生物学的な配列アラインメントのためのMapReduceのアプリケーションです。 Pydoop（http://pydoop.sourceforge.net）、HadoopのためのPythonのMapReduceとHDFS APIを介してのHadoop（http://hadoop.apache.org）上でそれを実行ます。 の要件の ...

MISO（アイソフォームの混合物）の発現レベル＆NBSPを定量Pythonで書かれた確率的なフレームワークであり、RNA-配列データから選択的スプライシングされた遺伝子のうち、およびサンプルの間で示差的に調節アイソフォームまたはエクソンを識別します。RNA-配列におけるアイソフォームから生成される読み取ることで生成的なプロセスをモデル化することにより、MISOモデルは、読み込みが特定のアイソフォームに由来する確率を計算するためにベイズ推論を使用しています。MISOは、選択的mRNAアイソフォームの基本的なセ...