フリー バイオインフォマティクス のために Linux
STEPS任意に複雑な3Dジオメトリにおける反応拡散システムの正確な確率的シミュレーションのためのパッケージです。当社のコアシミュレーションアルゴリズムは、3D四面体メッシュの要素の上に分子の拡散に対処するように拡張、ガレスピーのSSAの実装です。それは主に、樹状突起およびシナプスの周囲のニューロンのシグナル伝達経路の詳細なモデルをシミュレートするために開発されたが、それは一般的なツールであり、空間的変化および形態が役割を果たしていると考えられている任意の生化学的経路を研究するために使用することができる...
バクは、大規模なデータセットのための系統学的情報性を推定し、プロットするプログラムが含まれているPythonのツールです。引用バクバクを使用する場合は、引用してください： - Faircloth BC、チャンJ、アルファロME：バクは系統発生情報提供性の高スループット分析を可能にします。 - タウンゼントJP：系統発生情報性をプロファイリング。系統的BIOL。 2007、56：222から231まで。 -...
picmeは大規模なデータセットのための系統学的情報性を推定し、プロットするプログラムが含まれているPythonパッケージです。インストール現時点では、プログラムをインストールする最も簡単な方法は、次のとおりです。gitのクローンgitの：//github.com/faircloth-lab/picme.git /パス/に/ picmeテストを実行するには：CD /パス/に/ picme /Pythonのテスト/...
tigreBrowserはティグレのRパッケージ（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html）からの結果のための遺伝子発現モデルブラウザです。インストール：tigreBrowserは、Pythonのバージョン> = 2.5が必要です。 tigreBrowserは、次のコマンドでインストールすることができます。Pythonはsetup.py...
checkmyclonesはサンガー配列決定の結果＆NBSPを確認するためのツールを提供するソフトウェアである。（座標を含む）任意の合理的なフォーマットで提供（または任意のプレーンテキストまたはFASTQファイル）参照配列のセットに対して、 この要件：...
Syntainiaは、複数のゲノムの可視化のための革新的なアプリケーションである＆NBSP;。これは、遺伝子のグループ間の関係を表示および操作するためのシンプルで直感的なユーザーインターフェイスを提供します。より明確な遺伝子の可視化と、それは複数のゲノム間のシンテニーの保全を識別するために、研究者のために容易です。 Syntainiaは素晴らしく見えるし、Windows、Linux、およびMac OS X上でスムーズに動作し、それはまた、Java...
CWCシミュレータはCWC、生物学的システムの表現とシミュレーションのための計算のC ++実装です＆NBSP;インストールが正常に完了した後（INSTALLを参照してください）いくつかの例に示すように、CWCのモデル上でシミュレーションを実行することができます（/例を参照してください）。（コマンドライン）インタフェース一般的なユーザーとしては、実行する必要があります。-i model.cwc-o -t -s -n -c --qt閾値-q -w ここで、 - ...
AREMは（チップ、配列データのモデルベース分析）MACSに基づいています。クロマチン免疫沈殿（チップSEQ）に結合されたハイスループットシークエンシングが広くゲノムワイドな転写因子、補因子、クロマチン修飾剤、および他のDNA結合タンパク質の結合パターンを特徴付けるに使用されます。 ChIPの-、配列データ分析の重要なステップは、参照ゲノムに短いハイスループット配列決定から読み取るマップと短い読み取りで強化されたピーク領域を同定することです。いくつかの方法は、チップ -...
AHREAは簡単に学習者相対的な発現を見つけることができsofwareスイートです。これは、Pythonで書かれてます。 要件：ます。 ...
E-電池システムは、コンピュータ上の仮想セルを構成する概念です。E-電池システムは、浩一、高橋によって設計および開発者の素晴らしいチームによって書かれた、このような生体細胞のような大規模複雑なシステムのモデリング、シミュレーション、および分析のためのオブジェクト指向のソフトウェアスイートです。システムのコア部分、E-細胞シミュレーション環境のバージョン3は、多くのコンポーネントが共存するために、異なる時間スケールで複数のアルゴリズムによって駆動できます。E-細胞プロジェクトは、正確な細胞全体のシミュレーショ...
