持つ必要があります バイオインフォマティクス のために Linux
シュターデンパッケージは、UnixやLinux、MacOSXはとMS Windows用のDNA配列アセンブリ（Gap4）、編集および分析ツール（スピン）の十分に発達したセットです。Gap4面では、関連に参加するいくつかの小さながありましたどのようにスコアの改善はの内部ジョインとジョイン検索参加エディタに並ぶボタンの機能。またgap4への結果のは（io_libするための様々な変化でありますさまざまなトレース·ファイル·フォーマットへのすべてのI /...
STEMEプロジェクトは、MEMEなどをモチーフにしたファインダで使用されるモデルのタイプへの期待 - Maximisationアルゴリズムへの近似としての生活を始めた。STEME＆rsquoの; S EM近似は一桁より早くより典型的なパラメータ設定のためのMEMEの実装を実行します。 STEMEは現在、それ自体で本格的なモチーフのファインダーへと発展しています。のSTEMEを使うのはなぜ？の実績のあるモチーフ発見技術STEMEがテスト実証済みのMEMEアルゴリズムに基づいています。...
STEPS任意に複雑な3Dジオメトリにおける反応拡散システムの正確な確率的シミュレーションのためのパッケージです。当社のコアシミュレーションアルゴリズムは、3D四面体メッシュの要素の上に分子の拡散に対処するように拡張、ガレスピーのSSAの実装です。それは主に、樹状突起およびシナプスの周囲のニューロンのシグナル伝達経路の詳細なモデルをシミュレートするために開発されたが、それは一般的なツールであり、空間的変化および形態が役割を果たしていると考えられている任意の生化学的経路を研究するために使用することができる...
Syntainiaは、複数のゲノムの可視化のための革新的なアプリケーションである＆NBSP;。これは、遺伝子のグループ間の関係を表示および操作するためのシンプルで直感的なユーザーインターフェイスを提供します。より明確な遺伝子の可視化と、それは複数のゲノム間のシンテニーの保全を識別するために、研究者のために容易です。 Syntainiaは素晴らしく見えるし、Windows、Linux、およびMac OS X上でスムーズに動作し、それはまた、Java...
SyntenyMinerは、複数の完全なゲノム配列間の比較を視覚化し、尋問するためのアプリケーションです。インタフェースは、参照ゲノム配列との一致の航行ビューを提供します。シーケンスは、異なるゲノムの染色体間の一致、さらに逆位、挿入/欠失、および転座などの大型の両方小規模ゲノムrearragementsを明らかに、ドットプロットのコンテキストで検査することができます。...
バクは、大規模なデータセットのための系統学的情報性を推定し、プロットするプログラムが含まれているPythonのツールです。引用バクバクを使用する場合は、引用してください： - Faircloth BC、チャンJ、アルファロME：バクは系統発生情報提供性の高スループット分析を可能にします。 - タウンゼントJP：系統発生情報性をプロファイリング。系統的BIOL。 2007、56：222から231まで。 -...
tigreBrowserはティグレのRパッケージ（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html）からの結果のための遺伝子発現モデルブラウザです。インストール：tigreBrowserは、Pythonのバージョン> = 2.5が必要です。 tigreBrowserは、次のコマンドでインストールすることができます。Pythonはsetup.py...
TRMinerは、科学的データの学芸員を目指すPythonのユーティリティです＆NBSP;それは急速に与えられた鉱山の目標に関連する文章に科学出版物の大規模なコレクションを剪定することができます。これは2つのステップで達成される。まず、テキストは、関連する言葉のトークンのシーケンスにtranlatedされている。第二に、正規表現パターンは、トークン配列において検索される。...
VULCANプロジェクトは、計算流体力学解析を提供します。VULCAN（複雑なフロー分析のための粘性風上アルゴリズム）は、シリアルおよびパラレル計算のさまざまなプラットフォーム上のフローを反応させ、非反応極超音速乱を通して亜音速のための計算流体力学を提供しています。推進フロー分析の計算コストは、楕円空間マーチングスキームのための特別な乱壁トリートメント、マルチグリッド法を使用することにより低減され、支配方程式のコンディショニングは、数値の剛性を低減させる。物理モデリング機能は、圧縮率、レイノルズ応力の異...
