ベスト バイオインフォマティクス のために Linux

MetagenomeDBを簡単メタゲノム配列を格納、取得、および注釈付けするように設計されたPythonのライブラリです＆NBSP;のMongoDBデータベースの上に抽象化レイヤとしてMetagenomeDB作用します。これは、2つのタイプのオブジェクト、すなわち配列やコレクションを作成および変更して接続するためのAPIを提供します。＆NBSP; *シーケンス（順序クラス）とすることができる読み込み、コンティグ、PCRクローンなど＆NBSP;...

SSuMMoは分類群にシーケンスを割り当てるためにHMMERを使用して反復的に周りに設計された関数のライブラリです＆NBSP;結果は、非常にそのコミュニティ内の種/属の分布を示す木をアノテートされています。ソースコードに含まれているプログラムは、ツールへのものがあります - - 隠れマルコフモデルの階層型データベース構築 - dictify.pyを。 - 分類学上の名前を認識するようにシーケンスを割り当てる - SSUMMO.pyを。 - シンプソン、シャノン＆その他methods-...

tigreBrowserはティグレのRパッケージ（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html）からの結果のための遺伝子発現モデルブラウザです。インストール：tigreBrowserは、Pythonのバージョン> = 2.5が必要です。 tigreBrowserは、次のコマンドでインストールすることができます。Pythonはsetup.py...

このMACS2は、ChIPの、配列データのためのモデルベースの​​分析ツールである。配列決定技術の向上に伴い、ハイスループットシークエンシング（チップ配列）に続いてクロマチン免疫沈降は、ゲノムワイドなタンパク質-DNA相互作用を研究するために人気を集めている。強力なChIP配列分析法の欠如に対処するために、我々は、結合部位の転写因子を同定するために、ChIPの-配列（MACS）のモデルベースの​​分析という新規なアルゴリズムを提示する。...

edittagは、編集メトリック配列タグのセットを設計する編集メトリックにフォメーションのための配列タグをチェックして、プラットフォーム固有のシークエンシングアダプターとPCRプライマーに配列タグを統合するためのアプリケーションのコレクションです。 edittagは他のアプローチとは異なります。＆NBSP; * edittagはマルチプロセッシングを使用して、合理的な時間枠で編集メトリック配列タグの任意の長さを生成し、とをタップ; *...

MacMolPltは3-D分子構造と通常モード（振動）をプロットするための現代のグラフィックプログラムです。現代の手段：...

picmeは大規模なデータセットのための系統学的情報性を推定し、プロットするプログラムが含まれているPythonパッケージです。インストール現時点では、プログラムをインストールする最も簡単な方法は、次のとおりです。gitのクローンgitの：//github.com/faircloth-lab/picme.git /パス/に/ picmeテストを実行するには：CD /パス/に/ picme /Pythonのテスト/...

SyntenyMinerは、複数の完全なゲノム配列間の比較を視覚化し、尋問するためのアプリケーションです。インタフェースは、参照ゲノム配列との一致の航行ビューを提供します。シーケンスは、異なるゲノムの染色体間の一致、さらに逆位、挿入/欠失、および転座などの大型の両方小規模ゲノムrearragementsを明らかに、ドットプロットのコンテキストで検査することができます。...

ProteinShopは、タンパク質の構造を操作するための対話型ツールです。それはすぐに人間の知識と直感を用いてタンパク質構成のセットを作成するために設計されました。これらの構成は、ローカルまたはグローバルな最適化を行うことができます。...

PySCeS分子細胞生理学＆NBSPトリプル-Jグループによって開発されたプロジェクトであり、順番にモデルを試してみて、生きた細胞を構成する複雑なプロセスとシステムを理解するために、 の特長の ...